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本次從投稿到接收不到兩個(gè)月
關(guān)于單基因泛癌分析，我們已經(jīng)介紹了很多。我們的客戶也發(fā)了數(shù)篇7分+的文章，只不過由于保密的原因，我們不會(huì)進(jìn)行宣傳，只能講解別人發(fā)的文章。 小編最近也篩選到一些結(jié)果比較好的基因，需要做深入分析的可以聯(lián)系小編喔。 單基因泛癌分析文章列表 對比剛發(fā)表的2區(qū)6.5分生信文章和我們的泛癌分析內(nèi)容 被致謝！2021年7分+單基因泛癌純生信，投稿到接受30天！ 適合發(fā)純生信或者生信加表達(dá)驗(yàn)證的基因 最新7.5分SCI 單基因單腫瘤生信+簡單實(shí)驗(yàn) 8分+ 單基因干濕結(jié)合，非常規(guī)思路，值得學(xué)習(xí) 單基因干濕結(jié)合發(fā)7.5分SCI，2個(gè)月接收，有實(shí)驗(yàn)條件的可輕易模仿 7.5分，2個(gè)月接收的單基因生信+組化驗(yàn)證 可重復(fù)！ 6.6分 不到兩個(gè)月接收 單基因生信+實(shí)驗(yàn)可以這樣做 7.7分nature子刊，單基因泛癌分析與免疫治療的關(guān)聯(lián) 6.2分 生信+實(shí)驗(yàn) 經(jīng)典套路，永不過時(shí)（一篇單基因泛癌的文章可以拆分成多個(gè)腫瘤單獨(dú)發(fā)） 6.2分SCI，從投稿到接收僅38天！剛見刊的單基因泛癌純生信 請掃描下方二維碼 發(fā)表雜志：Front Immunol. 影響因子：7.6 研究背景 CDCA4（細(xì)胞分裂周期相關(guān)蛋白4），也被稱為HEPP/SEI3/TRIPBr3，是一種被發(fā)現(xiàn)僅在造血祖細(xì)胞而非造血干細(xì)胞中表達(dá)的基因。根據(jù)以往的研究，CDCA家族基因與已知的細(xì)胞周期基因如CDC2、CDC7和細(xì)胞周期蛋白緊密相關(guān)。研究者已從多個(gè)物種的生理學(xué)和臨床病理學(xué)角度進(jìn)行了研究，認(rèn)為CDCA4在細(xì)胞周期調(diào)控中起到了關(guān)鍵作用。此外，有大量基于細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)將CDCA4與多種形式的惡性腫瘤（包括乳腺癌、非小細(xì)胞肺癌、骨肉瘤、頭頸部鱗狀細(xì)胞癌和卵巢癌）聯(lián)系起來。然而，CDCA4的具體致癌作用仍不清楚。 流程圖
CDCA4在多種癌癥和正常組織中的表達(dá)水平 下圖A：使用GTEx數(shù)據(jù)探索CDCA4在健康人多個(gè)器官中的表達(dá)水平。 下圖B：根據(jù)CCLE數(shù)據(jù)分析，CDCA4在多種癌細(xì)胞系中的表達(dá)普遍較高。 下圖C：根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)分析，CDCA4在20種癌癥和正常組織之間的表達(dá)存在差異。 下圖D：結(jié)合TCGA和GTEx的數(shù)據(jù)，CDCA4在27種癌癥和正常組織之間的表達(dá)存在差異。
CDCA4表達(dá)與癌癥不良預(yù)后相關(guān) 下圖：使用GEPIA中的“Pathological Stage Plot”模塊分析了CDCA4表達(dá)與癌癥病理分期之間的相關(guān)性。結(jié)果顯示：CDCA4高表達(dá)與ACC、ESCA、KICH、KIRP、LUAD、LIHC、THCA、TGCT癌癥晚期均呈顯著正相關(guān)關(guān)系。
下圖A：使用TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行單變量Cox回歸分析顯示，CDCA4表達(dá)與泛癌總生存期（OS）密切相關(guān)。其中CDCA4在KICH中的風(fēng)險(xiǎn)比（HR）最高。 下圖B：使用TCGA數(shù)據(jù)對各種癌癥類型的中位值進(jìn)行生存分析，表明CDCA4高表達(dá)的患者預(yù)后較差。 下圖C：高CDCA4表達(dá)與較差的OS相關(guān)。
下圖A：使用TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行Cox回歸分析顯示，CDCA4表達(dá)與無病生存期（DFS）之間存在相關(guān)性。 下圖B：CDCA4在各種癌癥類型中的表達(dá)和預(yù)后的生存分析。結(jié)果表明，與低表達(dá)組相比，CDCA4高表達(dá)的癌癥類型再次表現(xiàn)出更差的預(yù)后。 下圖C：CDCA4高表達(dá)與12種癌癥類型較差的DFS相關(guān)。
