1、江南制造局翻譯館史略，《中國科技史料》卷8第3期65-74頁，1988

2、清末益智書會統(tǒng)一科技術(shù)語工作述評，《中國科技史料》第12卷第2期9-19頁，1991

3、《格致匯編》之中國編輯者考，《大陸雜志》(臺北)第88卷6期45-48頁，1994

4、晚清科學(xué)譯著雜考，《中國科技史料》第15卷第4期32-40頁，1994

5、The Establishment of Modern Cotton Industry in Late Nineteenth-century China: A Comparison with Japan, in Keiji Yamada(ed.) The Transfer of Science and Technology between Europe and Asia, 1780-1880 (Kyoto: The International Research Center for Japanese Studies, pp.61-79, 1994.

6、"西學(xué)中源"說在明清之際的由來及其演變，《大陸雜志》(臺北)第90卷第6期39-45頁，1995

7、康熙、梅文鼎與"西學(xué)中源"說，《傳統(tǒng)文化與現(xiàn)代化》1995第3期77-84頁，1995

8、江南制造局翻譯書目新考，《中國科技史料》第16卷第2期3-18頁，1995

9、《格致匯編》與西方近代科技知識在清末的傳播，《中國科技史料》第17卷第1期36-47頁，1996

10、徐壽的律呂研究，載入汪廣仁主編《中國近代科學(xué)先驅(qū)徐壽父子研究》(清華大學(xué)出版社)57-62，481-483頁，1998

11、關(guān)于《化學(xué)鑒原》和《化學(xué)初階》的翻譯與元素譯名問題，載同上《中國近代科學(xué)先驅(qū)徐壽父子研究》，422-427頁，1998

12、《六合叢談》中的近代科學(xué)知識及其在清末的影響，《中國科技史料》20卷第3期，211-226頁，1999(日譯文:『六合叢談』の科學(xué)知識と近代中國への影響，載《『六合叢談』(1857- 58)の學(xué)際的研究》(沈國威編著)，第345-365頁，東京:白帝社，1999)(中文本獲"大象優(yōu)秀科技史論文獎"一等獎)

13、1850年代至1910年中國與日本之間科學(xué)書籍的交流述略，[日本]關(guān)西大學(xué)《東西學(xué)術(shù)研究所紀(jì)要》33，139-152頁，2000

14、赫胥黎《科學(xué)導(dǎo)論》的兩個中譯本--兼談清末科學(xué)譯著的準(zhǔn)確性，《中國科技史料》21卷第3期，207-221頁，2000(獲臺灣"立青中國科學(xué)史青年學(xué)者杰出論文獎")

15、略論明清之際西學(xué)東漸的特點與中西科學(xué)互動，《國際漢學(xué)》第6輯318-336頁，大象出版社，2000

16、民國初年一次破天荒的公開尸體解剖，《中國科技史料》2001年第2期109-112頁。

17、A New Inquiry into the Tanslation of Chemical Terms by John Fryer and Xu Shou, in New Terms for New Idea: Western Knowledge and Lexical Change in Late Imperial China, Edited by Michael Lackner, Iwo Amelung and Joachim Kurtz, pp.271-283, Leiden: Brill, 2001.

18、"西學(xué)中源"說和"中體西用"論在晚清的盛衰，《故宮博物院院刊》2001年第5期56-62頁，2001。(日譯文載藤善真澄編《東と西の文化交流》261-279頁，關(guān)西大學(xué)出版部，2004)

19、傅蘭雅與徐建寅翻譯《化學(xué)分原》的一個譯稿本，《或問》第6號(2003)

20、科學(xué)傳統(tǒng)與中國科學(xué)事業(yè)的現(xiàn)代化(第二作者)，《科學(xué)文化評論》第1卷第1期，2004年2月

21、二十世紀(jì)五六十年代中國科學(xué)家的科研時間問題(第二作者)，《科學(xué)文化評論》第1卷第2期5-24頁，2004年4月

22、關(guān)于清末口譯筆述翻譯方法的初步探討，《日本學(xué)研究》13，外語教學(xué)與研究出版社，2004年。

23、李約瑟識小二題，《科學(xué)文化評論》第2卷第3期90-95頁，2005年6月

24、中國院士制度的建立與問題，《科學(xué)文化評論》第2卷第6期5-22頁，2005年12月。

25、上海格致書院的一份譯書清單，《中國科技史雜志》卷27(2006年)第1期54-60頁。

26、楊銓與"中國無科學(xué)"問題，《廣西民族學(xué)院學(xué)報》(自然科學(xué)版)2006年第3期34-36頁。

27、康熙、梅文鼎與"西學(xué)中源"說再商榷，《中華科技史學(xué)會會刊》(臺北)第十期59-63頁，2006年12月。

28、康熙《三角形推算法論》簡論，《或問》第12號(2006)117-123頁。

29、中國當(dāng)代科學(xué)的歷史研究芻議，《中國科技史雜志》2007年第4期376-385頁。

30、1949-1950年的科代會:新中國科學(xué)事業(yè)的開端，《科學(xué)文化評論》2008年第2期8-36頁。

31、不當(dāng)專家當(dāng)農(nóng)民--"文革"前科研人員參加體力勞動的政策與實踐，《科學(xué)文化評論》2009年第1期33-67頁。

32、中國當(dāng)代科學(xué)史研究的新進(jìn)展(2007-2009)，《2009-2010學(xué)科發(fā)展報告:科學(xué)技術(shù)史》，2010。

