中國植物種類繁多，資源豐富。很久以來，英、法、德、美等許多國家的科學家多次來我國調(diào)查植物資源和采集植物標本。從19世紀60年代前后開始，對中國植物的研究主要由外國人把持，大批標本包括珍稀、模式標本流落國外，有關(guān)中國植物的調(diào)查和研究論文也是外國人寫的，直到本世紀初近代植物學在我國還是一片空白。錢崇澍懷著滿腔救國激情，決心要更快地將自己學到的近代植物學知識播種在祖國大地上，讓它生根、開花、結(jié)果。他當時克服了人力、物力和財力上的重重困難，以極大的熱情和毅力，致力于在國內(nèi)建立和發(fā)展近代植物學的研究工作。

他的研究領(lǐng)域十分廣泛，在許多方面都是開創(chuàng)性的。1916年，在國外發(fā)表了《賓夕法尼亞毛茛兩個亞洲近緣種》，這是中國人用拉丁文為植物命名和分類的第一篇文獻。1917年他在國外發(fā)表《鋇、鍶、鈰對水綿屬的特殊作用》，同樣也是我國應(yīng)用近代科學方法研究植物生理學的第一篇文獻。他還首次寫出了中國植物生態(tài)學和地植物學的論文《安徽黃山植被區(qū)系的初步研究》。錢崇澍還在國內(nèi)第一個選擇了在植物分類工作中難度較大的蘭科、蕁麻科、豆科、毛茛科等植物進行系統(tǒng)的研究。為了更快傳播新技術(shù)和新的科學知識，1917年他發(fā)表了《介紹新著動植物顯微鏡法》一文，1929年翻譯了《細胞的滲透性質(zhì)》、《自養(yǎng)植物的光合作用》等植物生理方面的論文。錢崇澍早期的論著和譯文，大多數(shù)發(fā)表在《科學》、《中國科學社生物研究所論文集》、《中央研究院植物學文集》等刊物上。除上述文章外，他所發(fā)表的《森林之種類與分布》、《植物疏密之試驗》、《植物之天演》、《浙江之蘭科三新種》、《中國植物之新種》等也都是當時的代表作。錢先生在植物分類學、植物生理學及植物生態(tài)學和地植物學所作出的貢獻，為我國近代植物學的建立奠定了基礎(chǔ)。 

錢崇澍非常重視野外考察工作。回國不久，他就不畏千辛萬苦，深入浙江和江蘇南部進行植物區(qū)系的研究，采集植物標本１萬多號，特別是對浙江省植物做過系統(tǒng)的收集和整理。20年代后又對南京鐘山的森林和巖石植物進行過專門的觀察和研究。他還制定了江蘇、浙江、安徽、四川各省的植物調(diào)查規(guī)劃。他所組織的采集隊走遍了這些地區(qū)的山山水水，積累了豐富的資料，為我國東南、西南植物分類、區(qū)系和植被等方面的研究開辟了道路，也為以后編寫地區(qū)植物志、全國植物志以及研究植物地理學等創(chuàng)造了條件。

錢崇澍還是一位出色的組織者和領(lǐng)導(dǎo)者。他認為要使近代植物學在祖國大地上扎根，必須建立研究基地，組織培養(yǎng)研究力量。為此，他放棄了國立大學的教授職位，于1922年與植物學家胡先骕合作，依靠中華文化教育基金會的補助，在南京秉志教授創(chuàng)立的中國科學社生物研究所內(nèi)組建植物部，建立起實驗室、標本室、圖書館，并開展調(diào)查研究，出版刊物圖譜，使該所植物學的研究工作取得了迅速進展，為我國培養(yǎng)和造就了不少第一流的植物學家。

30年代，植物學的科學研究和教學隊伍逐漸擴大，迫切需要將全國從事植物學研究的工作者組織起來，更好地開展學術(shù)交流和科研工作。為此，錢崇澍與胡先骕、陳煥鏞、張景鉞教授等共同倡議組織中國植物學會，經(jīng)過積極籌備，該學會于1933年8月20日在四川重慶北碚中國西部科學院宣布誕生。會上，錢崇澍被選為評議員。翌年，在江西廬山蓮花谷召開的學會年會上，他又被選為《植物學雜志》（現(xiàn)《植物學報》的前身，我國最早以中文發(fā)表的植物學學術(shù)刊物）的編輯。從那以后，他一直是植物學會的領(lǐng)導(dǎo)人之一。

抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，為了保存中國科學社生物研究所初步形成的科研隊伍，在中國西部科學院盧作孚的幫助下，錢崇澍率領(lǐng)中國科學社生物研究所一部分科技人員，遷往西南大后方重慶北碚，找到了一個落腳點。為了擺脫當時經(jīng)費困難，物價飛漲等困境，錢崇澍帶領(lǐng)大家種菜、養(yǎng)豬等，還和一些高級職員到外面兼課，以所得平價米來補助困難的職工，維持最低限度的生活，保存了這支隊伍。盡管生活條件異常艱難，錢老還堅持研究工作，寫出了《四川北碚植物鳥瞰》、《四川的四種木本植物新種》、《四川北碚之菊科植物》等論文。

