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【原】LncACTdb 2.0：疾病相關(guān)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫 | 數(shù)據(jù)庫推薦

 尐尐呅 2022-06-09 發(fā)布于湖北

作為中心法則的關(guān)鍵分子，RNA家族一直是研究熱點(diǎn)，microRNAs (miRNA)、長鏈非編碼RNA（lncRNA）、環(huán)狀RNA（circRNA）....以及競爭性內(nèi)源性RNA(ceRNA)調(diào)控機(jī)制。

來自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開發(fā)了LncACTdb 2.0數(shù)據(jù)庫，覆蓋不同物種和疾病中ceRNA的綜合信息，為ceRNA研究提供寶貴的數(shù)據(jù)資源。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》。


LncATCdb2.0數(shù)據(jù)庫記錄了疾病相關(guān)的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，并提供功能富集分析，網(wǎng)絡(luò)圖可視化，生存分析等結(jié)果。目前該數(shù)據(jù)庫覆蓋23個(gè)物種和213種疾病/表型，記錄了2663個(gè)實(shí)驗(yàn)支持的ceRNA互相作用，包含312個(gè)lncRNAs、131個(gè)編碼mRNA，59個(gè)circRNA和16個(gè)假基因。

為什么要構(gòu)建LncATCdb2.0？

缺乏專門用于收集、存儲、分析

具有實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持的ceRNA數(shù)據(jù)庫


越來越多的研究表明miRNAs受到存在有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的lncRNAs，circRNAs，假基因等的調(diào)控，從而競爭性的影響miRNA與天然靶標(biāo)mRNA的結(jié)合，即ceRNA調(diào)控機(jī)制，它可以在不同生理和病理過程中動態(tài)調(diào)節(jié)彼此間的表達(dá)。

目前，已經(jīng)建立了幾個(gè)數(shù)據(jù)庫來管理miRNAs與其他分子之間的相互作用，例如starBase v2，DIANA-LncBase v2，miRSponge和PceRBase等。然而，這些數(shù)據(jù)庫大都利用單一靶標(biāo)方法預(yù)測相互作用，并且這些數(shù)據(jù)庫中的物種僅限于人類，小鼠和植物。除了miRSponge存儲了具有實(shí)驗(yàn)支持的11個(gè)物種的463個(gè)ceRNA關(guān)聯(lián)外，還沒有其他專有數(shù)據(jù)庫用于收集、存儲和分析具有實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持的ceRNA信息以及綜合注釋。

為了解決上述需求，研究團(tuán)隊(duì)發(fā)布了LncATCdb2.0數(shù)據(jù)庫。

LncATCdb2.0中的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)信息

LncATCdb2.0能做什么？

查詢功能


用戶可以使用首頁快速搜索框或者搜索模塊（高級搜索）輸入查詢的信息（lncRNA, miRNA, 基因 , 疾病名稱等），得到預(yù)測數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)兩部分結(jié)果，其中預(yù)測數(shù)據(jù)部分搜索結(jié)果包括基本信息、ceRNA網(wǎng)絡(luò)可視化、功能富集、疾病標(biāo)志物、生存分析等；實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)結(jié)果包含基本信息（構(gòu)成該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的各種RNA分析的名字，相關(guān)的疾病等信息）。

搜索功能示例

瀏覽功能


用戶可在Browse頁面瀏覽數(shù)據(jù)庫中的預(yù)測數(shù)據(jù)集和實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)集。

瀏覽功能示例（Browse）

用戶還可以使用LncACTBrowser工具，導(dǎo)航轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)和可視化lncRNA轉(zhuǎn)錄本上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)。

瀏覽功能示例（LncACTBrowser）

自有數(shù)據(jù)分析功能


該數(shù)據(jù)庫還提供了一種在線工具LncACT-Get, 可以上傳自己的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，然后進(jìn)行ceRNA分析。

LncACT-Get功能頁面

數(shù)據(jù)下載功能


數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費(fèi)下載的。

數(shù)據(jù)下載頁面

用戶還可以提交序列在數(shù)據(jù)庫中做Blast比對。

首頁右側(cè)有“熱點(diǎn)”模塊可以讓用戶快速了解哪些分子是大家研究的熱點(diǎn)；同時(shí)還提供了LncATCdb2.0的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)信息。

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