環(huán)狀RNA，是目前非常火爆的一個(gè)研究領(lǐng)域，高分文章也不在少數(shù)。從下圖可知，近幾年，發(fā)表的相關(guān)文章數(shù)呈指數(shù)增長(zhǎng)的趨勢(shì)。但時(shí)，目前發(fā)表的總的文章數(shù)目還不是很多，2018年大概發(fā)表了450篇左右。

如果大家還在為選題困惑的話(huà)，不妨考慮下環(huán)狀RNA（O(∩_∩)O）。

今天我講解一篇SCI文章（IF：4.2）的分析思路，來(lái)帶大家打開(kāi)環(huán)狀RNA生信分析的大門(mén)（修行靠個(gè)人，哈哈）。

文章標(biāo)題，作者及單位信息如下：

文章主要是通過(guò)高通量測(cè)序以及相應(yīng)的分析找到在急性白血病髓外浸潤(rùn)中發(fā)揮作用的環(huán)狀RNA分子。

第一步：作者對(duì)高通量測(cè)序獲得的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)做了差異表達(dá)分析，找到了82個(gè)上調(diào)以及27個(gè)下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，并繪制了熱圖。

第二步，作者同樣做了基因測(cè)序，并完成了差異分析，最后得到663個(gè)上調(diào)基因以及838個(gè)下調(diào)基因（supplements）。

第三步，作者對(duì)這些差異基因進(jìn)行GO分析和KEGG分析，如下：

第四步，作者根據(jù)ceRNA機(jī)制，預(yù)測(cè)了可與篩選的差異環(huán)狀RNA分子結(jié)合的潛在miRNA(用miRanda工具預(yù)測(cè))，同時(shí)作者預(yù)測(cè)了這些miRNA下游的靶基因，然后綜合這些預(yù)測(cè)的靶基因和之前基因測(cè)序的差異分析結(jié)果，最終構(gòu)建了circRNA/miRNA/mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（最終17個(gè)環(huán)狀RNA分子，與通路富集分析結(jié)果結(jié)合）。

第五步，作者開(kāi)始分析這些環(huán)狀RNA分子的反應(yīng)元件（包括RBP，MRE以及ORF框），并繪制了相應(yīng)的圈圖。文章只呈現(xiàn)了9個(gè)圈圖，因?yàn)榱硗?/span>8個(gè)環(huán)狀RNA不在數(shù)據(jù)庫(kù)中。

第六步，作者預(yù)測(cè)了17個(gè)環(huán)狀RNA分子的預(yù)后作用。如何實(shí)現(xiàn)？通過(guò)預(yù)測(cè)被這17個(gè)環(huán)狀RNA分子靶向的基因在急性白血病患者中的預(yù)后作用。自己下載TCGA的數(shù)據(jù)做預(yù)后分析（這里也可以用數(shù)據(jù)庫(kù)替代，例如GEPIA和UALCAN等）。結(jié)果如下：

第七步，作者還用CMAP工具（https://portals.）預(yù)測(cè)可能在白血病中具有抗腫瘤作用的3種生物活性物質(zhì)：LY-294002,trichostatin A(TSA)和SB-202190（預(yù)測(cè)是基于之前構(gòu)建的circRNA/miRNA/mRNA實(shí)現(xiàn)）。

除此之外，作者還挑選了自己感興趣的環(huán)狀RNA分子進(jìn)行了表達(dá)量驗(yàn)證。

這篇文章大概就做了這些內(nèi)容，其實(shí)還可以加上很多橫向分析，這樣會(huì)讓文章的支持?jǐn)?shù)據(jù)更多（后面我會(huì)再寫(xiě)幾篇相關(guān)的推文來(lái)介紹）。有的人會(huì)問(wèn)這篇文章用的原始數(shù)據(jù)都是自己做的測(cè)序和芯片所得，沒(méi)有這些數(shù)據(jù)怎么辦？我們可以利用一些公共的數(shù)據(jù)庫(kù)去獲取這些分析數(shù)據(jù)，例如GEO數(shù)據(jù)庫(kù)。為了讓大家少走彎路，我錄制了一套《零基礎(chǔ)入門(mén)生信SCI-環(huán)狀RNA篇》，目前已經(jīng)正式上線(xiàn)。