腫瘤的發(fā)生可以看做是體細(xì)胞基因組變異不斷累積之后爆發(fā)的結(jié)果，這里的基因組變異包含了突變，CNV等等，詳細(xì)列表如下

1. single nucleotide variants(SNVs)

2. small insertions or deletions(indels)

3. gene fusions

4. copy-number variations(CNVs)

5. large chromosomal rearrangements(SV)

在腫瘤樣本中，基因組變異的數(shù)量是非常多的, 以ICGC為例，第28版數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)中收錄了81782588個(gè)體細(xì)胞突變位點(diǎn)

根據(jù)這些突變對(duì)于癌癥發(fā)生與發(fā)展的影響程度，提出了驅(qū)動(dòng)突變和乘客突變的概念

1. driver mutations, 這些突變位點(diǎn)對(duì)于腫瘤細(xì)胞的生成有直接的驅(qū)動(dòng)作用

2. passenger mutations, 突變位點(diǎn)對(duì)于腫瘤細(xì)胞的生成沒(méi)有直接的影響，或者只有間接的影響

驅(qū)動(dòng)突變所在的基因也稱之為driver gene,  cancidate cancer genes等等，不同文獻(xiàn)中有不同的叫法。從定義也可以看出，驅(qū)動(dòng)突變是腫瘤發(fā)生與發(fā)展的關(guān)鍵因素，鑒定腫瘤相關(guān)的驅(qū)動(dòng)突變，對(duì)于了解腫瘤發(fā)生的機(jī)制與腫瘤的預(yù)防和治療有重大意義。

WES,WGS等組學(xué)技術(shù)可以快速鑒定腫瘤樣本的體細(xì)胞突變位點(diǎn)，在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步發(fā)展出很多的軟件來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)驅(qū)動(dòng)，下列綜述中詳細(xì)解釋和歸納了各種驅(qū)動(dòng)突變識(shí)別的算法和軟件

https://academic./bib/article/17/4/642/2240387

從上述示意圖可以看出，可以分為以下5類

1. Mutation frequence-based approaches

將體細(xì)胞突變位點(diǎn)在腫瘤樣本中的頻率當(dāng)做背景，驅(qū)動(dòng)突變?cè)谀[瘤樣本中的頻率應(yīng)該是相對(duì)較高的，基于這一基本思想，有很多的軟件被開(kāi)發(fā)出來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)突變，部分軟件列表如下

1. MuSiC

2. MutSigCV

3. OncodriveCLUST

4. ContrastRank

該算法對(duì)樣本量要求較大，而且考慮到腫瘤樣本的異質(zhì)性等因素，在實(shí)際應(yīng)用中，推薦采用隊(duì)列樣本來(lái)進(jìn)行研究。

2. Function impact based

通過(guò)預(yù)測(cè)突變位點(diǎn)對(duì)功能的影響程度來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)突變，部分軟件列表如下

1. SIFT

2. PolyPhen-2

3. MutationTaster

4. MutationAssessor

5. Condel

3. Structural genomics based

結(jié)合突變位點(diǎn)對(duì)蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)的影響來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)突變，部分軟件列表如下

1. iPAC

2. ActiveDriver

3. CanBind

4. MSEA

5. eDriver

4. Network or pathway based

結(jié)合基因參與的pathway通路和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)信息來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)突變，部分軟件列表如下

1. PARADIGM

2. DriverNet

3. TieDIE

5. Data Intergation based

結(jié)合基因組，轉(zhuǎn)錄組， 甲基化，蛋白質(zhì)組等多組學(xué)的數(shù)據(jù)來(lái)識(shí)別驅(qū)動(dòng)突變，部分軟件列表如下

1. CONEXIC

2. CAERUC

3. MAXDRIVER

4. Helios

5. OncodrivrROLE

6. OncoIMPACT

每種算法都有其優(yōu)勢(shì)和局限性，對(duì)于驅(qū)動(dòng)突變的識(shí)別而言，結(jié)合多種軟件的結(jié)果綜合考慮，是一個(gè)常用的方法，可以一定程度上避免單一算法的不足。