國自然基金撰寫正酣,群友發(fā)來信息,希望解讀“焦亡”相關(guān)的研究大數(shù)據(jù)分析。 我們先看一下美國NIH在過去十年資助的焦亡及相關(guān)研究。 當(dāng)以“Pyroptosis”為檢索詞進行資助的項目搜索時可以發(fā)現(xiàn),美國2012年在此領(lǐng)域資助了9項研究,2021年資助了92項;十年增長10倍。
(??美國NIH于2012年在此領(lǐng)域資助了9項研究,2021年資助了92項。十年增長10倍。) 當(dāng)以“Pyroptosis”為檢索詞在Medline數(shù)據(jù)庫進行檢索式,可以看到,焦亡研究論文17.4%發(fā)表在9分以上期刊,4.4%發(fā)表在24分以上期刊;并且最近幾年的論文發(fā)表數(shù)量增速堪比火箭。 (焦亡研究發(fā)表的期刊分布及時間分布) 焦亡研究是目前研究的炙熱點。
https://www.ncbi.nlm./pmc/articles/PMC2910423/
細胞焦亡(pyroptosis)是一種細胞程序性死亡方式,表現(xiàn)為細胞不斷脹大直至細胞膜破裂,導(dǎo)致細胞內(nèi)容物的釋放進而激活強烈的炎癥反應(yīng);相比于細胞凋亡(apoptosis),細胞焦亡發(fā)生得更快,并會伴隨大量促炎癥因子的釋放;是機體重要天然免疫反應(yīng),在抗感染和內(nèi)源危險信號中發(fā)揮重要作用。
(細胞程序性死亡:焦亡(pyroptosis)、凋亡(apoptosis)、自噬(autophagy)、壞死性凋亡(necroptosis)。編者注) 從免疫治療角度來說,癌癥可按照抗腫瘤免疫應(yīng)答狀況分為三種:炎癥型、免疫排除型和免疫沙漠型。 炎癥型腫瘤-“熱腫瘤”,免疫治療的效果較好;免疫排除型、免疫沙漠型-“冷腫瘤”,免疫治療效果不理想?;诖死碚?,“冷腫瘤”的治療策略是先殺死一些癌細胞(如化療、溶瘤病毒)后,癌細胞釋放信號分子和抗原,將免疫細胞招募進腫瘤中。 距離發(fā)現(xiàn)凋亡現(xiàn)象的1986年已過去36年,目前,凋亡研究的方向除了廣為人知的免疫反應(yīng)相關(guān)的疾?。[瘤、腎病、感染、腸炎、動脈粥樣硬化等),焦亡研究還致力于阿爾茨海默癥(NLRP3炎癥小體識別β淀粉樣蛋白學(xué)說,PMID: 18604209)的治療,均獲得了不同程度的進展;是解決多種“不治之癥”的希望途徑之一。 焦亡研究成為頂級期刊、基金資助、臨床研究、藥物研發(fā)上市的多重?zé)狳c。
為了解目前在焦亡領(lǐng)域的研究進展,我們對發(fā)表的論文做了全面解讀,以找到這方面的研究熱點及哪些期刊喜歡焦亡研究,目前最活躍的研究機構(gòu)、最有影響力研究人員、最重要的研究論文等。
檢索數(shù)據(jù)庫:Medline 檢索工具:文獻鳥/PubMed 檢索時間:February 17, 2022 檢索及分析機構(gòu):Healsan Consulting LLC(美國恒祥咨詢); Stork(文獻鳥) 一,焦亡研究論文大數(shù)據(jù)分析
焦亡論文發(fā)表的時間和國家分布 全球已經(jīng)在焦亡領(lǐng)域發(fā)表了3,923篇Medline收錄的文獻;文獻鳥則檢索到3,916篇,對其中的3,911篇進行分析。 時間分布顯示,可以看到針對焦亡的研究論文數(shù)量,2018年有318篇,2021年為1,307篇。 國家分布可以看到,中國發(fā)表的研究論文數(shù)量為2073篇,占24.3%,排在第一位。 美國發(fā)表的文章數(shù)占24.1%; 德國、日本和澳大利亞分列第三到五位。
中南大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)、武漢大學(xué)人民醫(yī)院、哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院、浙江大學(xué)、四川大學(xué)、華中科技大學(xué)、山東大學(xué)、首都醫(yī)科大學(xué)在大學(xué)為單位的論文發(fā)表排名中居前十名。 St. Jude Children's Research Hospital、 武漢大學(xué)人民醫(yī)院、 哈爾濱醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院、 中南大學(xué)湘雅醫(yī)院、 波士頓兒童醫(yī)院、 南方醫(yī)院、 華西醫(yī)院、 同濟醫(yī)學(xué)院附屬協(xié)和醫(yī)院、 中南大學(xué)湘雅三醫(yī)院、 中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院是發(fā)表論文最多的前十五所醫(yī)院。
