1. 核對樣品名稱、編號
2. 通過詢問樣品提供人，查閱文獻等，了解樣品其他知識，例如熔點，沸點，溶解性等理化性質(zhì)以及樣品來源、合成路線、光譜、波譜數(shù)據(jù)等
3. 可能含有的雜質(zhì)，樣品大致含量
4. 樣品保存狀況，對溫度，光是否敏感
5. 進行LC-MS 分析前最好大致清楚LC 條件，使體系得到比較好的分離，流動相緩沖體系符合MS 要求
6. 色譜柱和管路的清洗：新的色譜柱以及分析過大量樣品的色譜柱，可能要先沖洗很長時間才能干凈；某些樣品非常容易吸附在進樣閥和管路中，尤其是采用針泵進樣時，應(yīng)先用空白溶劑充分清洗管路。
7. 如果原來溶解樣品的溶劑不合適LC-MS 分析，此時應(yīng)用N2 吹干，再用流動相定量溶解。溶解樣品的溶劑一定要和流動相一致，否則得到的譜圖不純，峰形不好，變寬，出怪峰等等；某些固體直接用流動相不溶，可以先加一滴DMSO(二甲亞砜)，再加甲醇或乙腈等稀釋。
8. 進樣順序要先稀后濃，定量溶解，濃度控制在幾個ppm 級，不然易污染系統(tǒng)，造成本底太高影響分析結(jié)果。
9. 濃度非常低的樣品不能保存太長時間，容器吸附、分解等原因使樣品濃度降低，樣品工作液應(yīng)現(xiàn)配現(xiàn)做。
二、色譜柱的選擇
1. 選擇原則：可長一些，最好能夠基線分離，若做不到，可以通過提取離子(XIC)來得到較好的色譜圖。內(nèi)徑無要求，粗細均可，但注意應(yīng)使流動相的流速與色譜柱的內(nèi)徑相匹配(一般，4.6mm 柱，流速1ml/min；3mm 柱，流速500ml/min；2.1mm 柱，流速200ml/min；1mm 柱，流速50ul/min 左右)。
2. 流動相流量大小，MS 分析前是否需要分流，取決于使用的離子源。一般API2000/3000，流速高于600ml/min，需要分流；對于API3200/4000/5000，由于使用Turbo V 離子源，流速低于2ml/min 的情況，皆不需要分流。
3. 要對各種廠家的色譜柱有所了解，對于一些特殊的化合物必需使用特殊的色譜柱進行分離，相關(guān)的知識可以向色譜柱供應(yīng)商索取。大多數(shù)著名的色譜柱廠商都有自己的色譜柱分析數(shù)據(jù)庫，里面可能會有你想要的信息。
三、LC條件的優(yōu)化
1. LC 梯度的設(shè)定，目的是快速分離，峰形好，縮短時間，提高效率，可以將
所有化合物都沖出，防止影響下一個樣品的測定。
2. 采取梯度洗脫，如分析多肽類化合物一般采取梯度洗脫，此時的信號會比等度洗脫時強很多，而且加大進樣量，是提高靈敏度的一種有效措施，但是分析時間較長，且需要有色譜柱平衡的時間。
四、離子化方式的選擇
1. 根據(jù)樣品性質(zhì)確定離子化方式：對于高極性的化合物，如：大分子(蛋白質(zhì)、肽類、低聚核苷酸等生物分子)、胺類、季銨鹽等、含雜原子化合物如氨基甲酸酯等，適合ESI；弱極性/中等極性的小分子，如脂肪酸，鄰苯二甲酸等；含雜原子化合物如氨基甲酸酯、脲等，適合APCI
2. 不適合用ESI 方式的化合物：極端非極性化合物如苯等；不適合用APCI 方
式的化合物：非揮發(fā)性、熱穩(wěn)定性差的樣品
3. 一般堿性化合物宜用正離子方式，酸性化合物宜用負離子方式，如未知，可能正負都要做，有些化合物正負都出峰，選擇靈敏度高的方式，不明確的優(yōu)先用正離子方式試
4. APPI，適合非極性化合物，同GC/MS 有重復(fù)，但一般小型臺式GC/MS，分子量范圍小，APPI 比GC/MS 可測比較高分子量的化合物。
六、確定化合物分子量
