京杭大運(yùn)河的輝煌是在明清時(shí)期。明代每年經(jīng)運(yùn)河北上的漕糧有400萬(wàn)石，漕軍12萬(wàn)人。明代承元之制，明太祖朱元璋設(shè)漕運(yùn)使。為了加強(qiáng)漕運(yùn)管理，又以武職重臣執(zhí)掌漕運(yùn)及相關(guān)事務(wù)。

在中央，初置京畿都漕運(yùn)司，以漕運(yùn)使主之。后廢漕運(yùn)使，置漕運(yùn)府總兵官。景泰二年（1451年）始設(shè)漕運(yùn)總督，與總兵官同理漕政。漕府領(lǐng)衛(wèi)軍十二總共十二萬(wàn)七千六百人，運(yùn)船一萬(wàn)一千七百只，另遮洋總（海軍）七千人，海船三百五十只，專職漕糧運(yùn)輸，稱為運(yùn)軍。

在地方，以府佐、院道和科道官吏及縣總書等掌管本地漕事。中央戶部和漕府派出專門官員主持各地軍、民糧船的監(jiān)兌和押運(yùn)事宜。州縣以下由糧長(zhǎng)負(fù)責(zé)征收和解運(yùn)。糧長(zhǎng)下設(shè)解戶和運(yùn)夫，專供運(yùn)役。

明代經(jīng)歷了由海運(yùn)改為漕運(yùn)的過(guò)程。起初，朱元璋定都南京時(shí)，以海運(yùn)為主。明成祖朱棣定都北京、重開會(huì)通河以后，依托京杭大運(yùn)河，將有元一代的海運(yùn)改為漕運(yùn)?！白猿勺孢w燕，道里遼遠(yuǎn)，法凡三變。初支運(yùn)、次兌運(yùn)、支運(yùn)相參，至支運(yùn)悉變?yōu)殚L(zhǎng)運(yùn)而定制”。

所謂支運(yùn)，是指在京杭大運(yùn)河的沿線設(shè)淮、徐、臨清、德州等倉(cāng)。各地將漕糧就近運(yùn)交糧倉(cāng)，然后由官軍分段運(yùn)送。當(dāng)是時(shí)，由淮安至徐州，徐州至德州，德州至通州，節(jié)節(jié)運(yùn)送，每年四次，一年運(yùn)糧三百余萬(wàn)石。

所謂兌運(yùn)，是指江南百姓運(yùn)糧入倉(cāng)。往返時(shí)間約需一年，因?yàn)榇嬖谡`農(nóng)誤時(shí)等原因，遂于宣德六年（1431年）規(guī)定各地百姓將糧運(yùn)至淮安、瓜州等地，兌于衛(wèi)所官軍，然后由官軍押糧入京（按，有不愿兌者，可任其自運(yùn)）。

所謂長(zhǎng)運(yùn)，是指成化七年（1471年），朝廷令淮、徐、臨清、德州四倉(cāng)實(shí)行支運(yùn)的漕糧全部改為在碼頭就近交兌，然后，轉(zhuǎn)交官軍專門運(yùn)輸。從此，長(zhǎng)運(yùn)成為定制。經(jīng)此，明代的漕運(yùn)遂成定制。

漕運(yùn)支撐了國(guó)家財(cái)政收入半壁江山?！熬煾局氐?，官兵軍役，咸仰給予東南數(shù)百萬(wàn)之漕運(yùn)”，京城的文武百官、王公貴族、旗官兵及其家屬，構(gòu)成龐大的消費(fèi)集團(tuán)。

“京師控天下，上游朝祭之需、官之祿、主之廩、兵之餉，咸于漕平取給。”漕運(yùn)在清政府財(cái)政收入上占有重要地位，當(dāng)時(shí)，清政府一年的財(cái)政收入是7000萬(wàn)兩白銀，漕運(yùn)實(shí)現(xiàn)其財(cái)政收入的三分之二?！颁罴Z為軍國(guó)重務(wù)，白糧系天庾玉?！?。故清代耗費(fèi)巨大人力、物力和財(cái)力，用于運(yùn)河河道的治理和沿線漕運(yùn)的管理。

漕運(yùn)最高長(zhǎng)官為漕運(yùn)總督，駐淮安。下轄各省糧道及押運(yùn)、領(lǐng)運(yùn)諸官。為確保漕運(yùn)無(wú)誤，于淮安、濟(jì)寧、天津、通州運(yùn)河沿線設(shè)置巡漕御史，稽察本段漕運(yùn)。此外，淮安淮北沿河置有鎮(zhèn)道將領(lǐng)，以催促入境漕船前行；在鎮(zhèn)江與瓜州的南漕樞紐處，由鎮(zhèn)江道催促，同時(shí)由總兵官（后改為副將）巡視河岸，協(xié)同督促漕船過(guò)江。清代統(tǒng)治者對(duì)漕運(yùn)和運(yùn)河河道的治理非常重視，如康熙親自在淮安的碼頭鎮(zhèn)玉壩村擔(dān)土采石。為了保證漕運(yùn)的安全，清政府每年要撥1000萬(wàn)兩白銀用于治理河道淤塞。

唐宋以來(lái)，隨著經(jīng)濟(jì)重心的不斷南移，漕運(yùn)愈發(fā)顯得重要，明清時(shí)期漕運(yùn)更是成為封建王朝重要的生命線，運(yùn)河作為漕運(yùn)的載體，京杭大運(yùn)河的重要性不言而喻。