如下圖所示,顯示NLRP3、GSDMD、AIM2、NLRC4、NLRP1等是焦亡研究中最受關(guān)注的位點。 敗血癥、壓力、腦損傷、中風(fēng)和結(jié)腸炎 等是焦亡研究中最關(guān)注的疾病。括炎性小體、 NLRP3、 激活、 損傷和 信號通路 等。 可以看到發(fā)表焦亡相關(guān)研究最多的五個雜志是Front Immunol (IF=7.6)、 Cell Death Dis (IF=8.5)、 Int Immunopharmacol (IF=4.9)、 Front Pharmacol (IF=5.8)、 Oxid Med Cell Longev (IF=6.5)等。最有影響力學(xué)者及其關(guān)系網(wǎng)。(學(xué)術(shù)大咖及其關(guān)系網(wǎng)。) 學(xué)者影響力是基于 學(xué)者在該領(lǐng)域的論文影響因子總分。其中St. Jude Children's Research Hospital的Kanneganti, Thirumaladevi;北京生命科學(xué)研究所的Shao, Feng;Ghent University (比利時)的Lamkanfi, Mohamed;University of Lausanne(瑞士)的Broz, Petr;杜克大學(xué)的Miao, Edward A;哈佛大學(xué)的Wu, Hao;澳大利亞國立大學(xué)的Man, Si Ming;中科院上海巴斯德研究所的Liu, Xing;波士頓兒童醫(yī)院的Kagan, Jonathan C等在焦亡研究領(lǐng)域最為活躍。 二,焦亡研究領(lǐng)域 的經(jīng)典論文 除了發(fā)表論文的數(shù)量和研究者論文影響力之外(數(shù)量+質(zhì)量),單篇論文被引用次數(shù)是評價其學(xué)術(shù)影響力的重要指標。 所以我們通過大數(shù)據(jù)分析找到高引用論文,即領(lǐng)域內(nèi)的經(jīng)典論文。 從下圖可以看出焦亡研究領(lǐng)域論文的爆發(fā),及經(jīng)典論文的分布。高引用文章大多是該領(lǐng)域的經(jīng)典文章,適合于在撰寫立題依據(jù)或者綜述時引用。
如果我們只看最近發(fā)表的重要論文時,可以看到2022年新發(fā)表的論文中,既有對疾病的長期跟蹤臨床研究,也有新藥研發(fā)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)技術(shù)、機制研究。涉及的疾病有:感染(包括COVID-19)、炎性腸病(IBD)、神經(jīng)退行性變、肝病、卵巢癌預(yù)后。涉及到的研究重點、方法包括:鏈球菌致熱外毒素 B、 GSDMA、 TNF-α與IFN-γ、 Ragulator-Rag-mTORC1途徑、 Gasdermin D、 宿主-微生物界面、 細胞因子釋放抑制劑 CRID3、 白細胞介素-1、 USF2敲低、 AIM2炎性體、 NLRP3十聚體、 Dpp9抑制劑、 NLRP1的C末端、 炎癥小體、 死亡途徑的進化與其病原體的逃避等。了前面內(nèi)容,您已經(jīng)深信不疑的是:焦亡研究很值得做。尤其是研究生選題,可能這是一輩子課題的好起點。最簡單的方法:從模仿,到超越。
基礎(chǔ)研究學(xué)者:比如St. Jude Children's Research Hospital的Dr.Kanneganti, Thirumaladevi 。可以參考University Hospital Carl Gustav Carus at the Technische Universit?t Dresden(德國)的Tonnus, Wulf,發(fā)表的腎臟疾病系列的焦亡研究論文,機制結(jié)合臨床研究,由淺入深。 如果要做轉(zhuǎn)化,則可以參照Genentech Inc.(舊金山)的Dixit, Vishva M和Qu, Yan,致力于藥物的基礎(chǔ)研究開發(fā)到臨床應(yīng)用探索。而最容易的切入點還是經(jīng)典一套:A因子/蛋白通過B信號通路途徑調(diào)控了(抑制/增強)焦亡從而抑制/增強了C疾病/細胞的D功能。以及目前美國在研的部分焦亡領(lǐng)域基金。
小結(jié):通過針對焦亡論文的大數(shù)據(jù)分析,我們可以快速了解該領(lǐng)域研究的總體勢態(tài)、研究熱點、重要機構(gòu)、突出學(xué)者、經(jīng)典論文及這些論文發(fā)表的期刊分布。 1)焦亡研究,目前是醫(yī)生科學(xué)家最好的切入時機。一方面,焦亡的機制已經(jīng)比較清楚;另一方面,目前針對焦亡在不同疾病中的干預(yù)效果研究還遠遠不夠。 2)針對焦亡研究,美國NIH資助的基金十年增長10倍。全球已經(jīng)發(fā)表了3,923篇Medline論文,且論文數(shù)量快速增長;且有非常高的比例發(fā)表在高質(zhì)量期刊上。 3)焦亡研究發(fā)文最多期刊是Front Immunol (IF=7.6)、 Cell Death Dis (IF=8.5)、 Int Immunopharmacol (IF=4.9)、 Front Pharmacol (IF=5.8)、 Oxid Med Cell Longev (IF=6.5)等。有17.4%的研究發(fā)表在影響因子大于9分的期刊,4.4%發(fā)表在24分以上期刊。 4)焦亡研究領(lǐng)域廣泛,除了感染性疾病,在自身免疫病(炎性腸病、腎病)、 神經(jīng)退行性變、 肝病、 卵巢癌預(yù)后等領(lǐng)域都有研究。 5)針對焦亡研究最有影響力的論文,已經(jīng)由機制探索、細胞和動物實驗,轉(zhuǎn)向臨床轉(zhuǎn)化和研發(fā)。 6)由于我們的專業(yè)知識所限,本大數(shù)據(jù)分析可能存在誤差;且僅為學(xué)術(shù)交流用,不用于任何排名或者比較。也期待各位專家點評及提出改進意見。
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