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WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module)，并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)，以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦15個樣品以上的數(shù)據(jù)。現(xiàn)在測序價格越來越便宜，得到15個樣品數(shù)據(jù)的成本很低，如果再結(jié)合樣品性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行模塊基因與表型的關(guān)聯(lián)分析，一定能給你的文章增色不少！如果自己手里沒有數(shù)據(jù)，利用公開的數(shù)據(jù)挖掘分析也是不錯的選擇。 下面我們舉一些利用WGCNA進(jìn)行癌癥或微生物研究的例子給大家拓展一下思路，點(diǎn)擊“閱讀原文”可以進(jìn)行WGCNA分析方法的學(xué)習(xí)。 TCGA表達(dá)數(shù)據(jù)的挖掘 先介紹兩篇利用TCGA人類癌癥數(shù)據(jù)庫中的基因表達(dá)數(shù)據(jù)發(fā)表的文章，主要利用WGCNA的方法來篩選與癌癥發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因，從而發(fā)現(xiàn)區(qū)分不同癌癥亞型的biomarker。看完文獻(xiàn)可以說單單用了WGCNA的方法就發(fā)了篇paper：
主要的分析思路其實(shí)就是WGCNA的分析思路：
文獻(xiàn)2:胃癌中miRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
胃癌中共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)鍵biomarker查找WGCNA構(gòu)建微生物互作網(wǎng)絡(luò) 微生物中WGCNA的應(yīng)用 下面的文章研究了531位芬蘭男性腸道微生物與代謝綜合征(Metabolic Syndrome)的關(guān)系，代謝綜合征是指人體的蛋白質(zhì)、脂肪、碳水化合物等物質(zhì)發(fā)生代謝紊亂的病理狀態(tài)，是一組復(fù)雜的代謝紊亂癥候群，是導(dǎo)致糖尿病心腦血管疾病的危險因素。 為找到哪些微生物與代謝綜合征相關(guān)，作者首先先利用微生物OTU table做WGCNA分析構(gòu)建微生物的相互作用網(wǎng)絡(luò)，再利用病人的的臨床數(shù)據(jù)——主要包括血液中血糖含量，胰島素含量等代謝指標(biāo)，做臨床數(shù)據(jù)與微生物共表達(dá)模塊間的相關(guān)性分析。最后得出結(jié)論，發(fā)現(xiàn)藍(lán)色模塊中的Tenericutes, Methanobrevibacter,and Christensenellaceae等物種與血液中的谷氨酰胺指標(biāo)正相關(guān)，另外，黃色模塊中的Blautia物種與血液中的醋酸負(fù)相關(guān)等等，從而找到與疾病相關(guān)的微生物種類biomarker。
參考文獻(xiàn) [1] Sally Yepes,et al. Co-expressed miRNAs in gastric adenocarcinoma, Genomics, Volume 108, Issue 2,2016,Pages 93-101,ISSN 0888-7543. |
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