CGP與NSCLC 真實(shí)世界大數(shù)據(jù)

摘要號2514 構(gòu)建和驗(yàn)證一個真實(shí)世界的NSCLC臨床基因數(shù)據(jù)庫，收集患者的臨床特征，治療，基因測序和預(yù)后信息

在臨床腫瘤領(lǐng)域，基因檢測有診斷，預(yù)后和預(yù)測價值。僅依靠臨床試驗(yàn)，登記系統(tǒng)和審查機(jī)構(gòu)的數(shù)據(jù)來進(jìn)行人群研究是不夠的，不僅成本高，且僅代表小眾群體。如果能整合電子病歷記錄（EHR）和在臨床實(shí)踐中收集到的患者基因數(shù)據(jù)，有可能克服這些障礙。納入Flatiron健康數(shù)據(jù)庫中診斷為NSCLC，且進(jìn)行了CGP（FMI）檢測的患者。EHR的處理過程包括整合結(jié)構(gòu)化的數(shù)據(jù)，并從非結(jié)構(gòu)化的文檔中提取重要信息。HER和CGP數(shù)據(jù)經(jīng)過反識別處理，并與HIPAA兼容過程鏈接。收集的數(shù)據(jù)包括臨床特征，>300個基因的變異狀態(tài)，腫瘤突變符合（TMB），治療及其相關(guān)的真實(shí)世界反應(yīng)，進(jìn)展和總生存。這一NSCLC隊(duì)列（n=1619）的臨床特征和基因特征與既往報道一致：中位年齡66歲，75%的患者有吸煙史，80%為非鱗癌，EGFR，ALK和ROS的變異率分別為18%，4%和1%。有驅(qū)動基因（EGFR, ALK, ROS1, MET, BRAF, RET, or ERBB2; n = 576）的患者多見于年輕，女性，非吸煙者，且患者的預(yù)后更好（35 vs 19m，LR p<0.0001）；接受NCCN指南推薦方案治療的患者，OS更長（42 vs 28m，LR p=0.001）。在僅接受EGFR，ALK，ROS1單個基因檢測的患者，再行CGP發(fā)現(xiàn)有高達(dá)30%的患者為假陰性。CGP的準(zhǔn)確性得到后續(xù)臨床療效的支持。例如，5例之前接受ALK檢測陰性的患者，在CGP檢測到ALK陽性后，接受ALK抑制劑治療，HER記錄中，患者至少都取得了PR的療效。22%（n=353）的患者接受了免疫治療。TMB可以預(yù)測nivolumab的療效，包括PD-L1陰性的患者。本研究中，通路整合基因數(shù)據(jù)庫和EHR臨床信息，我們展現(xiàn)和確立了一種新型的，快速產(chǎn)生大型，研究級的，縱向的臨床基因數(shù)據(jù)庫。這一方法為我們理解腫瘤基因組學(xué)和促進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。

