經(jīng)過了第一次華人屠殺之后， 馬尼拉華人幾乎絕跡。西班牙殖民政府突然發(fā)現(xiàn)馬尼拉陷入一片經(jīng)濟蕭條，物資匱乏的狀態(tài)。沒有華商和手工業(yè)者，沒有了來自中國的商船。基本上馬尼拉的正常生活所需突然就陷入了一片混亂。高價也買不到日用品， 可以說馬尼拉陷入了蠻荒時代。

西班牙殖民政府開始采取，放寬這種對于華人的政策。1604年，一支華人貿(mào)易船隊抵達(dá)馬尼拉。慢慢的，殖民政府的寬待政策起了作用。明末的亂世，馬尼拉空白的市場，由于種種原因華人漸漸地又多了起來。


到了17世紀(jì)20年代， 僅在馬尼拉附近的華人數(shù)量就有兩萬多，菲律賓的商業(yè)，基本上全由華人經(jīng)營。但自1605年西班牙殖民政府修復(fù)八連開始，華社的發(fā)展也伴隨了日益繁重的稅賦。勞役稅賦多不勝數(shù)，就連出入也受到限制，出行要購買通行證，停留時間也受到監(jiān)管。不得與菲律賓人來往，沒有通行證不許前往馬尼拉，甚至不能靠近馬尼拉兩公里的地界， 馬尼拉關(guān)閉城門后，發(fā)現(xiàn)的華人就處以死刑。

殖民政府的種種限制與剝削勒索在新總督科奎拉到任后更是變本加厲。1635年，科奎拉強制集中6000名華人到內(nèi)湖省卡蘭巴（Calamba，Laguna)墾荒。
當(dāng)時的Calamba是一片水利不修，瘴癘流行的沼澤地區(qū)。華人在這里被強制奴役加上水土不服，加上殖民政府處處剝削， 已是了無生機了。歷經(jīng)四年，死亡人數(shù)已經(jīng)達(dá)300多人， 面對西班牙官員的橫征暴斂， 走投無路的華人終于揭竿而起。

殺死l了官員和神父的起義軍安置家眷于山林，然后這只約3000人的起義隊伍由Calamba北上，進發(fā)馬尼拉。Calamba的華人中途遭遇30西班牙騎兵，雖然消滅了27名騎兵，卻付出200多死傷的代價，由此可見，裝備訓(xùn)練的巨大差距。
雖然如此，常年被殖民政府剝削的華人們卻沿途日益壯大，一路北上，焚毀了沿途的西班牙人聚居地和教堂，乘勝北進。終于在馬卡蒂的圣佩德羅（San Pedro， Makati）遭遇了大規(guī)模的西班牙軍隊800人。 

在火槍與棍棒的短暫交火后，雙方進行了停火談判。

然而在談判進行中，西班牙殖民軍突然從側(cè)面發(fā)起攻擊。華人起義軍被殺一千余人，300多人被俘。 其余分兩路退走。南路退回Calamba筑堡據(jù)守， 最后也被殖民政府攻破， 殺害。北路同八連華人起義隊伍回合，轉(zhuǎn)移到內(nèi)湖東南角附近。

西班牙殖民政府雖然撲滅了Calamba華人起義，但是他的暴政點燃了各地華人的抗?fàn)帲鞯仄鹆x紛紛不止。殖民政府擔(dān)心馬尼拉城內(nèi)華人勾結(jié)城外起義軍，下令屠殺華人。 西班牙人逐屋搜查，見到華人就直接殺死。

八連華人聞訊，悲憤莫名， 為自保拿起武器， 決意抗暴。殖民政府害怕八連武裝攻破馬尼拉城，不間斷炮轟八連。華人死傷無數(shù)，出逃者也落入殖民政府之手，慘遭折磨至死。短短八個小時，繁榮富庶的八連變成了一片廢墟。

總督科奎拉緊接著又下令各省對于華人進行全面搜殺，并懸賞華人人頭， 華人因此被殺者，難以計數(shù)。最后僅剩的大約8000名華人在神父調(diào)解下向殖民政府投降。投降的華人被集中安置在岷倫洛， 周圍筑起柵欄，簡直不得離開該區(qū)半里以外， 華人禁止前往各地。

這次事件，約24000華人被屠殺，尸首丟棄河道，導(dǎo)致河道六個月尸臭不斷，其時，人們不敢吃魚， 魚兒卻因啖食人肉而肥。