在笛卡爾看來(lái)，真正的哲學(xué)的第一部分是形而上學(xué)，形而上學(xué)包含著知識(shí)的原則，比如上帝主要屬性的定義、靈魂的非物質(zhì)性和我們擁有的所有清楚而簡(jiǎn)單的觀念。第二部分是物理學(xué)，在發(fā)現(xiàn)了物質(zhì)事物的真正原則后，我們?cè)谖锢韺W(xué)中通常研究整個(gè)宇宙是如何構(gòu)成的，然后研究地球的性質(zhì)和在地球上發(fā)現(xiàn)的所有事物的性質(zhì)，如空氣、水、火、磁鐵和其他物質(zhì)，然后研究植物、動(dòng)物尤其是人的本性，以便發(fā)現(xiàn)對(duì)我們有用的其他科學(xué)。

“這樣哲學(xué)作為一個(gè)整體就像一棵樹(shù)，這棵樹(shù)的根部是形而上學(xué)，樹(shù)干是物理學(xué)，從樹(shù)干中長(zhǎng)出來(lái)的分枝是所有其他科學(xué)，可以歸結(jié)為三個(gè)主要部分：醫(yī)學(xué)、力學(xué)和倫理學(xué)—我是指更高一級(jí)和最為完善的道德科學(xué)，這一科學(xué)預(yù)設(shè)了對(duì)其他科學(xué)的完全知識(shí)，是最高級(jí)的智慧。”

笛卡爾的《哲學(xué)原理》的第一部分包含了形而上學(xué)，其他三部分，處理“物理學(xué)中最一般的東西”。

笛卡爾的目標(biāo)是要發(fā)現(xiàn)一些確定、自明的真理，比如具有常識(shí)和推理能力的人都會(huì)接受的真理。經(jīng)院哲學(xué)不可能給予我們這樣的知識(shí)，在同一主題上存在著許多不同的觀點(diǎn)，因此在經(jīng)院哲學(xué)中尋找確定性是徒勞的。其他科學(xué)實(shí)際上采取了經(jīng)院哲學(xué)的原則，在這樣不穩(wěn)固的基礎(chǔ)上不可能建立牢固的東西。我們得到的是大量虛假觀點(diǎn)，被包圍在錯(cuò)誤和懷疑之中，而沒(méi)有得到清晰確定的知識(shí)。在哲學(xué)中沒(méi)有一個(gè)主題是不可爭(zhēng)辯的。因此，如果我們希望在科學(xué)中有確定不變的東西，就必須除掉這些意見(jiàn)，從其地基開(kāi)始重新建立知識(shí)的大廈。

我們不能接受傳統(tǒng)的觀點(diǎn)，而必須研究自然這部大書。“即使閱讀了柏拉圖和亞里士多德的所有論證，如果不能對(duì)任何命題形成合理的判斷，我們也永遠(yuǎn)不可能成為哲學(xué)家?！敝绖e人的觀點(diǎn)并不是科學(xué)，而是歷史。人們應(yīng)當(dāng)獨(dú)立思考。但是我們?cè)谠噲D獲得清晰明確的知識(shí)時(shí)應(yīng)當(dāng)如何行動(dòng)？應(yīng)當(dāng)遵循什么樣的方法？數(shù)學(xué)的榜樣給我們提示了在推理中應(yīng)當(dāng)遵循的步驟。只有數(shù)學(xué)家才能夠發(fā)現(xiàn)確而自明的命題。我們毫無(wú)疑問(wèn)接受這樣的表述：二加二等于四，三角形的三個(gè)角之和等于兩個(gè)直角之和。如果我們可能在哲學(xué)中發(fā)現(xiàn)類似的真理，無(wú)數(shù)的辯論和爭(zhēng)議將會(huì)停止：我們將能夠證明上帝的存在、靈魂的不朽和外部世界的實(shí)在性，也將為成功的科學(xué)建立安全的基礎(chǔ)。

我們?nèi)绾芜M(jìn)行數(shù)學(xué)研究，遵循什么樣的方法？我們從自明的公理或者原理開(kāi)始，所有知道并理解這些公理或原理的人都會(huì)接受它們。我們將這些公理作為我們推演其他命題的出發(fā)點(diǎn)，這些命題邏輯地從這些原理中推出，如果在推理上沒(méi)有錯(cuò)誤，這些命題具有和前者一樣的確定性。也即是說(shuō)，我們從自明的簡(jiǎn)單命題開(kāi)始，由此得出更為復(fù)雜的命題，我們的方法是綜合的和演繹的。

