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開發(fā)出確定基因功能的新方法,或?qū)ι^程產(chǎn)生重大影響!

 博科園 2020-03-29

肯特大學科學家開發(fā)了一種確定基因功能的新方法,這一突破可能對我們理解生命過程產(chǎn)生重大影響。肯特大學生物科學學院的一個研究團隊,開發(fā)了一種新的計算方法,能夠?qū)⒐δ芊峙浣o迄今為止功能未知的基因。提高對生命基本特征和要求理解的方法是,產(chǎn)生具有最小基因組的生物體,即具有生命基因數(shù)目最小的生物體。

Mark Wass博士、Martin Michaelis教授和Magdalena Antczak研究了目前為止產(chǎn)生最小基因組的生物,該基因組是基于一種在營養(yǎng)豐富的環(huán)境中培養(yǎng)的細菌(支原體支原體)。它包含473個基因,其中近三分之一(149個)具有未知功能,說明了我們目前對生命如何運作的理解存在局限性??咸卮髮W的研究人員開發(fā)了一種新的計算方法,使他們能夠?qū)⒐δ芊峙浣o66個未知功能的基因。研究人員發(fā)現(xiàn)許多編碼的功能,在物質(zhì)進出細胞的過程中起著作用。

這似乎反映了在營養(yǎng)豐富的環(huán)境中,基因組最少的生物體需求。如果有充足的營養(yǎng),許多發(fā)揮代謝功能的基因就不需要了,但是使營養(yǎng)物質(zhì)進入細胞和(有毒)代謝物排出細胞的轉(zhuǎn)運體就變得至關(guān)重要。這表明并不是只有一個最小基因組,而是一個最小基因組的性質(zhì)總是由環(huán)境決定。因此,一個最小基因組由一組對所有生命形式都不可或缺的基本基因和第二組促使基因組成,它們使生命能夠在特定的環(huán)境中生存。

研究小組表示,其發(fā)現(xiàn)應該為更專注于識別關(guān)鍵和促使基因集的研究鋪平道路,以促使對生命基本過程的理解。在473個基因的基因組中,149個基因功能未知,這凸顯了一個普遍的問題;只有不到1%的蛋白質(zhì)具有實驗確定的注釋。新研究方法,結(jié)合了最先進的硅方法功能注釋結(jié)果,并將功能分配給149種蛋白質(zhì)中的66種。沒有注釋的蛋白質(zhì)缺少同源物,缺少蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域,或者是膜蛋白。

24種可能的轉(zhuǎn)運蛋白被鑒定出來,表明在去除代謝酶后,在營養(yǎng)豐富的環(huán)境中,營養(yǎng)物質(zhì)進入最小細菌細胞并從最的細菌細胞排出廢物的重要性。因此,環(huán)境決定了最小基因組的性質(zhì)。研究結(jié)果還表明,結(jié)合多種不同的最先進硅方法來注釋蛋白質(zhì)能夠預測功能,甚至對于難以表征蛋白質(zhì)和確定進一步發(fā)展的關(guān)鍵缺口。

博科園|研究/來自:肯特大學

參考期刊《自然通訊》

DOI: 10.1038/s41467-019-10837-2

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