下圖A：采用Kaplan-Meier圖進(jìn)一步分析CDCA4表達(dá)與癌癥預(yù)后之間的相關(guān)性。結(jié)果表明，CDCA4表達(dá)與多種癌癥類型的預(yù)后相關(guān)，包括乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌和肝癌。 下圖B：將生存分析的結(jié)果整合到薈萃分析中，綜合結(jié)果表明CDCA4高表達(dá)與癌癥患者的不良預(yù)后顯著相關(guān)。
CDCA4表達(dá)與免疫浸潤 結(jié)果： 下圖：CDCA4的高表達(dá)與多種腫瘤免疫細(xì)胞浸潤量的增加有關(guān)。
下圖：與CDCA4表達(dá)最顯著相關(guān)的前3個(gè)腫瘤分別是TGCT、LUSC和BRCA(StromalScore)、LUSC、UCEC和SKCM(ImmuneScore)、LUSC、UCEC和SKCM(ESTIMATEScore)。表明CDCA4表達(dá)與癌癥中免疫浸潤程度密切相關(guān)。
CDCA4表達(dá)與癌癥免疫檢查點(diǎn)基因之間的相關(guān)性 下圖：CDCA4和免疫檢查點(diǎn)基因表達(dá)之間的相關(guān)性分析表明： ①CDCA4與TNF相關(guān)免疫基因（TNFRSF8、TNFRSF14、TNFRSF18）存在高度相關(guān)性。 ②作者還在KICH、LIHC和PRAD中發(fā)現(xiàn)了CDCA4與更多免疫檢查點(diǎn)基因之間存在大量共表達(dá)關(guān)系。 ③CDCA4通過免疫檢查點(diǎn)活性調(diào)節(jié)參與了腫瘤免疫反應(yīng)。 ④CDCA4表達(dá)與HNSC、LUSC、SARC、SKCM、THYM、UCEC和UCS中的大多數(shù)免疫檢查點(diǎn)分子之間呈負(fù)相關(guān)。
CDCA4與某些癌癥中的TMB和MSI相關(guān) 下圖：在BRCA、COAD、ESCA、LGG、LUAD、LUSC、PAAD、PRAD、SARC、SKCM、STAD、THYM和UCEC中，CDCA4的表達(dá)與腫瘤突變負(fù)荷（TMB）呈正相關(guān)。在DLBC和TGCT中，CDCA4表達(dá)與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）呈負(fù)相關(guān)，但在COAD、KICH、MESO、SARC、STAD和UCEC中，CDCA4表達(dá)與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）呈正相關(guān)。
CDCA4表達(dá)與不同癌癥中的MMR缺陷密切相關(guān) 下圖：作者研究了CDCA4表達(dá)與一些錯(cuò)配修復(fù)（MMR）基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM）之間的聯(lián)系。結(jié)果顯示，CDCA4表達(dá)與所有（33種）癌癥類型（不包括CHOL、COAD、KICH和READ）中的MMR基因表達(dá)顯著且強(qiáng)烈相關(guān)。
CDCA4和藥物反應(yīng) 下圖：在接受地高辛、順鉑、奈拉濱、5-氟脫氧尿苷、白屈菜紅、三乙烯美拉、羥基脲、噻替帕、克拉屈濱、氟達(dá)拉濱、苯丁酸氮芥、哌泊溴曼、尿嘧啶芥和甲氨蝶呤治療的患者中，CDCA4表達(dá)與大部分抗癌藥物反應(yīng)呈正相關(guān)，但是與帕納替尼呈負(fù)相關(guān)。
PPI網(wǎng)絡(luò)和富集分析 下圖A：利用GeneMANIA在線程序?yàn)镃DCA4創(chuàng)建了一個(gè)PPI網(wǎng)絡(luò)，如下圖A所示，以研究CDCA4在癌癥發(fā)生中發(fā)揮作用的可能過程。如圖所示，CDCA4與SERTAD4、SERTAD1、SERTAD3和SERTAD2之間表現(xiàn)出顯著相互作用。 下圖B：富集分析結(jié)果顯示，CDCA4相關(guān)分子功能與轉(zhuǎn)錄輔激活劑活性/磷酸酶調(diào)節(jié)劑活性/蛋白磷酸酶調(diào)節(jié)劑活性/蛋白絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶活性/DNA依賴性ATP酶活性有關(guān)；KEGG通路主要富集在多巴胺能突觸、AMPK、鞘脂相關(guān)途徑中。
CDCA4與CNV和甲基化 下圖A-B：在BLCA、HNSC、LUSC、OV和SARC中，CDCA4表達(dá)與基因拷貝數(shù)變異（CNV）呈正相關(guān)。 下圖C-D：除THYM外，CDCA4甲基化與大多數(shù)癌癥類型中的CDCA4表達(dá)密切相關(guān)，在BRCA、ESCA和TGCT中的相關(guān)性尤為明顯。
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