摘要號e20627 臨床實(shí)踐中采用FMI CGP或者其他基于NGS的產(chǎn)品進(jìn)行分子檢測的肺癌患者臨床特征分析

隨著二代測序技術(shù)的發(fā)展和數(shù)據(jù)分析的成熟，在常規(guī)臨床實(shí)踐中，相關(guān)檢測如FMI開發(fā)的CGP已經(jīng)在晚期肺癌的全面分子診斷中扮演重要角色，為肺癌患者的最佳治療模式提供重要依據(jù)。本研究的目的在于使用真實(shí)世界的電子病例記錄（EHR）數(shù)據(jù)庫，對比接受FMI和其他類型分子診斷的晚期NSCLC患者特征。Flatiron平臺收錄了美國大型癌癥診所中每個患者的EHR。患者的納入標(biāo)準(zhǔn)為：晚期NSCLC，從2011年1月1日開始，在Flatiron聯(lián)網(wǎng)的癌癥診所中有≥2次門診記錄。分子診斷基于5個肺癌生物標(biāo)志物：EGFR，ALK，KRAS，ROS1，PD-L1。根據(jù)患者接受分子診斷的方式分為3種：FMI，其他NGS和非NGS；分別記錄患者在診斷為晚期NSCLC時的人口學(xué)和腫瘤特征以及治療史。截至2016年9月30日，晚期NSCLC隊(duì)列中納入了30,489例患者，分為4組：FMI（n=1019），其他NGS（n=1327），非NGS（n=15205），沒有檢測（n=12938）。與預(yù)期一致，近年來接受FMI或其他NGS檢測的患者數(shù)目持續(xù)增長。相比于其他分子檢測組，F(xiàn)MI組的患者更為年輕（66 vs 68-69歲），多為非吸煙人群（25% vs. 17-19%），鱗癌居多（13% vs. 8-10%）。接受FMI檢測的患者，30%為初治患者，而接受其他NGS和非NGS檢測的初治患者比例分別為38%和53%。在接受FMI檢測的1019例患者中，565例有FMI檢測后的第一次治療信息，24%（136例患者）接受了NCCN推薦的靶向治療。FMI組患者中，528例（52%）接受了至少1次其他類型的分子檢測：EGFR（89%），ALK （83%），ROS1（39%），KRAS（31%）， PD-L1（18%）；檢測的類型為67%FISH，55%PCR，17%其他NGS，15%IHC。與接受其他分子檢測的患者相比，F(xiàn)MI組患者的年齡，吸煙史，病理類型不同。這一分析基于大型真實(shí)世界的患者隊(duì)列，分析接受FMI患者的特征，研究支持后續(xù)繼續(xù)采用FMI開發(fā)的全面分子檢測去發(fā)現(xiàn)少見驅(qū)動基因并接受最佳治療。

摘要號6599  CGP vs 傳統(tǒng)分子診斷用于晚期NSCLC基因檢測的成本性價比

目前用于NSCLC的分子診斷方式包括單基因檢測，少量基因套餐和CGP（檢測所有類型的基因變異—堿基替換，拷貝數(shù)變化，插入／缺失和重排）。指南推薦應(yīng)全面探尋NSCLC的分子特征，使其能有機(jī)會接受現(xiàn)有的靶向治療或參加新藥的臨床研究。本研究旨在探尋對比傳統(tǒng)分子診斷，采用CGP用于晚期NSCLC分子檢測帶來的獲益和增加的成本。研究采用決策分析模型，評估CGP（FMI研發(fā)）應(yīng)用比例的增加，對比傳統(tǒng)分子檢測對患者OS和美國商業(yè)健康計劃預(yù)算的影響。預(yù)估患者OS延長1年，需要進(jìn)行CGP檢測的患者人數(shù)。模型的參數(shù)均來自目前已經(jīng)發(fā)表的研究數(shù)據(jù)和真實(shí)世界數(shù)據(jù)。每200萬人口中，估計532人會罹患晚期NSCLC，266人接受分子檢測。CGP的應(yīng)用比例從2%增加到10%（ 21接受CGP），人群的OS可延長2年，每人每月（PMPM）的財政預(yù)算增加$0.018。增加的財政負(fù)擔(dān)主要來源于治療藥物的變化，治療時間的延長，生存的延長（累積$0.013PMPM），其余為CGP檢測費(fèi)用（$0.005PMPM）。對比傳統(tǒng)分子診斷，預(yù)估患者OS延長1年，大約需要11人進(jìn)行CGP檢測。本研究提示，對比傳統(tǒng)分子診斷，增加CGP檢測晚期NSCLC，可以延長患者的OS，且因此增加的財政預(yù)算較少，增加的支出主要來源于有效治療藥物的費(fèi)用和患者生存的延長。

CGP探尋少見肺癌的分子治療靶點(diǎn)

