氐族政權(quán)前秦在入主關(guān)中，并多次擊敗東晉進攻后，政權(quán)逐漸穩(wěn)定，苻堅在位時，在王猛的輔佐下，國勢強盛，公元370年，趁前燕國內(nèi)混亂，攻滅前燕政權(quán)，占據(jù)北方大部分地區(qū)，又陸續(xù)攻滅仇池，西南夷，以及割據(jù)涼州的前涼，朔方以北的代國，西域諸國，至此前秦一統(tǒng)北方，成為十六國時期最強大的國家。

公元383年，前秦苻堅征兵百萬，攻打東南的東晉政權(quán)，但因前秦剛剛統(tǒng)一北方各族，內(nèi)部統(tǒng)治不穩(wěn)加上北方連年征戰(zhàn)，軍士極大地厭戰(zhàn)情緒等客觀因素，又因當(dāng)時東晉政權(quán)的穩(wěn)定與較為強悍的北府兵以及正確的軍事策略，苻堅不僅沒能實現(xiàn)天下一統(tǒng)的宏愿，反而在淝水之戰(zhàn)中慘敗，狼狽逃回北方，隨之，原來北方的各族再次分裂，陷入了新一輪的混戰(zhàn)中。

公元383年，原前燕宗室，前秦冠軍將軍，京兆尹慕容垂在滎陽自稱大將軍，燕王，建立了后燕政權(quán)。公元385年八月，慕容垂攻占鄴城，后又派慕容農(nóng)至龍城，收復(fù)幽平二州和遼東之地，十二月，慕容垂定都中山，正式稱帝。公元384年初，在得知慕容垂已經(jīng)起兵攻打鄴城，前秦北地長史慕容泓偷偷渡河到河?xùn)|，召集數(shù)千鮮卑人在華陰起兵，之后，慕容泓向長安進軍，宣布復(fù)興燕國，改元燕興，西燕政權(quán)建立，部眾十余萬。后慕容泓被部下所殺，眾人推舉慕容沖為主，后因慕容沖不愿東歸，而關(guān)中鮮卑人思歸心切，于是左將軍韓延攻殺慕容沖，后慕容永率領(lǐng)四十萬鮮卑部眾東歸，途中，發(fā)生內(nèi)亂，最后慕容永被推舉為大將軍，大單于，河南王，繼續(xù)東進，后與前秦苻丕在襄陵交戰(zhàn)，大敗秦軍，又占據(jù)長子，定都于此，后西燕逐漸做大，慕容永鞏固了疆土，西燕政權(quán)逐漸穩(wěn)定。

北方分崩后另一支崛起的力量是羌族人的后秦政權(quán)，苻堅淝水之戰(zhàn)慘敗后，原來降于前秦的羌族首領(lǐng)姚萇在渭北舉兵，公元384年，自稱萬年秦王。次年，擒獲并殺死苻堅，公元386年，姚萇在長安稱帝，公元393年，姚萇病死，其子姚興繼位，攻殺前秦皇帝苻登，徹底掃除前秦殘余勢力。公元394年，后燕皇帝慕容垂親自領(lǐng)兵攻滅西燕，趁西燕滅亡之際，后秦派兵占據(jù)西燕河?xùn)|之地，公元395年，后燕在參合陂之戰(zhàn)中慘敗于北魏，公元396年，北魏攻下后燕都城中山，從此后燕被一分為二，一蹶不振，后遷都龍城。公元398年，后燕慕容德在滑臺自稱燕王，南燕政權(quán)建立，次年，慕容德率眾向東，攻克東晉青州、兗州之地，并于公元400年正式稱帝，公元399年，后秦趁東晉內(nèi)亂，攻陷洛陽，東晉淮水以北諸多城池請降。

公元399年，東晉孫恩在三吳地區(qū)舉兵作亂，威脅建康。多次戰(zhàn)敗后由盛轉(zhuǎn)衰，公元402年，孫恩被東晉臨海太守?fù)魯。逗Ｗ詺?，孫恩之亂平定，公元403年，后涼因被后秦、北涼、南涼交相攻打，被迫降于后秦。

由于孫恩之亂，東晉朝廷兵力空虛，占據(jù)長江上游重鎮(zhèn)荊州，一直虎視揚州三吳地區(qū)的桓玄趁機起兵，公元402年，桓玄攻入建康。公元403年，桓玄接受晉安帝禪讓，稱帝建國，國號楚，史稱桓楚。

