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miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預(yù)測

 生信交流平臺 2021-12-29

1. miRBase數(shù)據(jù)庫介紹及miRNA數(shù)據(jù)下載

2.miRBase物種名縮寫

3.miRNA 靶向預(yù)測軟件targetscan

4.RNA相互作用神器——ENCORI

也給大家介紹過一些miRNA數(shù)據(jù)處理相關(guān)的內(nèi)容

1.如何獲取人的所有miRNA ID

2.三種方法提取miRNA成熟體序列

3.R下載合并ENCORI miRNA靶基因數(shù)據(jù)

還給大家介紹過如何基于ENCORI數(shù)據(jù)庫和Targetscan數(shù)據(jù)庫里面的數(shù)據(jù),利用R來批量預(yù)測miRNA的靶基因,包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之間的調(diào)控關(guān)系。

1.R批量預(yù)測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-ENCORI篇

2.R批量預(yù)測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系-TargetScan篇

    可能有些小伙伴會覺得公眾號里面的內(nèi)容比較分散,不夠系統(tǒng)。雖然批量預(yù)測的代碼,我寫了很詳細(xì)的注釋,可能還是有些小伙伴覺得理解起來有些費勁。所以我特地將miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)介紹和miRNA靶基因批量預(yù)測整理成了一個線上課程。除了公眾號里面已經(jīng)講解過的miRBase,ENCORI和targetscan這幾個數(shù)據(jù)庫,我還增加了另外一些常用的數(shù)據(jù)庫,如mirTarBase,miRcode。對ENCORI和targetscan這兩個數(shù)據(jù)也進(jìn)行了更深入和細(xì)致的講解。

對于R批量預(yù)測miRNA靶基因的代碼,也利用視頻進(jìn)行了詳細(xì)的講解,方便大家理解。課程的詳細(xì)信息如下

miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預(yù)測

課程網(wǎng)址:

https://ke.qq.com/course/3418547

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