生物有機(jī)肥的功效不僅僅局限在有機(jī)質(zhì)與養(yǎng)分，而是更加側(cè)重于菌種的功能，以上五種的分類也是根據(jù)肥料中菌種的功能進(jìn)行區(qū)分的，現(xiàn)階段主要應(yīng)用與生物有機(jī)肥生產(chǎn)的菌種主要有以下幾種：

　  1、枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。  

　　2、巨大芽孢桿菌：解磷(磷細(xì)菌)，具有很好的降解土壤中有機(jī)磷的功效。  

　　3、膠凍樣芽孢桿菌：解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。  

　　4、地衣芽孢桿菌：抗病、抑制有害菌 。

　　5、側(cè)孢芽孢桿菌：促根、抑菌及降解重金屬。

　　6、膠質(zhì)芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強(qiáng)作物對一些病害的抵抗力。    

　　7、菌根真菌：擴(kuò)大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素(特別是磷)的吸收能力。  

　　8、光合菌群：是肥沃土壤和促進(jìn)動植物生長的主力部隊(duì)。  

　　9、凝結(jié)芽孢桿菌：可降低環(huán)境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實(shí)中氨基酸的含量。  

　　10、米曲霉：使秸稈中的有機(jī)質(zhì)成為植物生長所需的營養(yǎng)，提高土壤有機(jī)質(zhì)，改善土壤結(jié)構(gòu)。  

11、淡紫擬青霉：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結(jié)線蟲最有前途的生防制劑。  

 在生產(chǎn)生物有機(jī)肥的過程中，添加菌種的選擇我們推薦使用三種或者三種以上的菌種組合添加。一方面多菌種的組合能夠更加全面的起到調(diào)節(jié)土壤的作用，有益菌群相互協(xié)同，共同作用，能使作物達(dá)到高產(chǎn)豐產(chǎn)的效果。  

有機(jī)肥與生物菌肥的區(qū)別從農(nóng)業(yè)部標(biāo)準(zhǔn)上來看，在于有機(jī)質(zhì)、養(yǎng)分、有效活菌數(shù)的區(qū)別，實(shí)質(zhì)上生物有機(jī)肥是通過添加功能菌對肥料功能性進(jìn)行強(qiáng)化的有機(jī)肥。功能性更加突出，兼具肥效和生物調(diào)節(jié)的功效，較有機(jī)肥更加高端。