1. 對于純樣品，首先可采用針泵直接進樣，察看存在哪些離子，設(shè)置低的DP電壓可使譜圖簡單。通過改變DP，觀察離子的增減M+1、+18、+23、+39、2M+1 等等，初步判斷分子量
2. 注意要采集一段時間的溶解樣品的溶劑本底信息，DP 同實際樣品相同，以便扣除本底干擾，可使用高、低DP 電壓各做一次，例如20V、80V 等，一般低流速FIA 方式最適合
3. 注意，當樣品溶液內(nèi)含有強離子抑制物質(zhì)時，直接進樣可能看不到化合物的分子峰，此時需要經(jīng)色譜柱分離或重新處理樣品。
4. 選擇一種通用的源參數(shù)及源位置，以適合樣品中大部分化合物的分析，該參數(shù)的確定可按照定量方法中FIA 優(yōu)化，通常主要取決于流動相有機溶劑比例和流速。
正離子方式常出現(xiàn)如下離子：
1. -Na 22 Da. higher than M+H
-K 38 Da. higher than M+H
-Li 6 Da. higher than M+H
-NH4 17 Da. higher than M+H
-ACN 40 Da. higher than M+H
2. 有時還可能出現(xiàn)M+H2O+H、2M+H、3M+H、2M+Na 等
3. 有意添加可以幫助確定化合物的分子量：例如有幾個峰無法判斷分子離子是哪個，此時加入微量Li+，有可能觀察到增加6 的峰，而通常碎片峰很少加
合。
負離子方式常出現(xiàn)如下離子：
1. -TFA 114 Da. higher than M-H (113、227 為背景離子)
2. -Acetate 60 Da. higher than M-H
3. -Formic 46 Da. higher than M-H
4. -Cl 36 Da. higher than M-H
LC-MS 中常見的本底離子：
1. m/z 50-150, 溶劑離子，[(H2O)nH+ ，n= 3-112]
2. m/z 102, H+乙腈+乙酸, C4H7NO2H+,102.0549
3. m/z 102, 三乙胺, (C2H5)3NH+,102.1283
4. m/z 149, 管路中鄰苯二甲酸酯的酸酐，C8H4O3H+,149.0233
5. m/z 288, 2ml 離心管產(chǎn)生的特征離子
6. m/z 279, 管路中鄰苯二甲酸二丁酯 C16H22O4H+, 279.1591
7. m/z 316, 2ml 離心管產(chǎn)生的特征離子
8. m/z 384, 樣品瓶光穩(wěn)定劑產(chǎn)生的離子
9. m/z 391, 管路中鄰苯二甲酸二辛酯, C24H38O4H+, 391.2843
10. m/z 413, 鄰苯二甲酸二辛酯+鈉, C24H38O4Na+, 413.2668
11. m/z 538, 乙酸+氧 +鐵（噴霧管）, Fe3O(O2CCH3)6, 537.8793
同位素離子
1. 各種元素的同位素，基本上按照其在自然界的豐度比出現(xiàn)在質(zhì)譜中，這對于利用質(zhì)譜確定化合物及碎片的元素組成有很大方便，如氯35 和37，溴79和81。
2. 同位素分布圖，可用Analyst 中計算器(Calculator)功能模擬，對于分子量較大，含C 較多的分子，最高峰可能是C13 同位素峰，分析數(shù)據(jù)時要注意。
3. 利用穩(wěn)定同位素合成標記化合物，如：氘等標記的化合物，再用質(zhì)譜法檢出這些化合物，在質(zhì)譜圖外貌上無變化，只是質(zhì)量數(shù)的位移，從而說明化合物
結(jié)構(gòu)，反應(yīng)歷程等。
