在生信技能樹我發(fā)布的GEO數(shù)據(jù)庫挖掘教程也有不少了：目錄：
解讀GEO數(shù)據(jù)存放規(guī)律及下載，一文就夠 解讀SRA數(shù)據(jù)庫規(guī)律一文就夠 從GEO數(shù)據(jù)庫下載得到表達(dá)矩陣 一文就夠 GSEA分析一文就夠（單機(jī)版+R語言版） 根據(jù)分組信息做差異分析- 這個一文不夠的 差異分析得到的結(jié)果注釋一文就夠 通常我都是教大家使用下面的代碼下載任意GEO數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)集： options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下載文件的大小，檢查數(shù)據(jù)
f='GSE76275_eSet.Rdata'
library(GEOquery)
# 這個包需要注意兩個配置，一般來說自動化的配置是足夠的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
gset <- getGEO('GSE76275', destdir=".",
AnnotGPL = F, ## 注釋文件
getGPL = F) ## 平臺文件
save(gset,file=f) ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata') ## 載入數(shù)據(jù)
但總是有部分大陸的朋友使用起來很困難，錯誤如下：  通常只有的網(wǎng)絡(luò)錯誤，都很詭異，畢竟長城在這里。 解決方式也簡單，加上代碼： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可！ 再次運(yùn)行后如下：  修改后就沒有問題啦，下載進(jìn)度條很喜人：  但是，這個時候會引入另外一個問題，如下:  新的問題需要新的解決方案，我們下回再講。
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