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大家都知道，RNA世界有三寶：miRNA、lncRNA和circRNA。無論是其中哪一個(gè)，均有眾多的科研者對(duì)其進(jìn)行孜孜不斷的探索與追求。老實(shí)說，這世上原本沒有套路，只不過做的人多了，套路也就應(yīng)運(yùn)而生了。而lncRNA紅火了這么些年，套路也是層出不窮，但其中最為經(jīng)典的也無外乎以下幾種套路。

ceRNA（競爭性內(nèi)源RNA）

鑒于lncRNA與RNA屬于鐵桿兄弟，那么lncRNA研究首要考慮就是ceRNA。遙想當(dāng)年，多少lncRNA研究性文章憑著ceRNA的牽線搭橋，一舉成為CNS期刊的眼前紅人。顯然，有了ceRNA的保駕護(hù)航，lncRNA研究才能如履平地。

而在ceRNA這種基因表達(dá)調(diào)控模式種，lncRNA因也存在與mRNA類似的miRNAs反應(yīng)元件（MREs），可競爭性結(jié)合miRNA以達(dá)到調(diào)節(jié)mRNA水平的目的。一般當(dāng)ceRNA表達(dá)沉默時(shí)，mRNA則在miRNA介導(dǎo)的沉默復(fù)合體（RISC）作用下降解；而當(dāng)ceRNA表達(dá)激活后，可競爭結(jié)合RISC復(fù)合物，降低miRNA抑制功能，上調(diào)靶基因的表達(dá)量。

ceRNA調(diào)控基因表達(dá)的機(jī)制圖

通常可先以RNALocate數(shù)據(jù)庫預(yù)測(cè)lncRNA的胞內(nèi)定位，一旦通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證該lncRNA定居于細(xì)胞質(zhì)，那么ceRNA機(jī)制研究就是板上釘釘?shù)氖聝毫恕?/span>

強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)手，搭上DNA甲基化

ceRNA研究雖好，但現(xiàn)階段也已經(jīng)略顯疲態(tài)。因而，lncRNA研究若想自抬身價(jià)，就必須另辟蹊徑。其實(shí)，lncRNA除了能在胞漿內(nèi)大展拳腳，在細(xì)胞核內(nèi)也是鋒芒畢露。這些核內(nèi)lncRNA或混跡于染色質(zhì)上，或定位于特定的亞核區(qū)域，對(duì)染色體組織、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)起著至關(guān)重要的調(diào)控作用。

而它與DNA甲基化之間的千絲萬縷的聯(lián)系，也是近年來為科研者津津樂道的。通常lncRNA與DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMT1、3）相結(jié)合后，可將此酶定位至基因啟動(dòng)子的CpG島，并使其甲基化，進(jìn)而來影響基因的轉(zhuǎn)錄水平。

Lnc2Meth (http://www./Lnc2Meth/) 就是一個(gè)基于已有發(fā)表文獻(xiàn)結(jié)果，對(duì)其中涉及到在特定研究疾病中的lncRNA及其甲基化結(jié)果進(jìn)行了整理歸納收錄的數(shù)據(jù)庫。一般只需要輸入lncRNA或某種疾病，就可檢索到相關(guān)信息。

海納百川，轉(zhuǎn)錄因子（TF）亦可結(jié)盟

其次，lncRNA也可作為轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)子而在核內(nèi)發(fā)光發(fā)熱。此時(shí)，首先要考慮的是附近100萬bp內(nèi)的基因表達(dá)是否有影響，有則為cis-順式作用；反之，則為trans-反式調(diào)控基因，隨后可依據(jù)RNA pulldown篩選出與lncRNA結(jié)合的蛋白進(jìn)行相應(yīng)研究即可。

一言以蔽之，就是在基因表達(dá)調(diào)節(jié)作用中，lncRNA在與染色質(zhì)、轉(zhuǎn)錄因子或RBPs結(jié)合后，可以TF或RBPs的定位和/或活性調(diào)節(jié)附近或其遠(yuǎn)端多個(gè)基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)。此外，lncRNA也可調(diào)節(jié)特定通路和/或生物過程中的基因表達(dá)。

覺醒新技能，編碼小分子多肽

老實(shí)說，lncRNA和circRNA原本同屬一宗，只不過circRNA因獨(dú)特的環(huán)狀結(jié)構(gòu)以及數(shù)量龐大的基數(shù)，才獨(dú)立出來自成一派。顯然，lncRNA與circRNA的相關(guān)研究是有共通之處。既然circRNA已然跨界領(lǐng)跑蛋白編碼，那么lncRNA又豈能屈居人后呢？很快，lncRNA點(diǎn)亮了新技能，以短ORF編碼特定多肽，誓要在蛋白編碼領(lǐng)域分一杯羹。

至于lncRNA到底能不能翻譯，還得看其自身先天條件——是否具有核糖體結(jié)合位點(diǎn)，以及是否具有開放閱讀框（ORF，平均43到68 amino acids）。只有兩種條件都符合，并且翻譯的多肽在物種間具有一定保守性，那么該lncRNA才算是有了翻譯的本錢。

而在確定lncRNA具備了翻譯基本條件后，仍需要通過實(shí)驗(yàn)對(duì)其進(jìn)行驗(yàn)證。比如體外ORF活性鑒定、細(xì)胞內(nèi)多肽鑒定以及對(duì)lncRNA ORF突變后細(xì)胞生物表型的檢測(cè)等等，均可為lncRNA的多肽翻譯功能提供一種客觀證據(jù)。

綜上，憑借這4種套路，各位小伙伴就可任意馳騁lncRNA領(lǐng)域里的一階文獻(xiàn)?？墒怯袝r(shí)即便套路在手，科研新手們?cè)谶M(jìn)行l(wèi)ncRNA研究時(shí)仍是回首四顧心茫然，不知身向何處行。究其原因，就是因?yàn)榕clncRNA見面不相識(shí)、相遇兩不知，而使得他們?cè)趌ncRNA研究之初就愣生生地被卡在了科研門外。

那么如若不想與心怡的lncRNA分子失之交臂，就需要先選擇NCBI-Gene、Ensembl、NONCODE或LNCipedia這四大數(shù)據(jù)庫之一，對(duì)lncRNA的序列大小、染色體定位、其表達(dá)的時(shí)間/組織特異性等信息進(jìn)行分析，盡量做到知根知底。

而為了讓大家對(duì)lncRNA的所有信息一覽無遺，解螺旋針對(duì)lncRNA數(shù)據(jù)庫使用的痛點(diǎn)，貼心推出單元課07【LncRNA信息檢索數(shù)據(jù)庫教程】，以精美的PDF圖文教程讓大家實(shí)打?qū)嵉膹牧慊A(chǔ)快速進(jìn)化到“玩的溜”。

雖然通過以上數(shù)據(jù)庫已將lncRNA之劍打磨的萬分鋒利，但若是不能將其應(yīng)用于疾病中，那也相當(dāng)于英雄無用武之地，只能使寶劍蒙塵。而LncRNADisease數(shù)據(jù)庫卻能提升lncRNA在醫(yī)學(xué)研究中的實(shí)用性，為利用lncRNA解讀疾病的發(fā)生發(fā)展添油加火。

因此，本次解螺旋單元課新添了課程彩蛋，根據(jù)lncRNAdisease數(shù)據(jù)庫三大應(yīng)用以及注釋分析，來判斷差異表達(dá)的lncRNA相關(guān)疾病和相互作用分子，助力大家快速鎖定核心lncRNA。

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