今天是第2325期日報。

左濤等Lancet子刊：詳解臨床應(yīng)用中的腸道真菌組（綜述）

Lancet Microbe[IF:86.208]

① 腸道真菌群從出生到成年不斷變化，對人類健康至關(guān)重要，其變異主要取決于飲食、環(huán)境、遺傳、年齡、性別及藥物使用等；② 多種疾病和腸道中白色念珠菌增殖有關(guān)，真菌組失調(diào)可能在腸內(nèi)外疾病的發(fā)病機制中起作用，但因果關(guān)系有待探究；③ 腸道定殖真菌是腸道菌群中具有高度免疫活性的組成部分，可通過共生作用及與腸道細菌協(xié)同作用影響宿主免疫生理；④ FMT、抗真菌劑、抗生素、飲食干預(yù)和益生菌等在調(diào)節(jié)真菌群與臨床療效方面有顯著效果。

The gut mycobiome in health, disease, and clinical applications in association with the gut bacterial microbiome assembly
09-28, doi: 10.1016/S2666-5247(22)00203-8

【主編評語】腸道真菌群是人類腸道微生物群的一個小但關(guān)鍵的組成部分，對人類健康至關(guān)重要。然而，現(xiàn)有的真菌組并沒廣泛應(yīng)用于臨床實踐，且基于菌群的治療中，腸道真菌仍然被廣泛忽視。近日，中山大學(xué)左濤及團隊在The Lancet Microbe發(fā)表最新研究，評估了腸道細菌組和腸道真菌組在健康、疾病和臨床應(yīng)用方面的作用。詳細論述了真菌組失調(diào)對各種疾病的影響，以及真菌組、細菌組和宿主免疫間的互作機制。糞菌移植、抗真菌劑、飲食干預(yù)及益生菌在調(diào)節(jié)真菌群落和臨床療效方面效果顯著。目前腸道真菌與疾病的發(fā)病機制和治療仍存在許多未知因素，作者提倡需要進行廣泛的研究，將腸道真菌群落的研究從實驗室轉(zhuǎn)向臨床。我們特別將文中的圖片編譯為一圖讀懂，希望能助你長知識。（@九卿臣）

十二指腸菌群的改變與胃排空及功能性消化不良有關(guān)

Gut[IF:31.793]

① 納入56名功能性消化不良患者（FD）和30名健康人，進行內(nèi)窺鏡、上消化道癥狀、胃排空和膳食評估等檢查；② 通過十二指腸活檢分析黏膜相關(guān)菌群（MAM），發(fā)現(xiàn)厚壁菌門、擬桿菌門和梭桿菌門等相對豐度與FD癥狀負擔(dān)有關(guān)；③ 鏈球菌屬、普氏菌屬及Veillonella spp相對豐度與胃排空時間負相關(guān)；④ FD組和對照組在長期營養(yǎng)素攝入或飲食質(zhì)量方面無顯著差異，且習(xí)慣性飲食和MAM間的聯(lián)系有限；⑤ MAM、胃排空和FD癥狀間存在聯(lián)系，但與長期飲食攝入量無關(guān)。

Alterations to the duodenal microbiota are linked to gastric emptying and symptoms in functional dyspepsia
09-27, doi: 10.1136/gutjnl-2021-326158

【主編評語】功能性消化不良（FD）是臨床上最常見的一種功能性胃腸病，常指胃和十二指腸功能紊亂引起的餐后飽脹感、中上腹痛及中上腹燒灼感等癥狀，而無器質(zhì)性疾病的一組臨床綜合征。FD癥狀通常與飲食有關(guān)，但對于各因素間如何互作導(dǎo)致FD癥狀的發(fā)生仍知之甚少。近日，研究人員在Gut上發(fā)表最新研究，納入56名功能性消化不良（FD）和30名健康人，發(fā)現(xiàn)十二指腸黏膜相關(guān)菌群、胃排空和FD癥狀間存在聯(lián)系，但與長期飲食攝入量無關(guān)。（@九卿臣）

國內(nèi)團隊：普氏糞桿菌或可用于緩解慢性腎病

Circulation Research[IF:23.213]

① 分析美國283例慢性腎?。–KD）患者和294例對照及中國75名CKD患者和30名對照的糞便菌群；② 與對照相比，CKD患者糞桿菌屬豐度顯著下降，擬桿菌屬豐度升高；③ 糞桿菌屬與CKD臨床特征（如尿酸）呈負相關(guān)，且CKD患者血清中短鏈脂肪酸濃度降低，脂多糖和氧化三甲胺濃度升高；④ 補充普氏糞桿菌可減輕CKD模型小鼠癥狀，降低血清中各種尿毒癥毒素含量，改善腸道炎癥和通透性及腸道菌群組成；⑤ 普氏糞桿菌產(chǎn)生的丁酸通過G蛋白偶聯(lián)受體GPR-43發(fā)揮作用。