新中國成立以后，黨對科學事業(yè)的重視和關(guān)懷，使錢崇澍深受鼓舞。他更加辛勤地工作，除擔任中科院植物所的領(lǐng)導(dǎo)工作外，還親自參加了植被與植物區(qū)劃的研究工作，取得了許多新的成果，如《黃河流域植物分布概況》（與吳中倫合作）、《中國植物區(qū)劃草案》（與吳征鎰等合作）、《中國植被類型》（與吳征鎰、陳昌篤合作）、《中國森林植物志》等重要著作。《黃河流域植物分布概況》一文，對于黃河流域的人工造林和做好水土保持工作提供了科學依據(jù)，至今仍有一定的參考價值。在他古稀之年又主持了《中國植物志》的編撰工作，任主編并擔任蕁麻科部分的編寫工作。我國是世界上植物種類最多的國家之一，植物志編寫任務(wù)十分艱巨。從1959年到1965年他任主編期間，《中國植物志》共出版了3卷。全書預(yù)計80卷125冊，約4000萬字，是發(fā)展我國農(nóng)、林、牧、漁、醫(yī)藥、環(huán)境保護等事業(yè)以及進行植物學研究的基本資料，也將是我國植物學發(fā)展史上一項劃時代的成就。

錢先生是教育界的一位老前輩，為我國培養(yǎng)植物學人才傾注了大量的心血。他曾多年在大學任教，教過很多課程，如生物學、樹木學、植物分類學、植物生理學等。為了使學生對每門課都有一個完整的認識，他十分注意認真?zhèn)湔n和編寫教材。1923年，他與鄒秉文、胡先骕合作編寫了我國第一部生物學教科書《高等植物學》，書中內(nèi)容新穎，改正了舊教科書中不科學的名稱，如將隱花植物改為孢子植物（孢子植物分孢子體和配子體時期，常以孢子體形式存在，不產(chǎn)生種子）；顯花植物改為種子植物；蘚苔植物改為苔蘚植物（在進化上苔比蘚原始）；羊齒植物改為蕨類植物（我國很早就叫蕨類植物，羊齒植物可能是從日本名詞翻譯的）。這在當時還沒有教科書的時代，對青年學習植物學有很大幫助，在教育界產(chǎn)生了很大的影響。

在教學中，他重視培養(yǎng)學生獨立工作能力和樹立專業(yè)思想。他教植物分類課，讓學生自己采集標本，查閱圖鑒、檢索表，自己定名，然后根據(jù)他們的工作情況評定成績，講授時不是只教一科、一屬或一種，而是將某些地區(qū)的植物進行綜合講解，闡述它們之間的親緣關(guān)系以及在自然系統(tǒng)中的地位。他十分重視野外實習，每周帶領(lǐng)學生到野外實習一次，使學生進一步理解了課堂內(nèi)容，喚起同學們極大的興趣和采集熱情，并逐漸養(yǎng)成了他們熱愛植物和植物學的興趣。他的講課言辭生動、條理分明，深受學生的歡迎。植物學家仲崇信、汪振儒都是在他影響下學的植物學。植物分類學家秦仁昌的啟蒙老師也是錢崇澍，秦仁昌的畢業(yè)論文《南京木本植物》就是在他的指導(dǎo)下完成的。每當秦仁昌談起這段往事時，對錢崇澍老師充滿了崇敬和懷念的心情。

錢崇澍為人正直，堅持真理，支持進步斗爭，從不隨波逐流，不在反動勢力面前低頭。這種高尚的品德與他為科學事業(yè)百折不撓，勇于獻身的精神相互映照。

抗日戰(zhàn)爭時期，國民黨要員乘機大發(fā)國難財。有人看到錢崇澍生活困難，勸他去做國民黨立法委員，他斷然拒絕，并寫詩明志。他寧愿到幾十里以外的一個中學去兼課以維持生活?？箲?zhàn)勝利后，錢崇澍隨復(fù)旦大學遷回上海，任農(nóng)學院院長。當時國民黨鎮(zhèn)壓學生的正義斗爭，錢崇澍總是站在革命學生一邊，凡學生參加反蔣斗爭活動都不算缺課。他自已也參加過進步組織的活動。1947年，當有人提出由美國出錢與我國合編《中國植物志》時，他慷慨陳詞：我國的植物志，必須由中國人自己編寫，不能由外國人寫。他的意見受到有民族自尊心的愛國科學工作者的擁護。中華人民共和國建立前夕，有人誘惑他去臺灣，他堅決拒絕，隨即以全部精力投入了新中國的建設(shè)事業(yè)。

錢崇澍把一生獻給祖國的科學事業(yè)。他的高尚思想品德、淵博的學識及謙虛謹慎、刻苦嚴謹?shù)闹螌W態(tài)度贏得了我國植物學界的普遍敬重。