本文為宏基因組對本系列教程的導(dǎo)讀和介紹，方便大家收藏和查閱自己需求的內(nèi)容。文中藍(lán)字均為鏈接可閱讀詳細(xì)教程。 作者序：很多讀者想學(xué)習(xí)生物信息分析，而生物信息分析是一項實踐性很強(qiáng)的工作，因此我們推出《生物信息分析平臺搭建》系列，手把手教你搭建屬于自己的生物信息分析系統(tǒng)，為了便于練習(xí)，我們將在虛擬機(jī)中進(jìn)行練習(xí)，當(dāng)熟練之后，在逐步上手實體機(jī)或云服務(wù)器。 01. VirutalBox安裝VirtualBox是目前免費(fèi)虛擬機(jī)中最好用的軟件，兼容性好、穩(wěn)定、定期更新。是生信入門、無服務(wù)器還要數(shù)據(jù)分析的朋友居家必備軟件。點(diǎn)擊標(biāo)題藍(lán)字閱讀原文，查立閱此軟件下載、安裝的詳細(xì)圖文教程。 02. 安裝Linux系統(tǒng)在VirtualBox軟件中，在Ubuntu為例，從加載系統(tǒng)光盤鏡像，到完成安裝進(jìn)入圖形桌面，13步帶你進(jìn)入真正的Linux世界。 03. 系統(tǒng)設(shè)置主要內(nèi)容包括重置root賬號密碼(先拿下管理員權(quán)限)、網(wǎng)絡(luò)設(shè)置、系統(tǒng)設(shè)置、鎖屏?xí)r間、語言選擇、系統(tǒng)與軟件更新等常用操作。 04. 共享文件夾系統(tǒng)配置好，如何訪問電腦里的文件，開始學(xué)習(xí)使用和分析數(shù)據(jù)，設(shè)置共享目錄難住了很多人，這里有詳細(xì)的圖文教程。 05. 個性化設(shè)置Terminal下調(diào)試命令和代碼，文本編輯神器Vim的安裝和配置不可少；加速軟件下載，修改軟件源為國內(nèi)鏡像；配置環(huán)境變量、命令縮寫等才是有B格的攻城獅。 06. 系統(tǒng)配置主要內(nèi)容配置遠(yuǎn)程登陸openssh、java、python和Perl模塊、R語言、常用生信軟件等?？擅钚?，也可圖形界面。 07. biocondabioconda來源于conda，conda是一個軟件模塊管理工具，也是一個可執(zhí)行命令，其核心功能是包管理與環(huán)境管理，可以用來管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C , FORTRAN等語言的模塊。在python中使用比較多，有點(diǎn)類似于pip工具。有了它讓你輕松解決各軟件依賴不同版本包的問題。 08. 利用Synaptic安裝生物軟件Ubuntu里也有圖形界面、鼠標(biāo)點(diǎn)選的軟件安裝方式，不喜歡敲代碼的朋友不要錯過(反正我是不用)。 09. Aspera隨著測序數(shù)據(jù)的大量產(chǎn)出，數(shù)據(jù)傳輸成為行業(yè)發(fā)展瓶頸。不過“車到山前必有路”，Asprea是一種高效的數(shù)據(jù)傳輸解決方案，可以快速在網(wǎng)絡(luò)間傳輸數(shù)據(jù)，速度超屬你的想象(可能比較占用網(wǎng)絡(luò)資源，我們單位用不了)。 10. Rstudio-serverRstudio是我最喜歡使用開發(fā)環(huán)境，支持Shell、R、Markdown等多種語言。如果有服務(wù)器，安裝Rstudio-server軟件，大家一起用；本地只要能上網(wǎng)，就可以輕松用服務(wù)器工作了，非常方便。 11. 制作安裝盤
如果不使用虛擬機(jī)，而是直接將Linux安裝到實體機(jī)上，就需要一個啟動盤，優(yōu)盤是最方便的，不過目前流行的方式是下載系統(tǒng)的ISO文件，然后制作U盤啟動。這里我們利用UltralISO這款工具制作，制作Ubuntu啟動盤，同理，windows系統(tǒng)，CentOS系統(tǒng)都是同樣的步奏。 12. 添加磁盤