Faecalibacterium Prausnitzii Attenuates CKD via Butyrate-Renal GPR43 Axis
09-27, doi: 10.1161/CIRCRESAHA.122.320184

【主編評語】慢性腎?。–KD）是影響世界10%至15%人口的最重要公共衛(wèi)生問題之一。盡管有現(xiàn)有的臨床管理策略，但CKD在世界范圍內(nèi)的發(fā)病率和死亡率都很高，這需要新的解決方案。已有研究報道，CKD患者伴有腸道菌群失調(diào)及普氏糞桿菌（F. prausnitzii）豐度降低。然而，關(guān)于普氏糞桿菌是否及如何作為一種益生菌治療CKD的機制仍不清楚。來自西安交通大學(xué)李宏寶、康玉明及美國托萊多大學(xué)Bina Joe和Tao Yang等人發(fā)表在Circulation Research上的一項研究表明，普氏糞桿菌通過丁酸鹽-腎臟GPR43軸減輕CKD，為利用普氏糞桿菌治療CKD的潛力提供了必要的理論基礎(chǔ)。（@EADGBE）

Nature Reviews：腎結(jié)石中的腸道及尿路菌群（綜述）

Nature Reviews Urology[IF:16.43]

① 復(fù)發(fā)性腎結(jié)石患者的腸道菌群組成失調(diào)，產(chǎn)丁酸鹽菌的豐度降低；② 丁酸鹽等細菌代謝產(chǎn)物調(diào)節(jié)腎結(jié)石相關(guān)的免疫反應(yīng)、轉(zhuǎn)運蛋白表達及腸道上皮完整性，以影響腎結(jié)石形成；③ 飲食或通過影響腸道菌群組成進而影響腎結(jié)石的發(fā)生，長期的抗生素使用史增加腎結(jié)石風(fēng)險；④ 菌群參與調(diào)節(jié)腸道草酸鹽吸收及結(jié)晶形成等結(jié)石形成的多個過程，尿液菌群可比腸道菌群更好地區(qū)分結(jié)石與非結(jié)石者；⑤ 飲水量低與腎結(jié)石形成相關(guān)，可能由飲用水對腸道菌群的影響所介導(dǎo)。

Mechanisms of the intestinal and urinary microbiome in kidney stone disease
09-20, doi: 10.1038/s41585-022-00647-5

【主編評語】Nature Reviews Urology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細介紹了腸道菌群及尿液菌群對腎結(jié)石的調(diào)控機制，同時概述了菌群代謝產(chǎn)物在腎結(jié)石形成中的作用，最后討論了飲食、抗生素及飲用水對腎結(jié)石的影響及背后的機制。（@aluba）

病菌入侵導(dǎo)致的腸炎對患者腸道菌群有何影響

Gut[IF:31.793]

① 研究評估了155 名感染空腸彎曲桿菌的患者，在完成試驗的99名患者中，有22名發(fā)現(xiàn)了胃腸炎后持續(xù)性腸功能障礙(PI-BD)，表現(xiàn)在稀便以及更多的體細胞和胃腸道癥狀；② 患者腸道微生物多樣性顯著降低，微生物群組成發(fā)生改變，表現(xiàn)在（60天后）厚壁菌門在內(nèi)的23個種群的豐度顯著降低（尤其是梭菌目和瘤胃球菌科），而變形菌門和梭桿菌門、γ-變形菌綱豐度增加；③ 腸道菌群改變與飲食相關(guān)，高纖維飲食與較低的γ-變形菌綱相關(guān)。

Postinfective bowel dysfunction following Campylobacter enteritis is characterised by reduced microbiota diversity and impaired microbiota recovery
09-28, doi: 10.1136/gutjnl-2021-326828

【主編評語】彎曲桿菌導(dǎo)致腸炎，從而引發(fā)持續(xù)的腸功能障礙。本文探究彎曲桿菌性腸炎患者體內(nèi)腸道菌群的變化。研究結(jié)果顯示，彎曲桿菌性腸炎患者體內(nèi)腸道菌群的豐富度降低，且與康復(fù)者的微生物群相比，PI-BD患者的微生物群似乎對初始感染的干擾更大，高纖維飲食的益生元可能會抑制PI-BD中患者微生物群的干擾。（@Bingbing）

