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在研究一個(gè)基因之前，首先還是要了解這個(gè)基因的基礎(chǔ)表達(dá)情況的。在之前的一些推送當(dāng)中，我們介紹過(guò)一些關(guān)于基因表達(dá)情況查詢的數(shù)據(jù)庫(kù) [[GEDS-基因表達(dá)可視化工具]] 之前的一些數(shù)據(jù)主要是基于 bulk RNA-seq 來(lái)進(jìn)行分析的。目前隨著單細(xì)胞測(cè)序的數(shù)據(jù)越來(lái)越多，也就允許我們可以在單細(xì)胞的水平上關(guān)系基因的表達(dá)情況了。所以也就有了 CancerSCEM : https://ngdc./cancerscem/index  背景數(shù)據(jù)集CancerSCEM 是一個(gè)基于腫瘤單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)分析基因表達(dá)情況的數(shù)據(jù)庫(kù)。作者收錄了多個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)：GEO, ArrayExpress, EBM, GSA, ZENODO 多個(gè)公共測(cè)序數(shù)據(jù)存放數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)。最終獲得了 20 種人類(lèi)癌癥類(lèi)型的 208 個(gè)樣本。  對(duì)于收集到的單細(xì)胞測(cè)序的數(shù)據(jù)都按照常規(guī)的分析流程來(lái)進(jìn)行分析。  最終就得到了 CancerSCEM 這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。 數(shù)據(jù)庫(kù)使用目標(biāo)測(cè)序數(shù)據(jù)檢索在 CancerSCEM 當(dāng)中我們首先可以檢索目前這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中有哪些數(shù)據(jù)集。通過(guò)檢測(cè)可以了解每一個(gè)數(shù)據(jù)集的基本信息。  同時(shí)可以點(diǎn)擊Analysis 來(lái)了解每一個(gè)數(shù)據(jù)集分析的具體情況。  在 CancerSCEM 當(dāng)中提供了這個(gè)數(shù)據(jù)集的所有單細(xì)胞數(shù)據(jù)的基本分析結(jié)果 具體項(xiàng)目檢索另外如果我們有具體的想要分析的基因的話可以在Search當(dāng)中進(jìn)行檢索。  通過(guò)檢索，就可以知道這個(gè)基因在不同腫瘤當(dāng)中單細(xì)胞測(cè)序的基本表達(dá)情況  在線分析同時(shí)由于是單細(xì)胞測(cè)序，所以就會(huì)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分群。我們同樣也可以分析在不同的細(xì)胞類(lèi)型當(dāng)中某一個(gè)基因的表達(dá)情況  可以比較某一個(gè)基因在不同細(xì)胞當(dāng)中的表達(dá)水平  同樣也可以知道某一個(gè)基因在單細(xì)胞水平中和哪些基因存在相互作用關(guān)系。  總的來(lái)說(shuō)以上就是這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)基本使用方法了。相當(dāng)于作者對(duì)很多公共的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)都進(jìn)行了分析。如果有自己想要研究的腫瘤的話，同時(shí)需要單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的話，可以來(lái)這里檢索一下。說(shuō)不準(zhǔn)已經(jīng)有分析好的了。直接查詢即可了。 |
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