土壤有機(jī)質(zhì)不僅是一種穩(wěn)定而長效的氮源物質(zhì)，而且它幾乎含有作物和微生物所需要的各種營養(yǎng)元素。土壤有機(jī)質(zhì)經(jīng)礦質(zhì)化過程釋放大量的營養(yǎng)元素為植物生長提供養(yǎng)分。

有機(jī)質(zhì)礦質(zhì)化過程分解產(chǎn)生的CO²是植物碳素營養(yǎng)的重要來源，據(jù)估計，土壤有機(jī)質(zhì)的分解及微生物和根系呼吸作用產(chǎn)生的CO²，每年可達(dá)135億噸，大致相當(dāng)于陸地植物的需要量。由此可見，土壤有機(jī)質(zhì)的礦質(zhì)化過程產(chǎn)生的CO²既是大氣中CO2的重要來源，也是植物光合和作用的重要碳源。

土壤有機(jī)質(zhì)還是土壤N、P最重要的營養(yǎng)庫，是植物速效性N、P的主要來源。據(jù)研究，植物吸收的氮素有50%-70%來自土壤。土壤全N的92%-98%都是儲藏在土壤中的有機(jī)N中的。土壤有機(jī)質(zhì)中有機(jī)態(tài)P的含量一般占土壤全磷的20%-50%，隨著有機(jī)質(zhì)的分解而釋放出速效磷，供給植物營養(yǎng)。

土壤有機(jī)質(zhì)在分解轉(zhuǎn)化過程中，產(chǎn)生的有機(jī)酸和腐殖酸對土壤礦物部分有一定的溶解能力，可以促進(jìn)礦物風(fēng)化，有利于某些養(yǎng)分的有效化。一些與有機(jī)酸和富里酸絡(luò)合的金屬離子可以保留在土壤溶液中，不致沉淀而影響其有效性。土壤腐殖質(zhì)與鐵形成的某些化合物，在酸性或堿性土壤中對植物及微生物是有效的。

土壤腐殖質(zhì)是一種膠體，有著巨大的比表面和表面能，腐殖質(zhì)膠體以帶負(fù)電荷為主，從而可吸附土壤溶液中的交換性陽離子如K⁺、NH⁴⁺、Ca²⁺、Mg²⁺等，一方面可避免隨水流失，另一方面又能被交換下來供植物吸收利用，其保肥性能非常顯著。

土壤有機(jī)質(zhì)還深刻影響水分的存儲。據(jù)測定，腐殖質(zhì)的吸水率為500%左右，而粘土礦物的吸水率僅為50%左右。研究表明，土壤有機(jī)質(zhì)從1%升到3%，土壤的保水能力增加6倍。

土壤中的腐殖質(zhì)很少以游離態(tài)存在，多數(shù)和礦質(zhì)土粒相互結(jié)合，以膠膜形式包被在礦質(zhì)土粒外表，形成有機(jī)-無機(jī)復(fù)合體。由于它松軟、絮狀、多孔，粘結(jié)力又比粘粒強(qiáng)11倍，粘著力比粘粒小一半，所以粘粒被它包被后，易形成散碎的團(tuán)粒，使土壤變得比較松軟而不再結(jié)成硬塊。

因此，有機(jī)質(zhì)能使砂土變緊，粘土變松，土壤的保水、透水性以及通氣性都有所改變。在干旱區(qū)，有機(jī)質(zhì)通過改善粘性，降低土壤的脹縮性，防止土壤干旱時出現(xiàn)的大的裂隙（即龜裂）。

腐殖質(zhì)為棕色呈褐色或黑色物質(zhì)，被土粒包圍后使土壤顏色變暗，從而增加了土壤吸熱的能力，提高土壤溫度，這一特性對北方早春時節(jié)促進(jìn)種子萌發(fā)特別重要。

在理想的土壤生態(tài)系統(tǒng)中，每平方米的土壤含脊椎動物1只、蝸牛和蛞蝓100只、鍋蟲和蚯蚓3000只，線蟲500萬只、原生動物100億只、細(xì)菌和放線菌10萬億個。這些動物和微生物組成一個食物網(wǎng)金字塔，這些生物一年中生物量總和達(dá)400-470公斤/畝。

蚯蚓等土壤動物以有機(jī)質(zhì)為食物和能量來源。有機(jī)質(zhì)能改善土壤物理環(huán)境，增加疏松程度和提高通透性，從而為土壤動物的活動提供了良好的條件，而土壤動物本身又加速了有機(jī)質(zhì)的分解，進(jìn)一步改善土壤通透性，為土壤微生物和植物生長創(chuàng)造了良好的環(huán)境條件。

蚯蚓糞就是非常良好的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，具有泡水不散的特點。自然繁衍的蚯蚓種群大小是健康的土壤的重要指標(biāo)。

土壤有機(jī)質(zhì)，尤以其中胡敏酸，具有芳香族的多元酚官能團(tuán)，可以加強(qiáng)植物呼吸過程，提高細(xì)胞膜的滲透性，促進(jìn)養(yǎng)分迅速進(jìn)入植物體。胡敏酸的鈉鹽對植物根系生長具有促進(jìn)作用，胡敏酸鈉對玉米等禾本科植物及草類的根系生長發(fā)育具有極大的促進(jìn)作用。

腐殖酸在一定濃度下可促進(jìn)植物的生理活性。腐殖酸鹽的稀溶液能改變植物體內(nèi)糖類代謝，促進(jìn)還原糖的積累，提高細(xì)胞的滲透壓，從而增強(qiáng)了作物的抗旱能力。

土壤有機(jī)質(zhì)中還含有維生素B1、B2、吡醇酸和煙堿酸、激素、異生長素（β-吲哚乙酸）、抗生素（鏈霉素、青霉素）等對植物的生長起促進(jìn)作用，并能增強(qiáng)植物抗病能力。

腐殖質(zhì)有助于消除土壤中的農(nóng)藥殘毒和重金屬污染以及酸性介質(zhì)中Al、Mn、Fe的毒性。特別是褐腐酸能使殘留在土壤中的某些農(nóng)藥，如DDT，三氮雜苯等的溶解度增大，加速其淋出土體，減少污染和毒害。

腐殖酸還能和某些金屬離子絡(luò)合，由于絡(luò)合物的水溶性，而使有毒的金屬離子有可能隨水排出土體，減少對作物的危害和對土壤的污染。