Nature子刊：產(chǎn)碳青霉烯酶腸桿菌科如何改變腸道菌群

Nature Microbiology[IF:30.964]

① 縱向（12個時間點）描述CPE定植者（部分受試者在一年內(nèi)沒有干預(yù)即可去定植）和家庭成員（n=46）的腸道菌群生態(tài)和進化動力學(xué)；② CPE去定植的受試者的生態(tài)變化表現(xiàn)為微生物多樣性、關(guān)鍵共生體和抗炎途徑的恢復(fù)；③ CPE定植者的腸桿菌科豐度升高但不穩(wěn)定，且不同腸桿菌科物種（大腸桿菌和肺炎克雷伯菌）表現(xiàn)出特定的菌株水平動態(tài)；④ 基因組數(shù)據(jù)的比較分析表明，存在高度相似的大腸桿菌和肺炎克雷伯菌，它們具有不同的抗性譜和相同的質(zhì)粒。

Long-term ecological and evolutionary dynamics in the gut microbiomes of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae colonized subjects
09-15, doi: 10.1038/s41564-022-01221-w

【主編評語】腸桿菌科細菌（CPE）產(chǎn)生的碳青霉烯酶可降解碳青霉烯類，使機體產(chǎn)生抗生素耐藥性。目前CPE在腸道菌群的長期定植可能導(dǎo)致CPE感染病例的快速增加，引起社區(qū)傳播，危及生命，是公共衛(wèi)生關(guān)注的一個領(lǐng)域。Nature Microbiology近期發(fā)表的文章，描繪CPE定植者及其家庭成員在12個時間點的腸道菌群生態(tài)和進化動力學(xué)，為研究多重耐藥細菌的定植如何改變腸道生態(tài)，以及如何在沒有明顯感染和抗生素使用的情況下轉(zhuǎn)移耐藥基因提供參考。（@章臺柳）

Nature子刊：揭示膽汁酸抑制沙門氏菌毒性的直接蛋白靶點

Nature Chemical Biology[IF:16.174]

① 利用活性引導(dǎo)的化學(xué)蛋白組學(xué)，確定細菌致病中膽汁酸的直接蛋白靶點；② 在鼠傷寒沙門氏菌中，鵝脫氧膽酸(CDCA)最有效抑制了毒力基因的表達和上皮細胞的侵襲，并與蛋白相互作用；③ HilD是鼠傷寒沙門氏菌毒力和發(fā)病機制的重要轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子，CDCA抗感染活性強，通過減少HilD的二聚化以及直接結(jié)合并抑制HilD調(diào)控的基因表達等功能；④ HilD是抗感染膽汁酸的關(guān)鍵蛋白靶點之一，發(fā)現(xiàn)膽汁酸耐藥的HilD突變體對微生物抑制、CDCA抑制劑具有耐藥性。

Anti-infective bile acids bind and inactivate a Salmonella virulence regulator
09-29, doi: 10.1038/s41589-022-01122-3

【主編評語】膽汁酸是調(diào)節(jié)宿主免疫和微生物發(fā)病機制的重要宿主和微生物代謝產(chǎn)物，但膽汁酸如何抑制微生物毒性，尚不清楚。Nature Chemical Biology近期發(fā)表的文章，通過化學(xué)蛋白組學(xué)鑒定出鵝脫氧膽酸(CDCA)通過作用于鼠傷寒沙門氏菌毒力和發(fā)病機制的重要轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子——HilD，發(fā)揮抗感染功能。表明化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)在確定微生物群代謝物的直接蛋白質(zhì)靶點，進行細菌病原體的機理研究方面的用途。（@章臺柳）

Nature子刊：乳桿菌如何抑制多重耐藥腸桿菌在腸道中的定植？

Nature Communications[IF:17.694]

① 乳桿菌與急性白血病患者中多重耐藥腸桿菌（MRE）定植的減少有關(guān)；② 利用小鼠模型發(fā)現(xiàn)，乳桿菌是限制MRE腸道定植的必要條件，但不是充分條件，即與對照組小鼠相比，MRE水平低兩個數(shù)量級；③ 乳桿菌可提高梭狀芽孢桿菌豐度，增加丁酸鹽水平并減少營養(yǎng)來源，造成MRE生長的不利環(huán)境，從而限制多重耐藥肺炎克雷伯菌在小鼠腸道中的定植；④ 在急性白血病住院患者中檢測到乳桿菌、梭狀芽孢桿菌屬、丁酸鹽和MRE水平之間也存在類似的相互作用。

