同治五年（1866年），清朝咸豐帝的定陵完工。按清制，他的兩位皇后慈安、慈禧的陵墓只可在定陵附近選址，并只能建一座皇后陵。當時便定下給兩位皇太后建一座陵，棺槨并排奉安。慈禧看了奏折很生氣：“哪個陵里葬兩個太后？連妃園寢的妃子還都各自為券，這不是明著欺負我們姐妹？”承修大臣們只好提出，仿照雙妃園寢的樣式，在陵的后院東西并排各建寶城、寶頂、下建地宮。

不料，慈禧逼問道：“我們是兩個太妃嗎？誰說我們就不配一人建一陵？”這是再次打破陵制，但誰敢不聽？

于是，同治十二年三月初九清明節(jié)，18歲的同治前往定陵，為咸豐帝行敷士禮和大饗禮后，來到附近的平頂山和菩陀山驗看風水。15日，將平頂山改名“普祥峪”，為慈安萬年吉地；菩陀山改“菩陀峪”，為慈禧的萬年吉地。雙陵于當年8月同時動工，于光緒5年6月同時完工，耗時6年，耗銀500多萬兩。

在清朝只有咸豐朝是兩座皇后陵，在清代僅此一例。兩座定東陵是清代中等級最高的皇后陵。和其他皇后陵相比多了碑樓和下馬牌，慈安陵名普祥峪定東陵，慈禧陵名菩陀峪定東陵 。

慈禧陵與慈安陵在規(guī)模、規(guī)制上完全一樣。但慈安死后，慈禧覺得壓倒慈安的機會來了。盡管陵寢的修建規(guī)制崇宏，典制齊備，在有清一代諸后陵中均屬上乘之作，但西太后并不滿足，她利用獨自掌權(quán)之機，以年久失修為借口，三大殿幾乎拆了再建，“超級豪華”竟然壓倒紫禁城。

光緒21年（1895年）8月，東陵守護大臣為討好慈禧，上奏朝廷說慈禧陵因連年雨水，多有糟朽，急需修整。慈禧命親信慶親王和兵部尚書榮祿為承辦大臣。結(jié)果，陵內(nèi)建筑無一不修，大殿和東西配殿都從原來的揭瓦維修改為拆后重建！此次大修工程浩大，到光緒25年已撥款150萬兩，以后的款項更是個無底之謎。中間，八國聯(lián)軍侵華使工程停頓，慈禧回京后，再次來到工地親自檢查。1908年10月18日，工程在歷時13年重修后終于完工(巧的是4天后慈禧去世)。僅三殿所用的葉子金就達4592兩！陵內(nèi)的丹陛石，圖案為“龍在下，鳳在上”。隆恩殿周圍的69塊漢白玉板處處雕成“鳳引龍追”，74根望柱頭打破歷史上一龍一鳳的格式，均為“一鳳壓兩龍”，暗示她的兩度垂簾。

重修后的慈禧陵用料考究，做工精細，裝修豪華，富麗堂皇。三大殿木構(gòu)架全部采用名貴的黃花行梨木。梁枋及天花板上的彩畫不做地仗，不敷顏料，而是在木件上直接瀝粉貼金，其圖案為等級最高的金龍和璽彩畫。殿內(nèi)墻壁雕有寓意“萬福萬壽”、“福壽綿長”的磚雕圖案，并全部篩掃紅黃金。三殿64根露明柱子上全部盤繞半立體鍍金銅龍。封護墻干擺到頂，拔檐上雕“萬福流云”圖案。大殿及月臺周圍的石欄桿，無論欄板、望柱還是抱鼓石上，均浮雕各式龍鳳呈祥、海水江崖圖案，尤其是殿前的丹陛石，以高浮雕加透雕的技法，把丹鳳凌空、蛟龍出水的神態(tài)刻畫得惟妙惟肖，是一件難得的石雕藝術(shù)珍品。這掃金的墻壁、貼金的彩畫，鍍金的盤龍以及精美的石雕藝術(shù)杰作，把三殿裝點得金碧輝煌、精美絕倫。這豪華的裝修不僅在明、清兩代看陵中絕無僅有，就連紫禁城內(nèi)都難以見到。

光緒三十四年(1908年)十月二十二日未時三刻，慈禧走完了她74年的人生路程，撒手人寰。當天下午4時30分，掌儀司首領(lǐng)太監(jiān)用鵝黃吉祥轎將慈禧的遺體從西苑儀鑾殿抬出，5時15分到皇極殿，放在回床上。

第二天上午8時5分，在隆?；侍蠛丸木匆曄?，慈禧的遺體被殮入了棺內(nèi)。宣統(tǒng)元年(1909年)十月初四日巳時，慈禧的梓宮葬入菩陀峪定東陵地宮。