之前我們?cè)?a target="_blank" textvalue="[[SNP是什么東西？#QTL]]" linktype="text" imgurl="" imgdata="null" data-itemshowtype="0" tab="innerlink" data-linktype="2">[[SNP是什么東西？#QTL]]當(dāng)中提到過，QTL是一種用來預(yù)測(cè)SNP功能的算法。一般分析SNP影響哪個(gè)方面的功能就在前面加什么前綴。[[表觀遺傳學(xué)簡(jiǎn)介]]當(dāng)中的DNA甲基化 (DNA methylation) 是一種通過給DNA序列添加甲基來影響基因功能的方式。如果要分析SNP對(duì)甲基化的影響，那么就會(huì)有meQTL (methylation QTL) 這樣的東西。所以這里就給大家介紹兩個(gè)關(guān)于meQTL預(yù)測(cè)的數(shù)據(jù)庫(kù)。Pancan-meQTL: http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/

和 mQTLdb: http://www./

Pancan-meQTL

通過數(shù)據(jù)庫(kù)的名稱也可以發(fā)現(xiàn)，Pancan-meQTL屬于在腫瘤當(dāng)中分析meQTL的情況。作者首先使TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的SNP檢測(cè)和甲基化檢測(cè)數(shù)據(jù)，經(jīng)過計(jì)算獲得了所有腫瘤當(dāng)中meQTL的情況。

基于[[SNP是什么東西？#cis-QTL 與 trans-QTL]]的特征對(duì)以上分析分析數(shù)據(jù)，進(jìn)一步分成了cis-meQTL以及trans-meQTL。進(jìn)一步基于SNP的常規(guī)分析特征，作者還對(duì)影響甲基化的SNP進(jìn)行了GWAS功能分析 (基于：GWAS Catalog: https://www./gwas/variants/rs7329174 )。以及基于TCGA的預(yù)后分析，分析了meQTL當(dāng)中的SNP對(duì)腫瘤預(yù)后的影響。最終就獲得了cis-meQTL、 trans-meQTL、Survival-meQTL、GWAS-meQTLs四個(gè)功能

數(shù)據(jù)庫(kù)使用方面，我們點(diǎn)擊每一個(gè)想要分析的內(nèi)容。同時(shí)選擇想要分析的SNP/甲基化ID/基因名即可。

結(jié)果首先是以表格的形式展示，表格當(dāng)中可以看到具體的SNP編號(hào)（如果不了解SNP變化的話可以查看[[SNP是什么東西？#Rs 號(hào)]]），甲基化探針號(hào)以及具體分析的差異結(jié)果。同時(shí)點(diǎn)擊Box Plot還可以通過箱式圖進(jìn)行展示。

mQTLdb

剛剛介紹的Pancan-meQTL主要是針對(duì)腫瘤患者來進(jìn)行的meQTL分析。而mQTLdb對(duì)1000對(duì)母子在生命歷程中的連續(xù)時(shí)間點(diǎn)（出生，兒童期，青春期，孕期，中年期）進(jìn)行大規(guī)模全基因組DNA甲基化分析而得到的meQTL數(shù)據(jù)。

mQTLdb的數(shù)據(jù)主要來自于作者團(tuán)隊(duì)自己長(zhǎng)時(shí)間跟蹤的母子隨訪性隊(duì)列：綜合表觀基因組研究的可訪問資源 (Accessible Resource for Integrated Epigenomic Studies, ARIES)。在這個(gè)隊(duì)列當(dāng)中，作者對(duì)母親和孩子進(jìn)行不同階段的檢測(cè)。

這樣階段性的母子甲基化檢測(cè)可以讓我們?cè)敿?xì)了解表觀遺傳隨著時(shí)間以及生育的改變。如果有研究甲基化的，想利用這樣數(shù)據(jù)的可以在作者的官網(wǎng)申請(qǐng)：Access data and samples | Avon Longitudinal Study of Parents and Children | University of Bristol: http://www./alspac/researchers/access/

數(shù)據(jù)庫(kù)使用方面，我們點(diǎn)擊Search；輸入想要分析的SNP/甲基化位點(diǎn)；選擇分析的數(shù)據(jù)；選擇想要分析的時(shí)間點(diǎn)以及定義cis-meQTL的距離，即可進(jìn)行分析。

結(jié)果是以表格的形式進(jìn)行呈現(xiàn)的，在表格當(dāng)中可以看到具體的時(shí)間點(diǎn)；具體SNP和甲基化位點(diǎn)的信息，以及分析后的P值。

總的來說

以上就是兩個(gè)和SNP以及甲基化有關(guān)的meQTL分析數(shù)據(jù)庫(kù)。一個(gè)主要針對(duì)正常人的檢測(cè)。另外一個(gè)則是針對(duì)的腫瘤分析。兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都提供了數(shù)據(jù)下載的功能，都可以下載數(shù)據(jù)進(jìn)行DIY。