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使用biomaRt包注釋差異基因
使用ClusterProfile包對(duì)差異基因進(jìn)行富集分析
GO分析及結(jié)果解讀
KEGG分析及結(jié)果解讀
使用ggplot2包對(duì)分析結(jié)果作圖
輸入文件的格式解讀與構(gòu)建
GSEA參數(shù)的選擇與基因集的構(gòu)建
常見報(bào)錯(cuò)原因解讀
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生物學(xué)意義解析
來(lái)自： 生物_醫(yī)藥_科研 > 《待分類》
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淺談GSEA分析和KEGG富集分析的異同
淺談GSEA分析和KEGG富集分析的異同。我們通常用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)做代謝通路富集分析（kegg pathway富集分析），主要算法是先挑選出顯著差異表達(dá)的基因，然后利用超幾何分布等統(tǒng)計(jì)算法根據(jù)通路的差異基因數(shù)目...
生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性
生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性。GSEA全稱為Gene Set Enrichment Analysis，是基因集富集分析，官方解釋是使用預(yù)定義的基...
狗年話狗，也話GO
一是基于篩選的差異基因，采用超幾何檢驗(yàn)判斷上調(diào)或下調(diào)基因在哪些GO或KEGG或其它定義的通路富集。假設(shè)背景基因數(shù)目為m，背景基因中某一...
推薦，富集分析神器Enrichr！
富集分析是快速了解興趣基因功能傾向性的方法之一，主要有兩種方式：①基于差異基因判斷上調(diào)或下調(diào)基因在GO或KEGG通路的富集情況，即GO...
為什么選擇GSEA分析？和KEGG和GO分析有什么區(qū)別？
但是，一般的差異分析（GO和Pathway）往往側(cè)重于比較兩組間的基因表達(dá)差異，集中關(guān)注少數(shù)幾個(gè)顯著上調(diào)或下調(diào)的基因，這容易遺漏部分差異...
別搜啦！關(guān)于富集分析你想知道的這里都有！
前景基因與背景基因這有兩個(gè)重要的概念，前景基因和背景基因。文字：圖形里各文字的含義如下1:GO term編號(hào)2:GO term描繪速3:P值4:前景基...
常規(guī)分析找不到差異基因？GSEA分析了解一下 | 學(xué)習(xí)專欄
具體原理如上圖所示，在給定一個(gè)排序的基因表L和一個(gè)預(yù)先定義的基因集S（比如編碼某個(gè)代謝通路的產(chǎn)物的基因，基因組上物理位置相近的基...
富集分析
無(wú)環(huán)指的是從任何一點(diǎn)開始沿著規(guī)定的指向都不能回到原點(diǎn)具體作用基因分門別類放入細(xì)胞組分CC、分子功能MF和生物過程BP，分別對(duì)應(yīng)基因產(chǎn)...
關(guān)于功能富集分析的基礎(chǔ)知識(shí)
關(guān)于功能富集分析的基礎(chǔ)知識(shí)富集分析。GO 分析對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有提示的作用，通過差異基因的GO 分析，可以找到富集差異基因的GO分類條目，尋...
微信掃碼，在手機(jī)上查看選中內(nèi)容