這一方法也必須擴(kuò)展到哲學(xué)上。我們應(yīng)當(dāng)從絕對(duì)確定的基本原理出發(fā)，從清晰自明的命題出發(fā)，去獲得同樣確定的、新的未知真理。在傳統(tǒng)的經(jīng)院哲學(xué)中尋找這樣的真理是徒勞的。因?yàn)樵诮?jīng)院哲學(xué)中我們除了得到一堆有分歧的意見(jiàn)之外，一無(wú)所獲。而且我們不可能接受任何只依賴于其他權(quán)威的真理，而是必須自己尋求真理，對(duì)我們沒(méi)有清晰明確地理解的東西，永遠(yuǎn)也不要視為真實(shí)的。我們應(yīng)當(dāng)警惕不受偏見(jiàn)的影響，不受我們的父母和老師在我們孩提時(shí)代灌輸給我們的觀念的影響。經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這些意見(jiàn)中的許多是虛假的，可能全部都是如此。我們也不能相信我們的感覺(jué)，因?yàn)楦杏X(jué)經(jīng)常欺騙我們，我們?nèi)绾文軌蛑浪鼈兣c真實(shí)事物是相符的？但是我們有可能不確定我們自己的身體和行動(dòng)是實(shí)在嗎？是的，即使對(duì)此我們也有可能不確定，因?yàn)槲覀兘?jīng)常被欺騙，經(jīng)常做夢(mèng)，在夢(mèng)中我們相信我們面前有實(shí)在的東西，但是它們僅僅是幻覺(jué)?？赡茉谶@一時(shí)刻我們正在做夢(mèng)，我們沒(méi)有辦法在清醒和睡夢(mèng)之間作出確定的區(qū)分。因?yàn)榫臀宜?，可能是一個(gè)惡魔將我弄成這樣以便欺騙我，我給自己描繪的他的世界可能只存在于我的想象中。在我的心靈之外，惡魔的世界可能并不存在。即使數(shù)學(xué)證明也可以被懷疑，因?yàn)槲覀冇袝r(shí)候看到人們?cè)谶@樣的問(wèn)題上犯錯(cuò)誤，將在我們看來(lái)是虛假的東西認(rèn)為是絕對(duì)確定的。

我不可能對(duì)任何觀念表示完全確定。“由此我假設(shè)，我所看到的所有事物都是虛假的，我相信我的騙人的記憶呈現(xiàn)給我的所有東西都是不真實(shí)的。我以為我沒(méi)有感覺(jué)，物體、形狀、廣延和位置都不過(guò)是我的心靈的虛構(gòu)。那么還有什么東西可以被認(rèn)為是真實(shí)的？可能在這個(gè)世界上沒(méi)有什么是確定無(wú)疑的。”

但是有一樣?xùn)|西是確定的，那就是我懷疑或者思維，對(duì)這一點(diǎn)不存在任何懷疑。實(shí)際上，在思維者思維的同時(shí)假定其不存在，這是矛盾的。笛卡爾并沒(méi)有求助于經(jīng)驗(yàn)心理事實(shí)，即心靈的意識(shí)自身，而是從邏輯上推論出：懷疑蘊(yùn)含著懷疑者，思維蘊(yùn)含著思維者，即一個(gè)思維著的事物或者精神實(shí)體。這樣他就獲得了一個(gè)在他看來(lái)似乎是合理的、自明的命題。懷疑意味著思維，思維意味著存在，我思故我在—我思維，所以我存在。“對(duì)于以一種遵守秩序的方式進(jìn)行哲學(xué)推理的人來(lái)說(shuō)，它是首要的和最確定的知識(shí)?！边@就是我們?cè)趯ふ业脑怼覀兊男味蠈W(xué)的一個(gè)確定而自明的始發(fā)點(diǎn)。這一命題也為我們提供了真理的標(biāo)準(zhǔn)和檢驗(yàn)。這一命題是絕對(duì)確定、真實(shí)的，并且為人們清晰而明確地理解，由此我們可以確立一條普遍原則：所有與這一原則相似并被人們清晰而明地理解的事物，都是真實(shí)的。