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最新13.7分純生信,研究某類巨噬細胞與腫瘤微環(huán)境的關系是個不錯的思路。

 公號生信小課堂 2022-04-26

影響因子:13.751

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研究背景:肌肉浸潤性膀胱癌(MIBC)的5年生存率低于50%,且治療效果不理想。免疫檢查點抑制劑(ICI)和靶向治療可為MIBC的治療提供新思路。腫瘤相關巨噬細胞(TAMs)在TME中可表現出多效性功能。IL-10作為一種免疫抑制細胞因子,它的分泌可能是一種功能性TAMs的特征。然而,免疫抑制IL-10+TAMs在MIBC中的臨床結果和治療方面的意義尚不清楚。

研究結果:

一、IL-10+TAMs浸潤對MIBC患者不良臨床預后的預后價值

下圖A-D:對中山醫(yī)院(ZS隊列)和TCGA隊列中的IL-10+TAMs浸潤患者進行Kaplan-Meier分析,表明,IL-10+ TAMs比總TAMs有更大的預后價值,并與MIBC患者的不良臨床預后有關。

二、IL-10+TAMs浸潤對MIBC患者ACT反應的預測價值

1、在TCGA和ZS隊列中,MIBC患者均未能從基于順鉑的輔助化療中獲益(圖2A,B)。

2、在兩組隊列中,IL-10+ TAMs浸潤高的ACT患者的生存獲益。在TCGA隊列中,低IL-10+TAMs浸潤的患者在接受ACT治療后,RFS較低(圖2A,下)。

三、識別IL-10+TAMs浸潤的免疫侵入微環(huán)境

1、根據TCGA隊列的RNA-seq結果,選擇差異表達基因(DEGs),進行GO分析,結果顯示多重免疫抑制基因集在IL-10+TAMs高亞組中富集,包括對T細胞增殖和免疫應答的負調控(圖3A)。

2、在TCGA隊列中的DEGs中,IL-10+TAMs高亞組中免疫檢查點基因表達上調(圖3B)。

3、IL-10+TAMs高亞組的患者表現出豐富的免疫浸潤狀態(tài),如圖3C所示,高IL-10+TAMs特征與較高水平的免疫抑制細胞和較低水平的活性樹突狀細胞相關。免疫組化結果一致(圖3D)。

4、利用TCGARNA-Seq數據,通過GSEA進一步描述了耗竭的CD8+T細胞和未成熟的NK細胞在IL-10+TAMs高亞組中高度富集(圖3E)。

5、CD8+T細胞的功能標記物與IL-10+TAMs浸潤呈負相關;CD8+T細胞的耗竭標記物與IL-10+TAMs浸潤呈正相關;FCM結果證實了IL-10+TAMs水平與免疫檢查點表達呈正相關(圖3F)。

四、通過scRNA-seq對MIBC的IL-10+TAMs特征進行分析

1、單細胞測序來自6個MIBC樣本和2個瘤周樣本(圖4A);分析顯示有11種細胞類型的26個細胞簇(圖4B),IL-10主要在所有細胞類型的巨噬細胞上表達(圖4C)。

2、IL-10+TAMs中M1巨噬細胞標志物表達顯著下調,而M2巨噬細胞標志物表達上調(圖4D)。

3、聚類分析顯示SOX7、MYC等核心轉錄因子也在IL-10+TAMs中富集(圖4E)。

4、IL-10+TAMs和耗竭CD8+T細胞之間存在相互作用(圖4F)。

5、NKG2D II受體-MICA在IL-10+TAMs中顯著富集,暗示IL-10+TAMs可能在重塑CD8+T細胞功能狀態(tài)中發(fā)揮作用(圖4G)。

五、IL-10+TAMs浸潤的分子特征和治療意義

1、圖5A:IL-10+TAMs與MIBC不同分子亞型的分布有關。IL-10+TAMs高亞組和低亞組中涉及MIBC的關鍵基因的突變率存在顯著差。

2、Cox分析顯示,在患者中IL-10+TAMs高水平與TP53等重要基因的修復功能相關;KMT2D突變可能介導IL-10+TAMs積累及其下游機制(圖5B)。

3、在IL-10+TAMs高亞組中觀察到較高的EGF 信號傳遞、抗原呈現和免疫檢查點分數,提示IL-10+較高的患者 的患者對EGFR靶向治療和免疫治療更敏感。

總結:本研究納入了臨床患者及數據庫患者信息,采用免疫組化、單細胞RNA測序和流式細胞術等檢測IL-10+TAMs的功能狀態(tài)及其與其他免疫細胞的相關性。結果發(fā)現,高IL-10+TAMs浸潤與總生存期和無復發(fā)生存期預后較差相關,具有抑制特征的IL-10+TAMs與免疫逃避性腫瘤微環(huán)境相關,此外,高IL-10+TAMs浸潤與基底特征亞型和增強EGF信號相關。提示IL-10+TAMs可能為EGFR靶向治療以及免疫治療提供指導,免疫抑制IL-10+TAMs作為治療靶點的潛力值得進一步探索。

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