當(dāng)存儲用滿之后，需要添加新的磁盤，這里我們利用虛擬機(jī)演示如何添加一塊磁盤，實體機(jī)中類似的操作。新添加一塊磁盤之后，并不能馬上使用，還需要分區(qū)與格式化為固定文件系統(tǒng)才能使用。 13. 安裝GNOME桌面
服務(wù)器牌默認(rèn)是不安裝桌面的，需要手動安裝。如果不喜歡Ubuntu 17.10之前的Unity桌面，其實可以自己安裝新的桌面。比如GNOME桌面，KDE桌面等，如果后面比較熟悉命令行了，其實不需要桌面環(huán)境也行，這樣可以節(jié)約計算資源。 14. 用戶管理
服務(wù)器與普通PC一個最大的特點(diǎn)就是，PC是個人電腦，而服務(wù)器對外服務(wù)，因此，服務(wù)器支持多賬戶多任務(wù)。也就是同一時間可以多個賬戶同時登陸，同時使用系統(tǒng)。這就需要嚴(yán)格的用戶管理機(jī)制。 主要內(nèi)容有添加用戶、創(chuàng)建組、修改密碼，修改組信息，設(shè)置工作目錄、鎖定和刪除賬號。 15. RAID
經(jīng)常有人問我自己的個人電腦是否能用來分析，有些配置已經(jīng)很高，內(nèi)存可以達(dá)到16G。其實服務(wù)器并不是一個配置更好的個人電腦，它與普通電腦之間有很多差別，其中最大的一點(diǎn)不同我想應(yīng)該是服務(wù)器使用RAID。 16. CentOS
如果不喜歡Ubuntu，也可以選擇使用CentOS，這是目前比較流行的另一個Linux版本。當(dāng)然不差錢的企業(yè)可以選擇更優(yōu)秀的Reahat或者SUSE Linux等，喜歡折騰的還可以選擇Linux mint發(fā)行版，或者國產(chǎn)比較優(yōu)秀的Deepin Linux。其實，爭論哪個版本更優(yōu)秀沒有意義，別糾結(jié)，你的技能好壞與使用哪個版本關(guān)系不大，通常來說CentOS更適合服務(wù)器使用，作為個人電腦來使用，還是Ubuntu更好些。 17. 服務(wù)器配置
熟悉完虛擬機(jī)配置服務(wù)器之后，就可以嘗試上手搭建實體服務(wù)器了，如果要選購服務(wù)器，應(yīng)該考慮哪些因素呢？如果不差錢，那就好辦了，直接選最貴的就好了。在預(yù)算有限的條件下。CPU，內(nèi)存，硬盤如何取舍，達(dá)到最佳性能，是否需要購買UPS，顯卡是否有必要？這些問題，我們一文解決這些疑問。 18. 如何選購服務(wù)器
確定好服務(wù)器配置之后，還有很多事情需要選擇，包括購買哪種類型的服務(wù)器，自己DIY，塔式服務(wù)器，機(jī)架式服務(wù)器，計算集群還是云服務(wù)器等，那么眾多的選擇中哪款才是適合自己的呢，這里我們一一道來。 19. 安裝Galaxy
如果不喜歡命令行，可以提供一個圖形化的數(shù)據(jù)分析界面，Galaxy就是這樣一個生物信息分析的圖形化框架，可以進(jìn)行個性化設(shè)置，安裝到服務(wù)器端對外提供服務(wù)。 20. 常見問題
本文主要內(nèi)容包括上面教程中有人會因為各種原因，出現(xiàn)非預(yù)期的問題，這里統(tǒng)一答疑。如virtual安裝失敗、共享不成功、桌面無法安裝、缺少依賴失敗、命令不存在以及常見解決思路。 手把手教你生物信息分析平臺搭建系列專欄到這里就全部結(jié)束了，可能一次很難照著文章完成所有的操作，這很正常，需要多操作幾次。由于每個人的情況都不同，可能會出現(xiàn)各種各樣的問題，不過不要害怕，每解決一個問題，技能就提升一步。 |
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