吳佩衡在努力傳承中醫(yī)文化，積極發(fā)展中醫(yī)事業(yè)的同時，也很關(guān)注西方醫(yī)學(xué)的發(fā)展和現(xiàn)狀，他能用歷史唯物主義的觀點(diǎn)，科學(xué)的分析和認(rèn)識兩種醫(yī)學(xué)的特點(diǎn)和優(yōu)勢，主張相互溝通，取長補(bǔ)短。

1925年，剛到昆明不久，他就參加了市政公所舉辦的“傳染病講習(xí)所”進(jìn)修，利用這次機(jī)會，系統(tǒng)地學(xué)習(xí)了《人體解剖學(xué)》、《生理衛(wèi)生學(xué)》、《細(xì)菌學(xué)》、《傳染病學(xué)》等西醫(yī)課程，結(jié)業(yè)時成績名列前茅。所學(xué)知識對他日后促進(jìn)中西醫(yī)結(jié)合，打下了基礎(chǔ)。

二十世紀(jì)四十年代，吳佩衡到法國人在昆明創(chuàng)辦的甘美醫(yī)院會診時，主動提出要觀摩法國醫(yī)生勞薩拉歐爾（Lauzalaor）的胃腸吻合術(shù)。在那個年代，一個如此知名的中醫(yī)，竟穿戴好隔離衣帽，進(jìn)入手術(shù)室，專注的觀摩外國醫(yī)生開刀，是件非常罕見之事，備受勞薩拉歐爾及其他西醫(yī)的贊譽(yù)，并在業(yè)界傳為美談。

二十世紀(jì)五十年代后，吳佩衡經(jīng)常受邀到省、市級醫(yī)院及部隊(duì)醫(yī)院或到北京、上海、廣州、成都等全國各地參加中西醫(yī)聯(lián)合會診。每次會診，他都十分尊重西醫(yī)同道，與西醫(yī)同道共同分析、研討各種疑難重癥和頑固疾病，但也充分闡述中醫(yī)觀點(diǎn)，以高度的責(zé)任心和充分的論據(jù)，提出自己的診治意見，發(fā)揮了中醫(yī)在治療上的特色與優(yōu)勢，大大提高了療效，救治了不少危重病人，得到中西醫(yī)同道的一致贊譽(yù)。西醫(yī)同道們十分敬重吳佩衡淵博的學(xué)識和高尚的品德，他們之間坦誠相交，建立了良好的關(guān)系。如西醫(yī)皮膚科專家秦作樑、婦產(chǎn)科專家杜棻、外科專家藍(lán)瑚、內(nèi)科專家徐彪南等與吳佩衡又深交，互為知己。

以后一些年，吳佩衡更是頻頻受邀到昆明醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院、云南省第一人民醫(yī)院、云南省紅十字會醫(yī)院、中國人民解放軍昆明部隊(duì)總醫(yī)院等昆明市內(nèi)大型綜合醫(yī)院會診疑難危重病人，他幾乎有邀必到，與西醫(yī)同道攜手合作，治愈了很對棘手的疑難重癥。例如1959年，吳佩衡到昆明醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院會診一例產(chǎn)后重癥，西醫(yī)診斷為“耐藥性金黃色葡萄球菌性急性嚴(yán)重肺膿瘍”?；颊呓?jīng)大量光譜抗生素治療無效，高熱不退，已現(xiàn)昏憒，面色青灰，呼吸忽起忽落，似潮水往復(fù)......吳佩衡認(rèn)為，此乃心腎之陽衰弱已極，一線殘陽欲絕之危候，即以大劑回陽救逆、強(qiáng)心固腎、蕩滌陰邪之劑救治。僅四診，服藥十余劑后，患者即轉(zhuǎn)危為安，痊愈出院。西醫(yī)同道總結(jié)了這些寶貴的經(jīng)驗(yàn)，把搶救這例病例的病史、體檢結(jié)果、治療經(jīng)過及治療前后血培養(yǎng)、X線片等資料作了詳細(xì)總結(jié)，并在專業(yè)雜志上發(fā)表了論文，引起了國內(nèi)同行的重視，紛紛來函取經(jīng)。

