《罪惟錄》是一部紀(jì)傳體的明史。原名《明書》，后來改名《罪惟錄》，取孔子“罪我者其惟春秋”（ 知我罪我，其惟春秋）之義。查繼佐在《罪惟錄》中堅持反清立場。他在《自序》中明確表示，自己是明朝人，不是清朝百姓。書中都用明朝年號，直到清康熙三年，仍稱永歷十八年。南明各主，均列本紀(jì)。福王稱安宗簡皇帝。建文、崇禎兩帝謚號，皆從弘光朝所定，不用 清政府所謚。對清朝或稱“滿人”，或稱“后金”，或稱“建彝”、“建虜”或稱“東師”、“北師”，絕不稱“大清”。書中對抗清人物立傳特別多。并隨處發(fā)抒對滿人和投降派的憤恨。如書中引張煌言的《報韓論》說：“自古稱張良始終為韓，先儒論之詳矣。今世仕虜庭者多借此為口實，以建州固常驅(qū)賊，遂以沛公亡秦，子房事漢為擬。噫！何其不猶之甚也！”

《罪惟錄》的撰寫時間，據(jù)自序說，從甲申年（順治元年，公元1644年）開始，壬子年（康熙十一年，公元 1672年）寫成，用了29年的時間。這部書是在極端險惡的環(huán)境中寫成的。當(dāng)時清政府最忌私人撰寫明史，尤其是易代之際的歷史，唯恐把歷史真相揭露出來。浙江湖州南潯人莊廷鑨購得朱國楨《列朝諸臣傳》稿本，補(bǔ)以崇禎朝事，定名《明書》，用自己的名字刊刻。因為書中稱努爾哈赤為建州都督，不用清朝年號，康熙元年被入告發(fā)，結(jié)果莊氏全族和為此書寫序、校閱、刻字、印刷以至賣書、買書的人和地方官，都被處死，死者70余人。查繼佐列名參校，亦被逮捕入獄，幸經(jīng)友人多方營救，才得免死。在這樣一個萬分恐怖的情況下，查繼佐冒著滅族的危險，終于把《罪惟錄》寫了出來。他在自序中說，手稿改易了數(shù)十次，備極辛苦。

《罪惟錄》的材料來源，關(guān)于明末史事，一部分是作者自身所經(jīng)歷，尤其關(guān)于魯王政府的歷史，作者就是當(dāng)事人。許多人的傳里都有關(guān)于他的記載。一部分是調(diào)查訪問得來的．這在許多篇章中都有所說明。他在《自序》中所謂“耳采經(jīng)數(shù)千人”，就指的是調(diào)查研究。關(guān)于崇禎以前的史料，一部分采自莊廷鑨《明書》，一部分采自明纂國史和實錄。明黃尊素著有《時略》，記嘉靖、隆慶時事及諸臣奏疏，其子宗羲著《續(xù)時略》，記萬歷至崇禎朝事及奏疏。宗羲與繼佐在魯王政府同事，因此《罪惟錄》部分史料可能得之于宗羲。

《罪惟錄》是一部未定稿。書中常有“某卷顛倒錯亂，當(dāng)重為排定”一類的批語和“當(dāng)入某目”的眉注，可以概見。原稿在作者當(dāng)時已經(jīng)“水溢火焦，泥涂鼠嚙，零落破損”，收藏者懼禍，又將“建虜”、“滿兵”等字樣都涂改成“大清”，在南明各主及年號上加一“偽”字，所以稿本已非完璧。1931年，張宗祥借得浙江吳興劉氏嘉業(yè)堂所藏原稿加以校補(bǔ)，厘訂為本紀(jì)22卷、志32卷、傳36卷（皆為類傳），并子目合共102卷。 1936年，上海商務(wù)印書館據(jù)嘉業(yè)堂原稿，將涂易可辨的字恢復(fù)原樣，加注張氏校補(bǔ)文字，影印行世。歷經(jīng)滄桑，沉埋了二百多年的《罪惟錄》，至此才得與世人見面。

《罪惟錄》最注意“靖難”（指明成祖朱棣奪取皇位的事）以及明清易代之際的記載。 《荒節(jié)傳》中人物都是“靖難”迎降諸臣。《播匿傳》所記孫鎮(zhèn)以下44人都是“靖難”時反對成祖的，田時震以下40人都是明末抗清的?！犊惯\》、《致命》兩傳，亦大多為“靖難”和易代之際的人物。王鴻緒的《明史稿》、傅維麟的《明書》和清代官修的《明史》，對于“靖難”的記載，往往把真實情況湮沒。牽涉到清入關(guān)以前的事和易代之際的事，更是諱莫如深，略而不詳。查氏《罪惟錄》翔實過于三書，尤其是關(guān)于清入關(guān)以前的歷史和易代之際的歷史，可以補(bǔ)正三史的缺失。此書也有一些缺點：記事間有自相牴牾處，取材間有道聽途說，失于考核處，列傳分類，亦有不盡允當(dāng)處，外志一篇，簡直是小說，不是歷史。但總起來說，此書大醇小疵，終不失為一部有價值的史書。