大家好，今天和大家分享的是2020年1月發(fā)表在Frontiers in Oncology（IF:4.848）上的一篇文章，“UBASH3B Is a Novel Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Infiltrates in Prostate Cancer”。作者研究了UBASH3B在前列腺癌中的mRNA和蛋白表達(dá)。通過(guò)構(gòu)建lncRNA-miRNA和PPI網(wǎng)絡(luò)，推測(cè)UBASH3B可能與LCP2基因相互作用，共同參與腫瘤微環(huán)境的免疫應(yīng)答。

UBASH3B Is a Novel Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Infiltrates in Prostate Cancer

UBASH3B是一個(gè)新的預(yù)后標(biāo)志物，與前列腺癌的免疫浸潤(rùn)有關(guān)

一、研究背景

目前，前列腺癌的發(fā)生和轉(zhuǎn)移機(jī)制尚不清楚，迫切需要診斷前列腺癌的生物標(biāo)志物。UBASH3B不僅在腫瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移中起重要作用，而且影響腫瘤的免疫應(yīng)答。UBASH3B還命名為Sts1（T細(xì)胞受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)-1的抑制劑），負(fù)調(diào)節(jié)活化T細(xì)胞中的T細(xì)胞受體信號(hào)，并調(diào)節(jié)IFN-α誘導(dǎo)的B細(xì)胞自噬。這表明UBASH3B可能是前列腺癌的潛在生物標(biāo)志物，并參與癌癥的免疫反應(yīng)。然而，UBASH3B在前列腺癌（PCa）中的作用以及UBASH3B與腫瘤浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞的關(guān)系尚不清楚。本研究中，作者的結(jié)果提示UBASH3B可能是一個(gè)新的預(yù)后標(biāo)志物，并與前列腺癌浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞有關(guān)。

二、分析流程

三、結(jié)果解讀

1、UBASH3B在前列腺癌中表達(dá)上調(diào)

• 研究前列腺癌（PCa）和前列腺增生（BPH）組織中UBASH3B的mRNA表達(dá)水平：使用實(shí)時(shí)PCR，發(fā)現(xiàn)與BPH組織相比，PCa組織中UBASH3B顯著上調(diào)（P=0.0077）。

• UBASH3B的表達(dá)與前列腺癌的轉(zhuǎn)移狀態(tài)顯著相關(guān)（p=0.0016）。UBASH3B在有轉(zhuǎn)移的PCa患者中的表達(dá)高于未轉(zhuǎn)移的PCa患者。

• IHC檢測(cè)UBASH3B在BPH和PCa組織中的差異表達(dá)水平。與BPH相比，UBASH3B在PCa組織中表達(dá)顯著上調(diào)。

• UBASH3B的表達(dá)水平與前列腺癌患者的預(yù)后不良相關(guān)（p=0.0412）。高UBASH3B表達(dá)水平的患者的5年總生存率明顯低于低UBASH3B表達(dá)水平的患者。

• 探討UBASH3B的表達(dá)水平與疾病進(jìn)展的關(guān)系：UBASH3B表達(dá)水平與年齡、TNM分期、轉(zhuǎn)移、Gleason評(píng)分或PSA總水平無(wú)相關(guān)性。

• UBASH3B與生存率差有關(guān)，但不是獨(dú)立的預(yù)后因素。

2、lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)建設(shè)

圖2 lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，差異mRNA和lncRNA火山圖和熱圖

• 作者根據(jù)不同的UBASH3B表達(dá)水平，從GDCRNATools的R包構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，并通過(guò)Microsoft Cytoscape進(jìn)行可視化。藍(lán)色，mRNA；綠色，miRNA；紅色，lncRNA。

• 差異表達(dá)的mRNA和lncRNA的火山圖。

• 根據(jù)不同的UBASH3B表達(dá)水平（藍(lán)色，UBASH3B低表達(dá)；紅色，UBASH3B高表達(dá)），TCGA-PRAD中mRNA和lncRNA的熱圖。

3、GO和KEGG

• GO：相關(guān)的生物學(xué)過(guò)程、細(xì)胞成分和分子功能。

• KEGG：前10條途徑如圖3B所示，分別是細(xì)胞因子-細(xì)胞因子-受體相互作用、細(xì)胞粘附分子（CAMs）、趨化因子信號(hào)通路、NOD樣受體信號(hào)通路、腫瘤轉(zhuǎn)錄失調(diào)、IL-17信號(hào)通路，類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎，瘧疾，礦物質(zhì)吸收，軍團(tuán)菌病。

4、低和高UBASH3B表達(dá)組的富集基因集

• 在高UBASH3B表達(dá)表型中，50個(gè)基因組中有34個(gè)上調(diào)，18個(gè)基因組在標(biāo)稱(chēng)p<0.05時(shí)顯著富集。涉及免疫應(yīng)答的顯著上調(diào)的標(biāo)志性基因集有：“ KRAS信號(hào)”，“炎癥反應(yīng)”，“ IL6-JAK-STAT3信號(hào)”，“ IL2-STAT5信號(hào)”，“補(bǔ)體”，“干擾素γ應(yīng)答”，“ TGF-β 信號(hào)，“TNF-α通過(guò)NF-κB進(jìn)行信號(hào)傳遞”；在UBASH3B高表達(dá)組中，涉及腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移的基因集是“上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化”，“凋亡”，“有絲分裂”和“血管生成”。

5、UBASH3B在前列腺癌中與LCP2、PIK3CG和BIRC3相關(guān)

• 構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，對(duì)100個(gè)UBASH3B相關(guān)基因進(jìn)行分析，19個(gè)基因參與了PPI網(wǎng)絡(luò)。LCP2是UBASH3B的一種相互作用蛋白（圖5A）。PIK3CG和BIRC3在lncRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)和PPI網(wǎng)絡(luò)中都有發(fā)現(xiàn)。

• 這19個(gè)基因的熱圖如圖5B所示。

• TIMER分析表明，UBASH3B與前列腺癌的LCP2（p=3.37e-40，cor=0.547）、PIK3CG（p=2.44e-38，cor=0.536）和BIRC3（p=0，cor=0.534）顯著相關(guān)。

6、UBASH3B與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞在腫瘤微環(huán)境中的相關(guān)性研究

• UBASH3B的表達(dá)與免疫細(xì)胞（包括CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞、B細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞和樹(shù)突狀細(xì)胞）有顯著相關(guān)性。

• LCP2、 PIK3CG、BIRC3的表達(dá)與免疫細(xì)胞（包括CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞、B細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞和樹(shù)突狀細(xì)胞）之間存在顯著相關(guān)性。

• 以下細(xì)胞與UBASH3B的表達(dá)顯著相關(guān)：原始B細(xì)胞、記憶B細(xì)胞、靜息CD4+記憶T細(xì)胞、活化CD4+記憶T細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞、活化NK細(xì)胞、M2巨噬細(xì)胞、靜止樹(shù)突狀細(xì)胞、活化樹(shù)突狀細(xì)胞、靜止肥大細(xì)胞、中性粒細(xì)胞。