為了促進(jìn)中西醫(yī)的相互了解與合作，吳佩衡積極主張和推進(jìn)西醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)。二十世紀(jì)五十年代，他曾親臨課堂，滿腔熱情的為省衛(wèi)生廳舉辦的每一期“西醫(yī)離職學(xué)習(xí)中醫(yī)班”授課并帶學(xué)生實(shí)習(xí)。當(dāng)年曾參加首屆學(xué)習(xí)班的留法西醫(yī)著名專家、昆明醫(yī)學(xué)院李念秀教授回憶說：“吳老學(xué)風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)求實(shí)，講課深入淺出，是位良師?！?/p>

那個年代，昆明市一些堅(jiān)定走中西醫(yī)結(jié)合道路的西醫(yī)骨干，為了能進(jìn)一步深入研究中醫(yī)，就主動到吳佩衡家，虛心求教。吳佩衡雖處百忙中，但仍熱情接待他們，每星期六和星期日在家開設(shè)講座，為他們講解中醫(yī)經(jīng)典著作，還親在帶他們臨證實(shí)踐，使他們有很大提高。昆明醫(yī)學(xué)院饒嫻宜、陳世德、魏書均、范亞蘭四位資深教授在回憶當(dāng)年的學(xué)習(xí)情況時，激動的說：“吳老那時年事已高，工作很忙，每周都要抽休息時間為我們上課，不論寒暑陰雨，一年余從未中輟，而且不取任何報(bào)酬。老師用親手編寫的《傷寒論》講義教育我們。他對《傷寒論》的內(nèi)容太熟悉了，講課時語言生動，易懂易記。他學(xué)識淵博講解時所引用的《黃帝內(nèi)經(jīng)》、《難經(jīng)》以及后世的注解意見，都是最精辟的。他還結(jié)合臨床實(shí)際工作，舉例說明，非常引人入勝。只有熱愛中醫(yī)事業(yè)，由衷希望這門科學(xué)后繼有人的學(xué)者，才會做這樣誨人不倦的工作，我們深受感動。吳老不僅教了我們中醫(yī)知識，而且教了我們?nèi)绾巫鋈?，如何做一名好教師，如何做一名好醫(yī)生，使我們終身受益。我們要向吳老致敬、致謝、感恩。”

這四位教授以后一直堅(jiān)定不移的開展中西醫(yī)結(jié)合工作，在臨床、教學(xué)、科研工作中都取得了豐碩成果，在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、傳染病學(xué)、兒科學(xué)的中西醫(yī)結(jié)合研究方面，達(dá)到了國內(nèi)先進(jìn)水平。

1988難，在吳佩衡誕辰一百周年紀(jì)念大會上，昆明醫(yī)學(xué)院原院長杜棻，副院長藍(lán)瑚、魏書均等八位老教授，聯(lián)名向大會贈送了一幅字體蒼勁、裝裱精美的書法作品“增進(jìn)中西醫(yī)團(tuán)結(jié)，促進(jìn)中西醫(yī)結(jié)合，貢獻(xiàn)卓越?！笔藗€大字代表了云南省西醫(yī)老前輩們，對吳佩衡在中西醫(yī)結(jié)合工作中所作貢獻(xiàn)的高度評價。

