關(guān)于認(rèn)識的來源問題，是承認(rèn)物質(zhì)在先，還是精神在先，這是唯物主義和唯心主義的根本分歧。《內(nèi)經(jīng)》站在唯物主義認(rèn)識論的立場上，認(rèn)為物質(zhì)在先而精神在后，存在決定意識。

《內(nèi)經(jīng)》對人的意識思維活動的論述，集中在《靈樞·本神篇》中，經(jīng)曰：“所以任物者謂之心，心有所憶謂之意，意之所存謂之志，因志而存變謂之思，因思而遠(yuǎn)慕謂之慮，因慮而處物謂之智”。“心之任物”，是指外界客觀存在通過感官而反映于“心神”的過程（感覺階段）；“心有所憶”，是指“心神”將所接收的“映象”保留下來的記憶（印象階段）；“意之所存”，是指“心神”把多次接收的客觀事物的“映象”所保留下來的記憶材料存貯起來（經(jīng)驗的積累階段）；“物之極謂之變”（《素問·天元紀(jì)大論》），“因志存變”是指“心神”對存貯的材料進(jìn)行思維加工、抽象概括、形成“概念”，由感性認(rèn)識上升到理性認(rèn)識、由量變發(fā)展到質(zhì)變的階段；“慕者，習(xí)也”（《說文解字》），“又思也”〈《康熙字典》），“因思遠(yuǎn)慕”是指“心神”利用已形成的“概念”對客觀事物進(jìn)行判斷、推理的再思維階段；“因慮處物”，是指經(jīng)過反復(fù)思慮、周密思考，從而做到“心中有數(shù)”地去理事處物，即理論指導(dǎo)實踐的階段。

認(rèn)識過程，從“所以任物”之“物”開始，又回歸到“因慮處物”之“物”，所以《內(nèi)經(jīng)》的認(rèn)識論，堅持了認(rèn)識的本源是“物”，認(rèn)識的目的仍然是“物”的物質(zhì)第一的觀點(diǎn)。再結(jié)合《素問·氣交變大論》：“善言天者，必應(yīng)于人；多善言古者，必驗于學(xué)、氣象學(xué)、音律學(xué)、數(shù)學(xué)、地理學(xué)等學(xué)術(shù)成就，并以之與中醫(yī)學(xué)相互交叉滲透而成，從某種意義上講，是一部古代的百科全書，筆者估計，要真正徹底地整理、研究《內(nèi)經(jīng)》，需要包括自然科學(xué)和社會科學(xué)在內(nèi)幾十門學(xué)科的工作者齊心合力進(jìn)行，方能完成。

筆者從近幾年的文獻(xiàn)看出，運(yùn)用現(xiàn)代自然科學(xué)方法研究中醫(yī)學(xué)，包括數(shù)、理、化、天、地、生，以及系統(tǒng)論、控制論、信息論等闡明、發(fā)展中醫(yī)學(xué)，已經(jīng)受到廣泛的重視，這是值得提倡的。但相形之下，卻忽視了運(yùn)用社會科學(xué)學(xué)科來研究中醫(yī)學(xué)。這其中既應(yīng)有現(xiàn)代社會科學(xué)，也應(yīng)包括古代社會科學(xué)。例如，研究中醫(yī)經(jīng)典著作和歷代各個學(xué)派，首先就需要了解它的歷史背景，諸如為什么在春秋戰(zhàn)國、秦漢時期形成中醫(yī)理論體系和《黃帝內(nèi)經(jīng)》；為什么在金元時期中醫(yī)出現(xiàn)四大家、清代形成溫病學(xué)派的歷史背景等等，都需要大量的歷史學(xué)知識，需要?dú)v史學(xué)家的參與。而在研究一本經(jīng)典著作時，又需要版本學(xué)家、?？睂W(xué)家、文字學(xué)家參加研究工作，在分析陰陽學(xué)說、五行學(xué)說、精氣學(xué)說時，亦不能脫離古代哲學(xué)史家。

此外，在研究中，還應(yīng)包括研究古代自然科學(xué)的學(xué)者，如運(yùn)氣學(xué)說問題，到底它的科學(xué)性如何，不應(yīng)只停留在原則上承認(rèn)人與自然界關(guān)系密切的宏觀水平上，更應(yīng)細(xì)致、具體研究它的內(nèi)在規(guī)律不能設(shè)想，這樣的研究會脫離研究古代天文、氣象學(xué)的學(xué)者而單獨(dú)進(jìn)行?？傊?，各學(xué)科綜合地研究中醫(yī)學(xué)，不但是應(yīng)該的，而且是可能的。它的研究成果，不僅對中醫(yī)學(xué)的發(fā)展將起到重要作用，而且勢必給整個科學(xué)的發(fā)展帶來有益的啟示。今“善言氣者，必彰于物”通過實踐再檢驗理論的觀點(diǎn)，這就全面地論述了從感性認(rèn)識發(fā)展到理性認(rèn)識，從認(rèn)識的低級階段發(fā)展到高級階段的全部認(rèn)識過程。這段經(jīng)文，不僅闡明了“心神”是人類意識思維活動的中樞，記憶、存記、理性思維等都是“心神”的功能，而且也闡明了意識活動的物質(zhì)性。

