《晚清四部叢刊》各部主編均為臺(tái)灣知名學(xué)者，分別是：“經(jīng)部”主編為林慶彰（臺(tái)灣“中央研究院”文哲所研究員），“史部”主編為賴明德（臺(tái)灣中原大學(xué)華語系特聘教授），“子部”主編為劉兆祐（中國文化大學(xué)中文系主任），“集部”主編為張高評(píng)（臺(tái)灣成功大學(xué)中文系特聘教授）。

《晚清四部叢刊》各部的分類情況略加說明如下：一、經(jīng)部。仿《民國時(shí)期經(jīng)學(xué)叢書》之分類，分群經(jīng)總論、周易、尚書、詩經(jīng)、三禮、春秋和三傳、四書、孝經(jīng)、爾雅、石經(jīng)、讖緯等類。由于文字聲韻學(xué)在晚清尚未獨(dú)立，本叢刊仿《四庫全書總目》之例，將其附于經(jīng)部之末。二、史部。依正史、編年、雜史、紀(jì)事本末、詔令奏折、史鈔、史表、史評(píng)、政書、傳記等排列。正史、紀(jì)事本末類因數(shù)量不多，收入第五編之后。另外，政書、日記因數(shù)量龐大，俟文稿整理完畢，亦收入第五編以后。三、子部。依儒家、兵家、法家、術(shù)數(shù)、雜家、雜纂、小說家（或說部）等排列。墨家、道家諸作為數(shù)不多，亦收入第五編以后。四、集部。凡全集、遺集、詩文、詞賦、制義、尺牘等集皆屬之，依作者年代先后排列，作者年代不詳者，以自序或他序年代為據(jù)。

《晚清四部叢刊》在選文和編排方面，尚須進(jìn)一步說明者有三：其一，集部中的經(jīng)學(xué)。集部中有不少全集、遺集、文集等包含有經(jīng)學(xué)著作，如《鄧厚庵先生遺書擇錄》實(shí)為《論語講義》六卷，王熙章《及時(shí)山房詩文草》亦有《論語講義》數(shù)卷，郭籛齡《吉雨山房全集》有《周易從周》十卷，這些自可別為專著；但如陳玉樹《后樂堂集》中有“經(jīng)說”二卷、“毛詩異文說”十卷，金錫齡《劬書室遺集》卷一至卷八為經(jīng)學(xué)，卷九至卷十六為文集，為保存完整的別集，礙難裁篇而出。其二，年代標(biāo)準(zhǔn)。本叢刊匯輯道光二十年至宣統(tǒng)三年之著作，是以成書年代為收錄依據(jù)，如曹應(yīng)樞的卒年雖晚于道光二十年，然其《梅雪堂詩集》乃成書于道光十八年，屬清中葉的著作，不可編入。又如歐陽厚均、方東樹皆歿于道光咸豐間，然歐陽氏《易鑒》三卷“乃其晚年訂本”（據(jù)周玉麒序），方氏《向果微言》自序?qū)懹诘拦舛拍辏瑒t皆可編入。再如許禧身歿于民國5年、陸廷黻歿于民國10年、吳增祺歿于民國18年，但許氏《含青閣詩草》為宣統(tǒng)二年鉛印，陸氏《鎮(zhèn)亭山房詩文集》則為光緒十七年刻本，吳氏《國語韋解補(bǔ)正》自序于宣統(tǒng)元年，故本叢刊皆加以編入。其三，版本。本叢刊選取版本，以稿抄本為優(yōu)先，無稿抄本者，依次選取刻本、木活字本、鉛印本、石印本；而在刊本年代上自以最早為主，若有版本不清、不全或破損者，則以卷數(shù)完整、版面干凈者替之。

《晚清四部叢刊》采取逐年出版的方式，2010年11月出版一至四編，2011年11月出版五、六編，2012年11月出版七、八編，2013年4月出版九、十編。

《晚清四部叢刊》中，經(jīng)部收書230種，史部收書110余種，子部收書230余種，集部收書380余種。所收晚清文獻(xiàn)實(shí)為罕見，皆未出版過洋裝書，亦為《續(xù)修四庫全書》所未收，并且與張?jiān)獫?jì)《四部叢刊》完全不重疊，可謂文史新資料，為學(xué)者開辟了新的研究領(lǐng)域，為教學(xué)與學(xué)術(shù)研究活動(dòng)提供了新動(dòng)能，為學(xué)界深入研究晚清歷史與文化提供了更全面、更豐富的文獻(xiàn)，受到兩岸學(xué)者的一致好評(píng)。