1938年,第三十一軍在上海、鄂東地區(qū)、津浦線上、淮河兩岸對日作戰(zhàn)中傷亡慘重,李、白將第三十一軍剩余士兵撥給第四十八軍,其余干部則命韋云淞率回廣西重組,蔣文度也隨之回到廣西。
1939年1月,桂系在廣西建立第四十六軍,軍長先由夏威兼,后何宣接任,蔣文度因在徐州會戰(zhàn)中所表現(xiàn)出的組織能力,被白崇喜破格提拔任第四十六軍軍務處上校處長兼柳慶民團司令部參謀長。
1939年11月15日,日軍在長沙會戰(zhàn)之后,為了切斷中國桂越國際交通線,發(fā)動了桂南會戰(zhàn)。日軍自欽州港登陸前,蔣介石錯誤地判斷短期內(nèi)日軍不可能在華南有大的軍事行動。因此,中國軍隊在桂南的兵力很空虛,只有夏威的第十六集團軍所轄2個軍6個師,其中第四十六軍軍部駐南寧,新十九師駐防欽縣、防城一帶。該軍第一七五師駐防合浦、北海一帶,擔負海岸防御,其余第三十一軍的3個師和第四十六軍的1個師,在貴縣、桂平、平南一線。
11月9日,日軍從三亞港啟航。14日,先頭艦只抵達北海,立即以10余艦發(fā)動佯攻。駐守北海的第一七五師一個營,給予日軍以回擊。中國軍事當局命令防衛(wèi)部隊徹底炸毀北海市,幸而指揮北海保衛(wèi)戰(zhàn)的國軍第四十六軍第四十六師第五二四團團長巢威感到日軍并非真要在北海登陸,沒有執(zhí)行命令,從而避免了對北海的徹底破壞。當晚,日艦停止對北海的進攻,轉(zhuǎn)向欽州方向。防城企沙、龍門兩地各一個營抵抗一天后敗陣,日軍登陸。16日,蔣介石命白崇禧以桂林行營主任資格全權(quán)指揮桂南作戰(zhàn)。
17日,日軍占領(lǐng)欽州、防城,并立即分兵北上。18日攻新第19師師部所在地小董,師長黃固準備不足,所轄軍隊又多是蔣文度不久前才招募的新兵,部隊訓練不夠,觸敵即潰散,師長本人只身逃脫,日軍繼續(xù)北上。由于中國軍隊在欽防地區(qū)的兵力單薄,邕欽路無守軍,因此日軍長驅(qū)直入,直逼南寧。這時廣西省會已遷到桂林,駐守南寧的是第四十六軍以及南寧區(qū)民團。省會未遷出之前,南寧人口已達10萬人,省會遷出后,南寧的人口只有8萬人左右。15日,日軍在欽州灣登陸后,日軍飛機不斷到南寧上空騷擾。警訊傳來,蔣文度隨軍長何宣率部向欽州方向防守。蔣文度因是軍務處長,白天需要與地方協(xié)調(diào)戰(zhàn)時動員工作,根本沒辦法照顧家屬何麗貞,只好讓她白天即隨城內(nèi)的軍官家屬到郊外躲避,天黑后才又返回城內(nèi)。22日,日軍兵臨城下,第四十六軍調(diào)第一七0師在三興村的豹子頭與日軍交鋒。
24日,日軍迅速突入南寧城內(nèi)。當時,蔣文度隨軍部指揮第一七0師與強渡邕江的日軍進行激烈戰(zhàn)斗。此時,日軍第九旅團一部又從西鄉(xiāng)塘附近渡過邕江。守軍第一三五師受到日軍夾擊,自行撤退到邕武路一塘至二塘一帶,南寧城遂陷落。25日,蔣文度隨第四十六軍軍部與第一七○師向高峰隘撤退。12月1日,日軍攻占高峰隘。三日后,攻占昆侖關(guān),此后,轉(zhuǎn)入防守。日軍占領(lǐng)昆侖關(guān)后,中國軍隊從湘、粵、黔急調(diào)19個師來廣西,想乘日軍立足未穩(wěn),先行收復昆侖關(guān),然后收復南寧。12月上旬,部分部隊在賓陽地區(qū)集結(jié)完畢,白崇禧設(shè)指揮所于遷江縣(今來賓縣)扶濟村
18日,中國軍隊向日軍開始總攻擊,當日凌晨1時,主力北路軍第五軍榮一師從正面向昆侖關(guān)日軍攻擊。19日,蔣文度所在的第四十六軍第一七○師主力攻擊高峰隘,該師一部向邕賓路的四塘前進。12月31日,北路軍攻克昆侖關(guān),日軍退守九塘。1940年1月6日,日軍退八塘憑險固守。中國軍隊因傷亡過重,急待整補,暫停攻擊。昆侖關(guān)爭奪戰(zhàn),斃傷日軍中村正雄少將旅團長以下4000多人,中國軍隊傷亡1.4萬多人。
桂南會戰(zhàn)中,國軍以絕對優(yōu)勢兵力,雖然取得了昆侖關(guān)反擊戰(zhàn)的慘勝,但畢竟丟失了南國重要的軍事戰(zhàn)略要地南寧,雖勝猶敗的結(jié)局,引起蔣介石的震怒。白崇禧督率不力降級;政治部長陳誠指導無方,降級;第三十七集團軍總司令葉肇扣留交軍法會審,一些將領(lǐng)被撤職查辦。蔣文度所在的第四十六軍因作戰(zhàn)頑強,受到蔣介石的特別嘉獎,軍長何宣被記功一次。