公元404年，劉裕，劉毅，何無忌等人在京口起兵，討伐桓玄，同年，桓玄部下大將被斬，桓玄逃出建康，后桓玄被誘騙逃往益州，行至江陵城西，被益州都護馮遷殺死?；赋缤?。公元405年，益州動亂，眾人推舉譙縱為主，譙縱自稱成都王，譙蜀政權(quán)建立。因為益州的動蕩，漢中地區(qū)守備空虛，被仇池占領(lǐng)。

公元407年，劉勃勃殺死沒弈干，吞并其部眾，叛離后秦，自立為天王，國號夏，胡夏政權(quán)建立。同年后燕馮跋發(fā)動政變改變擁立慕容云為主，后燕滅亡，北燕政權(quán)建立。

公元409年，南燕皇帝慕容超因?qū)m廷樂隊陣容簡陋，襲擾東晉邊境，四月，東晉中軍將軍，錄尚書事 劉裕率領(lǐng)大軍討伐南燕，東晉南燕雙方在臨朐以南交戰(zhàn)，后劉裕聽從部下胡藩建議，繞道燕軍身后乘虛攻克臨朐燕軍大敗。公元410年，劉裕攻克廣固城，南燕滅亡。

公元410年，劉裕北伐南燕之際，割據(jù)嶺南地區(qū)的盧循在部下徐道覆的建議下，在廣州起兵反叛。

五月，徐道覆與東晉安成公、鎮(zhèn)南將軍何無忌在豫章交戰(zhàn)，何無忌被殺，五月盧循又大敗東晉豫州刺史劉毅，攻占江州，劉裕急忙向南返回建康，十二月，盧循大敗，南逃廣州，終被交州刺史杜慧度擊殺。

公元412年十二月，因賞識朱齡石的軍事才干，劉裕破格提拔朱齡石為益州刺史，命其率臧喜等將領(lǐng)帶領(lǐng)兩萬人伐蜀，大軍一律經(jīng)外水攻向成都，臧喜、朱林由中水取廣漢，弱兵由內(nèi)水兵向黃虎。公元413年，晉軍攻滅譙蜀，東晉收復(fù)益州之地。同年，劉裕任命索邈為梁州刺史，恢復(fù)了對漢中的管治。

自公元409年后，南涼逐漸衰弱，不斷遭到別國攻打，公元414年，南涼國主禿發(fā)傉檀率軍西掠時，西秦偷襲樂都，南涼滅亡。

公元416年一月，后秦皇帝姚興逝世，太子姚泓繼位，內(nèi)部叛亂頻發(fā)，政權(quán)不穩(wěn)，劉裕抓住時機，八月，劉裕以劉穆之為尚書左仆射，內(nèi)總朝政，外供軍糧，自己率四路大軍北伐，九月抵達彭城，龍驤將軍王鎮(zhèn)惡，冠軍將軍檀道濟領(lǐng)兵由淮水、淝水攻打許昌、洛陽，后秦多地望風(fēng)而降，十月攻克洛陽。公元417年四月，劉裕抵達洛陽，七月，劉裕全面擊退北魏軍隊，收復(fù)河南全境，八月，劉裕抵達潼關(guān)，與各部會合，命王鎮(zhèn)惡從黃河入渭水，逼向長安。王鎮(zhèn)惡一舉攻陷長安，姚泓率領(lǐng)群臣出降，后秦滅亡。

公元417年冬，劉穆之病死，加上在長安的東晉將領(lǐng)大多不愿再繼續(xù)北伐，劉裕于是留下自己十二歲的兒子劉義真以及王修、王鎮(zhèn)惡、沈田子等將領(lǐng)留守長安，自己率軍返回建康，劉裕南歸后不久，胡夏赫連勃勃率領(lǐng)大軍進攻長安，此時，留守長安的東晉將領(lǐng)們又發(fā)生內(nèi)亂，赫連勃勃攻占長安。

公元420年六月，宋王劉裕代晉稱帝，國號宋，史稱劉宋。公元425年，胡夏赫連勃勃去世，太子赫連昌繼位，公元426年，北魏攻克長安，公元427年，攻克胡夏都城統(tǒng)萬城，公元428年又攻取安定，赫連昌被俘，赫連昌之弟赫連定在平?jīng)隼^承胡夏帝位。

公元431年，赫連定攻滅西秦。

赫連定滅西秦后，又想向北渡過黃河，奪取北涼之地，遭到吐谷渾伏擊，兵敗被俘，被送與北魏，胡夏政權(quán)滅亡。

公元433年，北涼國主沮渠蒙遜去世，其子沮渠牧犍繼位，公元36年，北魏滅北燕。公元439年，北魏皇帝拓跋燾圍攻北涼都城姑臧，沮渠牧健出降。沮渠牧健之弟沮渠無諱西行至高昌，重新建國公元460年，柔然攻破高昌，北涼滅亡。