微生物菌肥可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體因菌肥類型而異。

農(nóng)用菌劑畝用1-2公斤菌劑粉劑，最好與40～60公斤經(jīng)發(fā)酵腐熟后的有機肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗。將菌劑（粉劑）與營養(yǎng)土摻勻制作營養(yǎng)缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根;播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴施，使種子與液態(tài)生物菌劑充分接觸后再播種;幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態(tài)菌劑中，立即取出，或用上述稀釋液噴施幼苗根系;將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施。將菌劑稀釋500-800倍作葉面肥。

微生物菌肥可作基肥和追肥，畝施用量30-50公斤，具體按產(chǎn)品說明書要求噴施。

生物有機肥可作基肥和追肥，作基肥時畝施用量約100公斤，最好配施適量農(nóng)家肥;作追肥用量適當減少，較化肥提前7～10天施入，且應(yīng)配施適量化肥。

當土壤氮磷鉀養(yǎng)分含量較高或大量施用氮磷鉀化肥時，根瘤菌、解磷菌、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在貯存時不能與農(nóng)藥、化肥和過酸、過堿物質(zhì)混放，不要與大量化肥或酸堿性化肥混施，土壤過酸、過堿或干旱都影響菌肥效應(yīng)發(fā)揮。