Lactobacillus supports Clostridiales to restrict gut colonization by multidrug-resistant Enterobacteriaceae
09-24, doi: 10.1038/s41467-022-33313-w

【主編評語】腸道微生物組可以防止耐藥性腸桿菌(MRE)定植，但限制MRE定植的特定腸道細菌和具體機制仍然是未知的。Nature Communications近期發(fā)表的文章，通過對住院患者進行多組學(xué)的前瞻性研究，結(jié)合小鼠實驗，發(fā)現(xiàn)乳桿菌是限制MRE腸道定植的關(guān)鍵因素：鼠李糖乳桿菌和鼠乳桿菌通過增加梭狀芽孢桿菌豐度、提高丁酸鹽水平、減少可利用的營養(yǎng)來源，創(chuàng)造了一種不利于MRE的生長環(huán)境，從而抑制了MRE生長。這些結(jié)果強調(diào)了利用微生物群的相互作用來開發(fā)預(yù)防住院病人感染的有效益生菌的重要性。（@NL）

HDAC1及HDAC5調(diào)控致病共生菌的回腸粘膜定殖

Gut Microbes[IF:9.434]

① 相比于無AIEC定殖的克羅恩病患者，AIEC定殖的患者的組蛋白H3乙?；斤@著增加；② 在體外，HDAC抑制劑介導(dǎo)的H3高度乙?；纱龠MAIEC進入腸道上皮細胞；③ 在體外及小鼠體內(nèi)，HDAC1抑制劑促進AIEC的定殖，而HDAC5抑制劑可抑制AIEC的定殖；④ 在克羅恩病患者中，HDAC1及HDAC5的表達與回腸粘膜中的Enterobacteria負荷分別呈負相關(guān)及正相關(guān)；⑤ 在西式飲食喂食的小鼠中，AIEC定殖降低HDAC1的表達；⑥ 攝入西式飲食的克羅恩病患者更容易被AIEC定殖。

Epigenetic master regulators HDAC1 and HDAC5 control pathobiont Enterobacteria colonization in ileal mucosa of Crohn’s disease patients
09-29, doi: 10.1080/19490976.2022.2127444

【主編評語】粘附侵襲性大腸桿菌（AIEC）在克羅恩病患者的回腸粘膜中異常定殖。Gut Microbes上發(fā)表的一項最新研究結(jié)果，發(fā)現(xiàn)組蛋白H3的乙酰化水平在AIEC定殖的克羅恩病患者中顯著上調(diào)。在細胞系中、小鼠體內(nèi)及克羅恩病患者中，抑制HDAC1可促進AIEC定殖，而抑制HDAC5可抑制AIEC定殖。（@aluba）

耐藥大腸桿菌在新生小鼠腸道中定植能力更強

Microbiology spectrum[IF:9.043]

① 全基因組測序分析嬰兒腸道中分離出的15株ESBL、一株ST131 ESBL以及一株非ESBL共生大腸桿菌菌株，并評估這些菌株在新生小鼠腸道定植的能力；② 發(fā)現(xiàn)CTX-M-15以及其他的β-內(nèi)酰胺酶、多種抗生素抗性基因存在于所有ESBL大腸桿菌菌株中；③ 即使在沒有選擇性抗生素壓力的情況下，11/16株ESBL大腸桿菌在小鼠出生后第四周的定植數(shù)量顯著高于共生菌株；表明這些菌株盡管具有高度的抗菌素抗性，但可能具有更強的適應(yīng)性。

ESBL Escherichia coli Isolates Have Enhanced Gut Colonization Capacity Compared to Non-ESBL Strains in Neonatal Mice
09-19, doi: 10.1128/spectrum.00582-22

【主編評語】細菌抗生素耐藥性給全球公共衛(wèi)生帶來巨大危害，其中產(chǎn)超廣譜 β-內(nèi)酰胺酶 (ESBL) 的大腸桿菌可導(dǎo)致嬰兒及免疫功能低下的兒童發(fā)生侵襲性感染，發(fā)病率和死亡率都很高。目前研究普遍認為耐藥性與環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)，即耐藥菌株比非耐藥菌株的腸道定植定植能力差。然而，近日發(fā)表在 Microbiology Spectrum上的文章，利用新生動物早期腸道定植模型評估非ESBL和ESBL菌株在新生小鼠腸道中定殖的能力，發(fā)現(xiàn)與非ESBL菌株相比，ESBL菌株在新生小鼠腸道中具有更強的定植能力；定植能力增加可能是由于關(guān)鍵代謝基因拷貝數(shù)的差異和某些定植因子的存在。（@圓圈兒）