吳佩衡不僅提倡西醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)，而且主張中醫(yī)藥工作者也要學(xué)習(xí)現(xiàn)代醫(yī)學(xué)知識，主張中西醫(yī)相互學(xué)習(xí)，團(tuán)結(jié)協(xié)作，各盡所能，優(yōu)勢互補(bǔ)。他認(rèn)為，中西醫(yī)理論基礎(chǔ)不同，思維方法有別，診療手段各異，但最后要用療效進(jìn)行檢驗(yàn)和評定。他主張不要簡單地肯定或否定，不要簡單機(jī)械地搞“結(jié)合”。無論中醫(yī)學(xué)習(xí)西醫(yī)，還是西醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)，都不能生硬對照，更不能移花接木。醫(yī)生可以學(xué)會兩套本領(lǐng)，取長補(bǔ)短，相互補(bǔ)充。他曾說：“西醫(yī)重視看得見的結(jié)構(gòu)，中醫(yī)重視看不見的氣。就像一臺蒸汽機(jī)，西醫(yī)強(qiáng)調(diào)不斷運(yùn)轉(zhuǎn)的機(jī)械，中醫(yī)強(qiáng)調(diào)推動機(jī)械運(yùn)轉(zhuǎn)的蒸汽，最終目標(biāo)都?xì)w結(jié)到運(yùn)轉(zhuǎn)上，歸結(jié)到機(jī)體的生命和生命力。”

吳佩衡鼓勵自己的兒孫考西醫(yī)大學(xué)，又積極主張他們回過頭來學(xué)習(xí)中醫(yī)。二十世紀(jì)六十年代至今，雖然在吳佩衡家傳的學(xué)術(shù)繼承人中其長子吳少衡，胞弟吳鏡波，侄兒吳濟(jì)堂，女兒吳元慧、吳元坤，長媳陳菊仙都相繼逝世，但可喜的是其兒子吳生元、孫女吳榮華（吳華）、孫子吳榮祖也都成長為國內(nèi)和省內(nèi)的名中醫(yī)，成為吳佩衡學(xué)術(shù)思想的主要繼承人。吳生元，中共黨員，教授，云南中醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院原院長，云南省名中醫(yī)，國家中醫(yī)藥管理局認(rèn)定為全國老中醫(yī)藥專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作指導(dǎo)老師，2006年獲全國首屆名老中醫(yī)學(xué)術(shù)傳承特別貢獻(xiàn)獎，享受國務(wù)院政府特殊津貼。吳榮華教授，為云南省中醫(yī)研究所原所長，昆明醫(yī)學(xué)院中醫(yī)學(xué)教研室原主任，第一附屬醫(yī)院中醫(yī)科原主任，“九三學(xué)社”云南省委原副主任，云南省政協(xié)原常委、云南省女醫(yī)師協(xié)會原副會長，享受國務(wù)院政府特殊津貼。吳榮祖教授，為昆明市中醫(yī)醫(yī)院原院長，昆明市人大代表，昆明市政府參事，昆明市優(yōu)秀專家，昆明市首屆優(yōu)秀學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人。雖然他們?nèi)爽F(xiàn)在都已從各家單位退休，但仍活躍在臨床第一線，發(fā)揚(yáng)先輩的傳統(tǒng)，辛勤地為廣大患者服務(wù)。

如今，在吳佩衡的大家庭內(nèi)，他的學(xué)術(shù)思想和臨床經(jīng)驗(yàn)已傳到第四代，其重孫吳文笛已是昆明市中醫(yī)醫(yī)院的一名主治醫(yī)師。他的家庭中，不僅醫(yī)學(xué)事業(yè)的人多，而且學(xué)科覆蓋面廣。吳佩衡的兒女輩共有八人習(xí)醫(yī)；孫輩十七人習(xí)醫(yī)；重孫輩中，目前已有五人習(xí)醫(yī)。除中醫(yī)外，家庭中還有包括西醫(yī)心內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、口腔頜面外科、泌尿外科、小兒科、婦產(chǎn)科、眼科、傳染病科等著名的西醫(yī)教授、專家十余名，年輕的博士三人，他們一般都能用中西醫(yī)兩手治療疾病，全家每人都為我國的醫(yī)學(xué)事業(yè)做出了積極的貢獻(xiàn)。吳佩衡的這個大家庭，已成為名符其實(shí)的醫(yī)學(xué)世家。