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RobustRankAggreg(RRA)整合四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集的差異基因要分幾步走?

 啟帆醫(yī)學(xué)BioSCI 2020-08-03

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你還在為找不到課題方案而焦慮嗎,復(fù)現(xiàn)一篇論文吧!

你還在為找不到研究思路而苦惱嗎,復(fù)現(xiàn)一篇論文吧!

你還在為找不到數(shù)據(jù)方法而悔恨嗎,復(fù)現(xiàn)一篇論文吧!

預(yù)計(jì)閱讀時(shí)間3分鐘

剛來的小伙伴不要慌了哈,小助理選的一直是同一篇論文

只不過用的是不同方法進(jìn)行復(fù)現(xiàn)

一千種方法練一次

不如一種方法練一千次

進(jìn)步的第一步就是敲下文章里面的代碼

   ”

想要知道分幾步走繼續(xù)看下去,以下就是復(fù)現(xiàn)過程,跟著文章走,他山之石可以攻玉,沒準(zhǔn)兒一不小心你就會(huì)了呢?





論文來源:

文章目錄:

    • 四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因(按logFC值排序)并為一個(gè)list,正序倒序各一個(gè)list

    • 所有差異基因在四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集中l(wèi)ogFC矩陣

    • 篩選共同上調(diào)基因

    • 篩選共同下調(diào)基因

    • 合并共同上下調(diào)基因

    • logFC.tiff

四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集差異表達(dá)基因(按logFC值排序)并為一個(gè)list,正序倒序各一個(gè)list

所有差異基因在四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集中l(wèi)ogFC矩陣

篩選共同上調(diào)基因

篩選共同下調(diào)基因

logFC.tiff

溫馨提醒:想要代碼的文本形式可以聯(lián)系小助理哦,加油,Paper就在不遠(yuǎn)方~

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