兩分鐘SCI熱圖攻略：八大類熱圖工具360°揭秘！課題組的香餑餑就是你！

小夢(mèng)想在努力 2021-08-09

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好用的工具源源不斷，就像令人垂涎欲滴的新品蛋糕。而熱圖，作為生信分析中入門級(jí)的數(shù)據(jù)可視化手段，仍作為經(jīng)典的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目被廣泛使用。

即使是一項(xiàng)必備的入門分析項(xiàng)目，但若在對(duì)R語言等編程語言十分陌生的情況下，想要完成熱圖的繪制，仍艱難且耗久。

就像前兩天，有懵懵的小師妹反饋到：

小師妹一時(shí)半會(huì)搗鼓不了編程怎么辦？基迪奧OmicShare云工具平臺(tái)為用戶提供便捷的數(shù)據(jù)分析和可視化服務(wù)，熱圖什么的區(qū)區(qū)不在話下！

熱圖作為OS上使用頻率最高的工具之一，受歡迎程度可想而知。目前，平臺(tái)上共擁有8款與熱圖相關(guān)的工具，根據(jù)使用者的目的、數(shù)據(jù)類型及研究?jī)?nèi)容的不同可進(jìn)行不同熱圖的繪制。

今天給大家把目前平臺(tái)上有的熱圖工具做一個(gè)梳理。光知道要畫熱圖，但要畫什么樣的熱圖呢？看過這一篇你就知道啦！會(huì)的溫故而知新，不會(huì)的趕緊點(diǎn)贊收藏加轉(zhuǎn)發(fā)三連走起！

OmicShare工具總鏈接傳送車：

https://www./tools/Home/Soft/getsoft

八大類熱圖

OS云平臺(tái)目前共擁有8款熱圖有關(guān)工具，分別為：熱圖、動(dòng)態(tài)熱圖、組間相關(guān)性分析、組內(nèi)相關(guān)性分析、動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組間）、動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組內(nèi)）、動(dòng)態(tài)PCoA（基礎(chǔ)版）、二值熱圖。具體在“工具中心”搜索“熱圖”即可查看全部。工具如下：

熱圖

在熱圖類工具中使用頻率最高，即“經(jīng)典入門款”。嘗試的第一步從它邁進(jìn)，總不會(huì)出錯(cuò)。我們?cè)跓釄D中可以把與豐度有關(guān)的大量數(shù)據(jù)進(jìn)行聚合，用漸變顏色來直觀展現(xiàn)數(shù)據(jù)的大小，從而展現(xiàn)豐度數(shù)據(jù)在不同樣本中的變化規(guī)律。

適用范圍：

萬金油，哪里需要哪里搬。轉(zhuǎn)錄組、代謝組、蛋白組、16S啥的，只要跟豐度有關(guān)，輸入數(shù)據(jù)一次成型，飛機(jī)都沒那么快。

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微生物群落文章中的熱圖都有哪些神奇操作？

工具鏈接傳送車：

https://www./tools/Home/Soft/heatmap

動(dòng)態(tài)熱圖

熱圖的“進(jìn)階Pro版”，師傅領(lǐng)進(jìn)門，效果炫不炫酷看個(gè)人。動(dòng)態(tài)類工具也是我們OS云工具平臺(tái)的一大特色，在提交項(xiàng)目后仍能夠?qū)Ω黝悎D形參數(shù)進(jìn)行反復(fù)修改和調(diào)整，讓你享受不用編程也能指點(diǎn)江山的快樂。

若輸入了分組文件，則出圖可選擇顯示所有樣本或是分組后的樣本信息。例如C1、C2、C3為對(duì)照組的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)樣品，我們可以按需求選擇三組數(shù)據(jù)都展示，或者展示一個(gè)平均值(Control)組數(shù)據(jù)。

在調(diào)整面板里，基本所有的參數(shù)信息都可進(jìn)行自定義，包括標(biāo)題、字體、選擇是否聚類及歸一化、格子的形狀大小、顏色等等，可以選擇我們提供的經(jīng)典配色，當(dāng)然也可以自己想怎么調(diào)就怎么調(diào)！專屬私人定制炫酷到老家，有強(qiáng)迫癥的孩子都饞哭了！老板挑剔的就給他調(diào)個(gè)十張八張！

適用范圍：

和入門級(jí)熱圖相同，但更適合想要在熱圖中展示分組，以及對(duì)熱圖參數(shù)親自操刀的朋友們。

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不會(huì)編程也能做可以隨意調(diào)整的熱圖啦！

彩！這般漂亮又個(gè)性的熱圖怎么畫？

如何繪制通路圖與熱圖的組合圖？

工具鏈接傳送車：

https://www./tools/home/report/reportheatmap.html

組間相關(guān)性/組內(nèi)相關(guān)性分析

這兩個(gè)熱圖工具一般用于說明表格數(shù)據(jù)間的相關(guān)性。那為什么要分析組內(nèi)/組間的相關(guān)性呢？

基因表達(dá)量的高低有可能影響代謝物的種類和豐度；溫度、pH等環(huán)境因素也無時(shí)無刻不影響著微生物的群落結(jié)構(gòu)。不同組學(xué)數(shù)據(jù)之間往往存在關(guān)聯(lián)，想從復(fù)雜的數(shù)據(jù)變化尋找到本質(zhì)的關(guān)聯(lián)規(guī)律，這個(gè)時(shí)候，相關(guān)性分析就閃亮登場(chǎng)啦。

