明朝末年時，蒙古汗國的主體分裂為漠南蒙古、漠西蒙古、漠北蒙古。其中，漠南蒙古在清朝入關前已被清太宗皇太極派兵所滅，漠北蒙古（喀爾喀蒙古）也對清朝保持“一年一貢”的規(guī)矩，唯有漠西蒙古（厄魯特蒙古）游離于外，最終發(fā)展壯大起來。

到了17世紀初，漠西蒙古5部（清時只有4部）之一的“準噶爾部落”逐漸發(fā)展壯大。在清朝入關征討南明的同時，遠在西北的準噶爾部相繼征服了杜爾伯特部、和碩特部、輝特部，建立了一個強盛的準噶爾汗國。在此后的很長一段時間里，清朝與準噶爾汗國屬于并立狀態(tài)。

1689年，康熙皇帝與沙俄簽訂了《尼布楚條約》，劃定了中俄的東北邊界。沙皇俄國一時失去了出兵的借口，卻在暗地里積極慫恿準嘎爾汗國與清朝相互攻殺。1689年，準噶爾汗國的君主噶爾丹（蒙古“博碩克圖汗”）率領2萬精騎深入內蒙地區(qū)，在烏爾會河之戰(zhàn)中殲滅清軍萬余人。清廷朝野為之震動，被迫全力迎戰(zhàn)。

在接下來1690年的烏蘭布通之戰(zhàn)中，噶爾丹憑借火器的優(yōu)勢一度重創(chuàng)清軍，還擊殺了康熙的舅舅佟國綱，但最終因孤軍深入、彈盡糧絕而被迫撤退。戰(zhàn)后，清朝才真正意識到準噶爾汗國的巨大威脅，由此揭開了清朝與準噶爾汗國長達數(shù)十年的戰(zhàn)爭。

康熙在六年時間里三征準噶爾汗國，雖然逼迫其君主噶爾丹自盡身亡，但仍未能準噶爾汗國。1718年，清朝從青海出兵進攻占據(jù)西藏的準噶爾軍隊，結果全軍覆沒。2年后，清朝再次出兵，費了九牛二虎之力才奪取西藏。

雍正年間，清朝繼續(xù)對西北用兵。但準噶爾汗國已達到鼎盛，擁兵30余萬，其疆域北至葉尼塞河上游，南到青藏高原阿里地區(qū)，西北越過巴爾喀什湖，東部到達色愣格河流域，統(tǒng)治著四百多萬平方公里的廣袤土地。1727年，清廷從科布多地區(qū)出兵進攻準噶爾汗國，結果再次全軍覆沒，連科布多地區(qū)都被占領了。雍正皇帝無法將準噶爾汗國消滅，只能與它沿著蒙古杭愛山分界，靜觀其動向。

直到1745年以后，強大的準噶爾汗國終于陷入內亂，國家四分五裂。年輕的乾隆皇帝（清高宗）認為機不可失，出兵西北（乾隆收復新疆之戰(zhàn)）攻下了伊犁，并繼續(xù)往新疆腹地深入。1757年，清廷平定了準噶爾殘部阿睦爾撒納的叛亂，基本上控制了天山南北。數(shù)年后，準噶爾汗國最后的殘余勢力也被清朝剿滅，新疆完全被清朝控制。

從圣祖三次親征噶爾丹至乾隆出兵擒獲達瓦齊汗統(tǒng)一西北及平定阿睦爾撒納叛亂，前后達七十年。這不僅安定了社會秩序，而且避免了蒙古分裂的危險，打擊了沙俄的侵略勢力及野心，捍衛(wèi)了祖國的邊疆，促進各民族大家庭的鞏固和發(fā)展。試想，若任由噶爾丹胡鬧下去，清朝能統(tǒng)一漠北蒙古、漠西蒙古嗎？還能有安寧日子過嗎？