商南縣因位于商山之南而得名。

秦統(tǒng)一中國后，商南縣屬內(nèi)史郡之商縣。西漢，屬弘農(nóng)郡之商縣。東漢，屬京兆尹之商縣。三國，屬曹魏之京兆尹之商縣。北魏初期屬萇和郡管轄，景明元年(500)始設(shè)縣，因位置在商縣東南定名南商縣。治所設(shè)層峰驛，即縣城西5公里處的皂角鋪，古稱層峰驛。西魏，屬萇和郡。隋，撤南商縣，歸上洛縣。唐、宋兩代，屬山南東道(治所設(shè)今湖北襄樊市)商州管轄。元，開省制，屬陜西行中書省，奉元路商州管轄。明洪武初年(1368)降商州為縣，屬商縣轄。明成化十三年(1477)復(fù)升商縣為州，設(shè)商南縣，隸屬西安府。清雍正三年(1725)升商州為直隸州。商南縣屬商州管轄。

民國二年(1913)廢州府，存縣道，商南隸屬漢中道。民國二十四年(1935)于商縣設(shè)第四專員公署督察區(qū)(系十九綏靖區(qū))，商南縣為直轄六縣之一。1949年，國民黨政權(quán)被徹底摧毀，縣人民民主政府由趙川遷駐縣城，屬陜南行政公署第二分區(qū)轄。1950年5月，屬商洛地區(qū)專員公署轄。1969年，屬商洛地區(qū)行政公署管轄。

金絲大峽谷國家森林公園具有窄、長、秀、奇、險、幽的特點，集峰、石、洞、林、禽、獸、泉、潭、瀑等自然景觀于一體，被譽為"峽谷奇觀，生態(tài)王國"。2002年7月1日成為省級森林公園，2002年12月躋身國家森林公園行列。園內(nèi)有白龍峽、黑龍峽、青龍峽和石燕寨四大景區(qū)一百多個景點，峽谷總長度20.5公里，縱深10多公里，最深處至今還無法到達。青龍門和黑龍門，寬不盈米，抬頭不見天，白晝行走恰似黑夜。峽谷兩側(cè)巖壁層層疊疊，垂直高度近600米，森林資源多姿多彩。南北植物匯區(qū)，既有溫帶、暖溫帶落葉闊葉樹種，又有亞熱帶常綠、落葉闊葉樹種。