吳市最早是個村落，舊稱“雙溪”。到了明代形成集鎮(zhèn)，因吳氏大族世居此地故名“吳家市”，又稱“老吳市”。據(jù)舊縣志載：“老吳市跨金涇塘，為里人吳天憲所創(chuàng)，距城六十里?！钡角宕?，吳市成為常熟東鄉(xiāng)商業(yè)重鎮(zhèn)之一，集市貿(mào)易發(fā)達(dá)，故《里睦志》稱吳市與徐市、支塘、梅李為邑東四大鎮(zhèn)。

    抗戰(zhàn)爆發(fā)前夕，吳市集鎮(zhèn)的商業(yè)經(jīng)濟(jì)空前繁榮，有33個行業(yè)、146家商號；航運四通八達(dá)，除了常熟本縣，還有開往太倉、昆山、蘇州、上海、余杭的客貨輪船、航船。1937年11月13日，侵華日軍在常熟沿江的高浦口、徐六涇口、野貓口等處登陸，然后兵分?jǐn)?shù)路向常熟城區(qū)進(jìn)攻，沿途燒殺淫掠、罪行累累。日軍登陸地點就在吳市境內(nèi)，集鎮(zhèn)首當(dāng)其沖，遭受嚴(yán)重破壞，房屋毀于兵火者十之七八。后雖重建了部分房屋，但終究未恢復(fù)舊觀。

    舊時吳市集鎮(zhèn)，有街道橫一（東西向）、縱二（南北向），呈“艸”字形。1974年冬至1975年春，拓浚建新塘（我坐船來的河）。之后又拆去南街和東西街南側(cè)的大部分房屋，拓寬主街道，并新建了東風(fēng)飯店、工農(nóng)飯店、供銷社副食日雜門市部、五金社、縫紉社、花邊社、郵電局、農(nóng)業(yè)銀行等一批樓房。改革開放后，吳市鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)發(fā)展迅速，地方經(jīng)濟(jì)實力大增。1986年，常熟發(fā)電廠獲準(zhǔn)在吳市徐六涇籌建，吳市鎮(zhèn)區(qū)發(fā)展迎來新機遇，沿建新塘北岸向西迅速擴展。

    1992年，江蘇省常熟經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)（1993年更名）成立，吳市濱江地區(qū)被劃入開發(fā)區(qū)。1999年，原滸浦、碧溪、吳市三鎮(zhèn)合并組建新港鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐地在碧溪，后東張鎮(zhèn)又并入。2008年，碧溪新區(qū)成立，下轄的滸浦、吳市、東張撤鎮(zhèn)建街道，三個沿江古鎮(zhèn)從此發(fā)展停滯、逐漸邊緣化，電影《乘風(fēng)破浪》的外景地吳市東街，也愈加衰落，所以至今仍保存著四十年前的舊貌。

2012年8月26日，吳市建新塘邊西街。