美國賓夕法尼亞大學(xué)Frederic D. Bushman等人于2018年10月30日在《Microbiome》上發(fā)表題目為《Lack of detection of a human placenta microbiome in samples from preterm and term deliveries》的文章。

該研究通過16S rRNA基因測序和鳥槍宏基因組學(xué)分析了早產(chǎn)和足月分娩的胎盤樣本。結(jié)果表明口腔和陰道標(biāo)本中均發(fā)現(xiàn)預(yù)期的微生物群落，但胎盤樣品與環(huán)境樣本無法區(qū)分。

研究摘要

背景：從歷史上看，在健康的懷孕期間人的子宮被認(rèn)為是無菌的，但是這種想法在最近受到了挑戰(zhàn)，使用基于DNA序列的方法的研究表明子宮被細(xì)菌定植。例如，對來自胎盤樣品的DNA的分析產(chǎn)生了小比例的微生物序列，其被提出代表正常的細(xì)菌定植。然而，我們小組的分析顯示陰性對照和胎盤樣本之間沒有區(qū)別。也支持子宮是無菌的這一觀點(diǎn)，因?yàn)樵跓o菌隔離器中無菌分娩新生兒可以產(chǎn)生無菌哺乳動(dòng)物，之后新生兒仍保持無菌，這似乎為子宮是無菌的這一論點(diǎn)提供了強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)。

結(jié)果：為了進(jìn)一步探討這一點(diǎn)并研究與自發(fā)性早產(chǎn)相關(guān)的胎盤定植，我們進(jìn)行了另一項(xiàng)研究，通過16S rRNA基因測序和鳥槍宏基因組測序比較了來自20個(gè)足月和20個(gè)自發(fā)早產(chǎn)的胎盤樣本中的微生物群。我們首先使用16S rRNA基因定量PCR（qPCR）定量細(xì)菌16S rRNA基因序列的絕對量。與我們之前的研究一樣，胎盤樣本中的序列水平較低，與陰性對照無法區(qū)分。同陰性對照，先前工作中的標(biāo)記基因測序或使用鳥槍宏基因組測序相比，DNA測序分析沒有產(chǎn)生不同的胎盤微生物組。這幾，包括錯(cuò)誤的讀取分類和條形碼錯(cuò)誤分配，并從數(shù)據(jù)中刪除以闡明這一點(diǎn)。測序分析要注意幾點(diǎn)，包括錯(cuò)誤的序列分類和條形碼錯(cuò)誤分配，并從數(shù)據(jù)中刪除以闡明這一點(diǎn)。

結(jié)論：我們的研究結(jié)果不支持在足月分娩或自發(fā)早產(chǎn)的胎盤中存在一致的胎盤微生物組。

關(guān)鍵詞：胎盤，鳥槍宏基因組學(xué)，16S rRNA基因，微生物組，早產(chǎn)

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

文中圖片說明

圖1 所研究樣品中16S rRNA基因豐度的定量PCR（qPCR）分析。顯示的值是每個(gè)樣品的閾值（CT）的循環(huán)。檢測限是CT水平40（水平線）。沒有可檢測信號的樣品顯示在該線上方。

圖2 使用16S rRNA標(biāo)記基因測序推斷的細(xì)菌豐度概述。

a 熱圖顯示每個(gè)樣品（柱）的細(xì)菌屬的相對豐度。

b 所有樣品的未加權(quán)UniFrac距離的PCoA，按樣品類型著色。 c 空白與胎盤樣本的未加權(quán)UniFrac的PCoA分析圖

圖3 通過樣品類型進(jìn)行鳥槍宏基因組序列分析所獲得的序列數(shù)。“Total Reads ”是來自HiSeq測序運(yùn)行的所有序列; “Nonhost Reads”是Sunbeam人類過濾后剩余的序列，“Komplexity Filtered Reads”是從Nonhost Reads過濾低復(fù)雜度序列剩余的序列，“Kraken Classified Reads ”是在Komplexity過濾后保留的并且用Kraken分類的， 去除Chordata，Arthropoda 和Apicomplexa后

圖4 熱圖顯示了來自鳥槍宏基因組測序的每個(gè)樣品中分類讀數(shù)的相對豐度。列顯示單個(gè)樣本，行顯示屬，按門分組。顯示的譜系是每個(gè)樣品最豐富的三大分類。