關(guān)于“智”，《荀子·正名篇》曰：“知而有所合謂之智”，即指對事物的認(rèn)識符合客觀規(guī)律?！爸悄堋?，就是指人對事物客觀規(guī)律的認(rèn)識能力，亦即“智慧”、“聰明”、“天才”之謂?！秲?nèi)經(jīng)》認(rèn)為，這方面也屬于“心神”的機(jī)能，故曰：“積神在心，以知往今?！保ā鹅`樞·五色篇》）。人們對事物客觀規(guī)律的認(rèn)識能力，以及掌握客觀規(guī)律改造客觀世界的能力，有高低不同?！秲?nèi)經(jīng)》認(rèn)為，凡知“道”者，皆為“覽觀雜學(xué)”（《素問·示從容論》）、“上知天文、下知地理、中知人事”（《素問·著至教論》），且能“法古驗今”（《素問·八正神明論》）、“言天應(yīng)人”（《素問·氣交變大論》）。

正因為博學(xué)多識，且能理論聯(lián)系實踐，因此才能逐漸認(rèn)識掌握其事物的客觀規(guī)律，而具有“慧然獨(dú)悟”、“俱視獨(dú)明”的不同于“庸人”的較高的認(rèn)識能力。這種認(rèn)識能力的形成，是源于實踐的，是間接經(jīng)驗和直接經(jīng)驗積累的突變，是在“心神”的主宰下完成的，所以《內(nèi)經(jīng)》把這種認(rèn)識能力也稱之謂“神”。

此即《素問·八正神明論》所云：“神乎神，耳不聞，目明心開而志先，慧然獨(dú)悟，口弗能言，俱視獨(dú)見，適若昏，昭然獨(dú)明，若風(fēng)吹云，故曰神?！薄秲?nèi)經(jīng)》在“天才”的問題上，雖然有的地方也渲染了唯心主義先驗論的觀點(diǎn)（如《素問·上古天真論》：“在黃帝，生而神靈”等），但我們應(yīng)從歷史的辯證評價它，不應(yīng)因此而否認(rèn)其基本精神，更何況先天因素對人的“智能”的影響還不能完全抹殺。

《內(nèi)經(jīng)》在“整體觀”思想的指導(dǎo)下，認(rèn)為人類的意識思維活動，除了和“心神”有關(guān)外，也和其他內(nèi)臟的機(jī)能活動有關(guān)。如“脾藏意”、“知周出焉”（《素問·宣明五氣論》、《素問遺篇·刺法論》），“腎藏志”、“伎巧出焉”（《宣明五氣論》、《靈蘭秘典論》），“肝藏魂”、“謀慮出焉”（《宣明五氣論》、《靈蘭秘典論》）、“膽者中正之官，決斷出焉”（《靈蘭秘典論》）等。但是由于“心藏神”而“主神明”，“主明則下安”（《宣明五氣論》、《靈蘭秘典論》），所以實際上人類的意識思維活動是在“心神”主導(dǎo)之下的各臟腑共同完成的機(jī)能活動。這是認(rèn)識能力產(chǎn)生的物質(zhì)基礎(chǔ)之一。另外，由于人的意識思維活動是屬于“神”的范疇，而《內(nèi)經(jīng)》認(rèn)為“精氣營血”等是“神”的物質(zhì)基礎(chǔ)，所以這些物也是產(chǎn)生思維機(jī)能的物質(zhì)基礎(chǔ)。正如《內(nèi)經(jīng)》所云：“嚴(yán)血?dú)庹?，人之神”（《素問·八正神明論》），“藏脈，脈舍神”、“脾藏營，營舍意”、'腎藏精，精舍志”（《靈樞，本神論》）等。

綜上所述，可以認(rèn)為《黃帝內(nèi)經(jīng)》的認(rèn)識論，基本上是唯物主義的認(rèn)識論，不僅強(qiáng)調(diào)了認(rèn)識來源于實踐、存在決定了意識，而且也揭示了為醫(yī)成為“上工”的奧秘所在。這些寶貴的論述，在今天不論是對哲學(xué)，還是對人才學(xué)或醫(yī)學(xué)教育，仍有重要意義。