組間相關(guān)性熱圖

組間相關(guān)性分析即展示兩個(gè)表格間每行數(shù)據(jù)的一個(gè)相關(guān)性情況，如上圖，展示了溫度、pH值等環(huán)境因素?cái)?shù)據(jù)和微生物OTU豐度數(shù)據(jù)間的關(guān)聯(lián)。

組內(nèi)相關(guān)性熱圖

組內(nèi)相關(guān)性分析即計(jì)算一個(gè)表格內(nèi)所有數(shù)據(jù)的兩兩相關(guān)性。例如，我們一般會(huì)根據(jù)自己的需求選擇以列（樣本）為向量或者以行（基因）為向量，對(duì)樣本（列向量）的分組差異進(jìn)行評(píng)估，評(píng)價(jià)樣本的重復(fù)性好不好，以及通過計(jì)算基因（行向量）之間的相關(guān)性，來評(píng)估基因間的關(guān)聯(lián)特征。如上圖，展示了樣本與樣本間的相關(guān)性。

適用范圍：

探究不同組學(xué)數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)規(guī)律、評(píng)估樣本的重復(fù)性等，閉眼用就完事！

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組間相關(guān)性分析：

https://www./tools/Home/Soft/ica2

組內(nèi)相關(guān)性分析：

https://www./tools/Home/Soft/ica

動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組內(nèi)）/動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組間）

和動(dòng)態(tài)熱圖工具一樣，這兩個(gè)也是前面組內(nèi)/組間相關(guān)性分析工具的“進(jìn)階Pro版”。

動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組間）

動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組內(nèi)）

適用范圍：

和組內(nèi)/組間相關(guān)性分析相同。想一次到位省事兒用前面兩個(gè)普通版，想自己修改參數(shù)的用這兩個(gè)pro版。如果要說還有什么不好用的地方，那就是這些工具操作太方便、出圖太快，剩下的時(shí)間還可以來兩盤王者榮耀和吃雞。

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你會(huì)為熱圖添加“小星星”嗎？

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動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組內(nèi)）：

https://www./tools/home/report/reporticawg.html

動(dòng)態(tài)相關(guān)性熱圖（組間）：

https://www./tools/home/report/reporticabg.html

動(dòng)態(tài)PCoA（基礎(chǔ)版）

PCoA也是一種展示樣本間相似性的分析方式，和PCA分析一樣都是通過降維方式尋找樣本之間的差異。與PCA不同的點(diǎn)在于PCoA是利用Unifrac、Bray-Curtis等樣本距離信息來進(jìn)行計(jì)算以及降維圖形展示，因此結(jié)果更集中于體現(xiàn)樣本間的相異性距離。

這個(gè)工具輸出的圖片除了二維及三維的PCoA分析圖，還有一張樣本距離分析熱圖，即以熱圖的形式來直觀展示不同分類水平、不同距離模型的樣本距離。如圖，行和列代表的都是樣本，顏色代表樣本距離大小。數(shù)值越大顏色越接近紅色則代表距離越遠(yuǎn)，數(shù)值越小顏色越接近藍(lán)色則代表距離越近。

動(dòng)態(tài)版的工具當(dāng)然也可以修改參數(shù)，進(jìn)行圖片的美化。跟前面的動(dòng)態(tài)工具用法相同，這里就不再贅述。

適用范圍：

想在PCoA分析中以熱圖的形式直觀展現(xiàn)樣本距離關(guān)系。

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云平臺(tái)動(dòng)態(tài)交互PCoA工具上線啦

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https://www./tools/home/report/reportpcoa.html

二值熱圖

相較于傳統(tǒng)熱圖用漸變的格子顏色來直觀展現(xiàn)一連串較為“連續(xù)”數(shù)據(jù)的疏密程度或頻率高低，有些時(shí)候，我們想要在熱圖中展現(xiàn)的數(shù)據(jù)是一些分類變量，比如把不同的數(shù)據(jù)劃分為“顯著”、“不顯著”，或者“group1”、“group2”、“group3”、“group4”類似的分類分組的數(shù)據(jù)，二值熱圖，專業(yè)為你服務(wù)。

二值熱圖效果如上，不同的顏色表示不同的分組信息，灰色代表數(shù)值不在我們的分組范圍內(nèi)。

適用范圍：

想用熱圖的形式對(duì)分類分組的數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

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如何繪制“俄羅斯方塊”熱圖？

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https://www./tools/Home/Soft/binary_heatmap

八大類與熱圖有關(guān)的工具全部介紹完畢，大家可以回想一下自己的課題需要用到哪些，然后就可以行動(dòng)起來了。

使用這些快捷方便且顏值出眾的科研利器，畫出炫酷的圖還不是分分鐘的事？別不信，下一個(gè)課題組懷揣絕技、深藏功與名的科研大佬就是看到最后的你！

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來自：小夢(mèng)想在努力 > 《火山/熱/韋恩》

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