BACKPACK

科白君的土壤世界推文匯總

不知不覺，公眾號成立也快1年了。在大家的支持下，通過堅持與努力，公眾號陸續(xù)推送了80多篇原創(chuàng)推文。今天，將所有推文總結(jié)并歸納為幾個部分，整理了一個推文目錄，方便大家能更快速地查閱自己感興趣的內(nèi)容。

文章中可能存在一些我們暫時沒有發(fā)現(xiàn)的錯誤。這些錯誤有時可能是由于R包的更新，有時可能是由于“筆誤”。大家閱覽時可以多多思考，針對自己的需要使用對應(yīng)的分析。

希望我們能和喜歡科白君的朋友們共同進(jìn)步......

   R語言版塊     

該版塊主要以R語言內(nèi)容為主，包括新手、R語言數(shù)據(jù)分析、R語言繪圖、R語言應(yīng)用系列。

01

R語言新手系列

對新手的幾點建議

新手踩過的坑，你踩過幾個？(上）

新手踩過的坑，你踩過幾個？(下）

R包的安裝與使用

BIOM、txt、csv和xlsx格式的數(shù)據(jù)導(dǎo)入

R語言輸入與輸出總結(jié)

數(shù)據(jù)集的內(nèi)在

規(guī)范你的統(tǒng)計分析

數(shù)據(jù)分析中的"國道"—連接

全矩陣轉(zhuǎn)化為三角矩陣

數(shù)據(jù)類型的轉(zhuǎn)換

環(huán)境、生態(tài)、土壤、植物及微生物領(lǐng)域期刊的最新影響因子(JCR)

農(nóng)林、環(huán)境、生物、生態(tài)、地學(xué)等學(xué)科期刊分區(qū)及影響因子(中科院)

中英文文獻(xiàn)下載較全攻略

02

分析系列

常規(guī)分析：

快捷鍵：  Rstudio快捷鍵

參數(shù)分析：  T檢驗與方差分析

非參數(shù)分析：  ADONIS、ANOSIM、PERMANOVA及 MRPP的使用與選擇

變量相關(guān)性分析： 相關(guān)性分析及其繪圖      

線性模型：  基礎(chǔ)線性擬合模型的選擇     廣義線性模型分析（GLM）

                    全子集模型

排序分析： PCA分析與可視化      PCOA分析

                   CCA和RDA分析         NMDS分析

                   CAP分析                    LDA分析

方差分解分析：  方差分解分析（VPA）

隨機(jī)森林：  隨機(jī)森林分析  隨機(jī)森林機(jī)器學(xué)習(xí)法

支持向量機(jī)：  支持向量機(jī)

一些用特定R包完成的分析：  Meta分析     R語言文獻(xiàn)調(diào)研和分析

微生物分析：

微生物多樣性： 微生物α多樣性

矩陣相關(guān)性分析：  BioEnv分析     Mantel與偏Mantel分析

                              普魯克分析

網(wǎng)絡(luò)分析：  網(wǎng)絡(luò)分析     模塊分析與提取拓?fù)鋮?shù)

群落構(gòu)建算法：  βNTI與NST分析

生態(tài)位：  計算生態(tài)位寬度與生態(tài)位重疊

03

繪圖系列

散點圖：  散點圖     擬合曲線

柱狀圖：  單組和多組柱狀圖

集合：  維恩圖(Venn)&集合圖(Upset)

地圖：全球樣點的地理信息圖     循環(huán)處理與繪圖

           中國地圖(黑白)     中國地圖(彩色)

ggplot2：  ggplot2包邏輯      修改ggplot2主題

ggpubr：  使用ggpubr包

export：  安裝export包

拼圖：  拼圖R包及用法

04

R語言的小嘗試

計算數(shù)據(jù)的置信區(qū)間

函數(shù)function()定義與循環(huán)

用R處理工作生活中遇到的分組問題

用詞云圖祝教師節(jié)快樂

用rvest包編寫簡單的靜態(tài)網(wǎng)頁爬蟲

   文獻(xiàn)解讀版塊     

01

土壤碳系列

氣候變暖下微生物介導(dǎo)施肥減緩?fù)寥烙袡C(jī)碳的損失

大陸尺度土壤無機(jī)碳的大量損失

全球活性礦物固存土壤碳的氣候驅(qū)動閾值

變暖通過加速植源有機(jī)質(zhì)降解來促進(jìn)了底土碳的流失

礦物和微生物特性介導(dǎo)的永久凍土碳釋放的溫度敏感性

土壤微生物碳泵作為陸地碳匯的新概念

微生物生活史策略的權(quán)衡影響著亞熱帶森林土壤中微生物殘體的命運

氣候變暖改變了高寒草地底層土壤的碳動態(tài)，但對表土沒有影響

微生物群落競爭代謝和合作代謝間的兩極分化

氮沉降加速了熱帶森林土壤固碳

有機(jī)碳質(zhì)量是土壤微生物氮素固持的關(guān)鍵驅(qū)動因素

不活躍與低效：增溫與干旱對高寒草地底土微生物碳利用的影響

02

土壤氮系列

土壤中真菌和細(xì)菌無機(jī)氮固定速率的計算

利用15N-氨基糖穩(wěn)定同位素探針法(15N-SIP)示蹤土壤細(xì)菌和真菌群落對肥料氮的同化作用

不同質(zhì)子源對亞熱帶玉米種植紅壤酸化的貢獻(xiàn)

土壤微生物在驅(qū)動陸地氮素固持中的重要作用

黑麥草改良對塑料大棚土壤氮素固定和礦化的影響：一項15N示蹤研究

秸稈還田條件下微生物殘體對減少施肥的動態(tài)響應(yīng)