33、"中國特色"與中國現(xiàn)當(dāng)代科學(xué)口述史淺議，中國科技史雜志，2011年第1期，61-64頁。

34、從院士到學(xué)部委員--中國科學(xué)院學(xué)術(shù)體制建立的困境，載余敏玲主編《兩岸分治:學(xué)術(shù)建制、圖像宣傳與族群政治》，65-135頁，臺北:中研院近史所，2012年7月。

35、中國科學(xué)院的歷史與特色簡述，載閻康年等主編《國外著名科研院所的歷史經(jīng)驗和借鑒研究》，192-202頁，北京:科學(xué)出版社，2012年7月。

36、中國科學(xué)院院所學(xué)術(shù)委員會組織沿革及其職能變化概略，《院史資料與研究》2012年第6期，63-83頁，2012年12月。

37、中國科學(xué)院發(fā)展史上的一次大調(diào)整和大轉(zhuǎn)折--1983年中央和國務(wù)院對中國科學(xué)院的調(diào)查與辦院方針和院領(lǐng)導(dǎo)體制的轉(zhuǎn)變，《院史資料與研究》2012年第5期103-134頁，2012年10月。(本文被摘刊于《民主與科學(xué)》2013年第1期12-20頁)

38、中國科學(xué)院的思想改造運動，《院史資料與研究》2014年第1期1-82頁。

39、思想改造運動對中國科技事業(yè)的影響，《民主與科學(xué)》2014年第5期18-24頁。

40、學(xué)部60年回溯--中國科學(xué)院學(xué)部歷史的幾個片段與初步思考，《中國科學(xué)院院刊》卷30(2015)第3期，414-420頁。

41、從學(xué)部委員到院士制度，《科學(xué)文化評論》2015年第3期，69-84頁。

近年其他文章選目:

1、知識分子:從"臭老九"到"工人階級的一部分"，《科學(xué)時報》2008年3月14日。

2、科學(xué)會議的中國特色，《科學(xué)文化評論》2008年第2期5-7頁。

3、1949，科學(xué)界的改朝換代，《科學(xué)新聞》2009年9月30日第20期。

4、風(fēng)雨兼程六十年，《科學(xué)文化評論》2009年第6期43-44頁。

5、記憶與實錄:恢復(fù)高考的拍板過程，《南方周末》2009.12.9。

6、逝者:錢偉長，《財經(jīng)》2010年第17期(8月16日)。

7、中國科學(xué)院成立日小考，《科苑人》創(chuàng)刊號，2010年10月，46-48頁。

8、中國科學(xué)院學(xué)部的由來，《科苑人》2011年第4期49-52。

9、中國科學(xué)院學(xué)部的性質(zhì)定位與職能的兩次重大變化，《科苑人》2012年第2期44-47頁。

10、文化、制度與中國科學(xué)發(fā)展，《中國科學(xué)報》2012年2月6日。

11、李約瑟的中國"院士"頭銜問題，《中國科學(xué)報》2014年8月1日第19版。

12、康熙大帝與清代科學(xué)，《光明日報》2014年8月14日第16版。

13、傳承科學(xué)積累知識--著名科學(xué)家文集的出版，科學(xué)出版社編《科學(xué)出版60年》71-74頁，科學(xué)出版社，2014年。

14、院士制度改革:讓院士頭銜回歸本位，報日人民，2015年3月17日第7版。

15、數(shù)學(xué)家華羅庚緣何預(yù)計中國科學(xué)"推遲五十年"?賽先生(微信平臺)，2015年3月18日。

16、李約瑟的婚外戀與"李約瑟難題"，賽先生(微信平臺)，2015年5月3日。

17、院務(wù)會議秘書處與中科院學(xué)部的籌備，《科苑人》2015年第2期58-61頁。

18、中科院聘用王鈴協(xié)助李約瑟著書，《中國科學(xué)報》2015年7月24日第6版。

論著中的章節(jié)

1、近代工業(yè)的建立與環(huán)境問題，載羅桂環(huán)等主編《中國環(huán)境保護(hù)史稿》第300-329頁，中國環(huán)境科學(xué)出版社，1996

2、新教傳教士的科學(xué)傳播，科學(xué)書籍的譯刊，載《中國近現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)史》(董光璧主編)，第175-190，240-259頁，湖南教育出版社，1997

3、徐壽，《中國科學(xué)技術(shù)史 人物卷》(金秋鵬主編)，北京:科學(xué)出版社，1998

4、《夢溪筆談》評介，載林德宏主編《科技巨著》(二)第97-148頁，中國青年出版社，2000

5、近代化學(xué)的傳入，載《中國化學(xué)史 現(xiàn)代卷》(趙匡華等著)，1-94頁，南寧:廣西教育出版社，2003

6、中國科學(xué)院院屬單位發(fā)展與演變概略，載《中國科學(xué)院院屬單位簡史》(王揚宗、曹效業(yè)主編)第一卷上冊，1-74頁，北京:科學(xué)出版社，2010

1、《傅蘭雅與近代中國的科學(xué)啟蒙》，137頁，科學(xué)出版社，2000年。

2、《西學(xué)東漸--科學(xué)在中國的傳播》，樊洪業(yè)、王揚宗，192頁，湖南科學(xué)技術(shù)出版社，2000，2002第2版。

3、《中國科學(xué)與科學(xué)革命--李約瑟難題及其相關(guān)問題研究論著選》，劉鈍、王揚宗編，886頁，遼寧教育出版社，2002年。

4、《近代科學(xué)在中國的傳播--文獻(xiàn)與史料選編》(上下冊)，894頁，山東教育出版社，2009年。