摘要號11595 ALK融合可見于非NSCLC外的多種其他類型腫瘤中，且對ALK抑制劑治療有效

ALK基因融合是NSCLC的驅(qū)動基因，但其在除NSCLC以外的其他瘤種中的特征目前知之甚少。采用CGP檢測了92784例臨床晚期的惡性腫瘤，平均測序深度>600X。TMB根據(jù)最少1.1Mb的測序DNA計算。92784例患者中，17127（18.5%）為NSCLC，75657（81.5%）為非-NSCLC。697例（0.8%）患者檢測到ALK融合，其中554例（79%）為NSCLC，143例（21%）為除-NSCLC以外的其他67種腫瘤：39例肉瘤（包括30例非-子宮和子宮平滑肌肉瘤，炎性肌纖維母細(xì)胞瘤）；24例血液淋巴系統(tǒng)惡性腫瘤（包括非霍奇金淋巴瘤，骨髓瘤，組織細(xì)胞性惡性腫瘤）；3例神經(jīng)膠質(zhì)瘤；2例間皮瘤；2例成神經(jīng)細(xì)胞瘤；2例未分化惡性腫瘤；1例黑色素瘤。NSCLC中（3.2%），ALK融合的發(fā)生率顯著高于非-NSCLC（P<0.0001）。相比于NSCLC中ALK陽性的患者，非-NSCLC中，ALK陽性的患者年齡更大（P<0.0001），女性更多見（P<0.0001）。與ALK融合配體中，NSCLC肺癌EML4更常見，占84%，而非-NSCLC中，EML4僅占31%（P<0.0001）。在非NSCLC中，較ALK陰性患者，ALK融合陽性患者的TMB顯著更低（平均5.01 mutations/Mb，P=0.006）。會上還同時報道了ALK陽性的非NSCLC接受ALK抑制劑治療的療效。在非-NSCLC中，ALK融合罕見，中上皮性和間充質(zhì)性惡性腫瘤中都可見。初步的臨床支持，ALK抑制劑用于ALK融合的非NSCLC中同樣有效。

摘要號9072 發(fā)現(xiàn)晚期非小細(xì)胞肺癌新的治療靶點(diǎn)--BRAF融合

除突變外，BRAF基因還可發(fā)生斷裂重排，形成新的融合基因。BRAF融合的發(fā)生率低于BRAF V600突變。目前，BRAF融合是Spitzoid型黑色素瘤和其他實(shí)體瘤的新興治療靶點(diǎn)。在NSCLC中，BRAF的融合發(fā)生率較低，小樣本量的研究提示其發(fā)生率約為1-2%。 研究采用全面基因組測序（CGP）檢測了17,128例NSCLC腫瘤標(biāo)本。在42例（0.2%）NSCLC患者中檢測到BRAF融合。檢測患者的中位年齡為67歲（范圍：44-93歲）。在BRAF陽性的患者中，55%為女性。檢測腫瘤標(biāo)本，48%為原發(fā)灶，52%為轉(zhuǎn)移灶。最常見的融合配體為AGK，DOCK4和TRIM24。同時發(fā)現(xiàn)了大量新的BRAF融合基因型。與BRAF融合基因共存的常見驅(qū)動基因有TP53（67%），CDKN2A（31%），EGFR（29%）和CDKN2B（26%）。在BRAF融合隊(duì)列中，3例（3/42，7%）患者的腫瘤突變負(fù)荷（TMB）>20 mut/Mb，但總體的TMB較低（中位數(shù)為3.8 mut/Mb）。在BRAF融合驅(qū)動的NSCLC患者中，10例（24%）患者同時檢測到EGFR短片段的變異。其中2例患者同時有BRAF融合和EGFR 19del和T790M突變。會議上同時還報道了BRAF融合型NSCLC患者，接受BRAF和MEK抑制劑治療后，療效顯著。這一研究結(jié)果提示，BRAF融合在NSCLC的發(fā)生率較低，可能與EGFR突變型患者接受EGFR-TKI治療的獲得性耐藥有關(guān)。基于研究中的病例報道結(jié)果，有必要進(jìn)行進(jìn)一步的前瞻性研究，進(jìn)一步驗(yàn)證MEK抑制劑用于這類患者的療效。這一研究提示BRAF融合有望成為NSCLC新的治療靶點(diǎn)，為NSCLC的個體化治療再添新武器。

摘要號11621 肺大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌中的BRAF突變分析

肺大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌（L-LCNEC）雖然屬于NSCLC，但其腫瘤方案同SCLC。本研究中我們關(guān)注L-LCNEC中BRAF突變。采用CGP檢測300例組織確診為L-LCNEC。腫瘤組織標(biāo)本來自肺的原發(fā)灶或轉(zhuǎn)移灶。在13例患者中檢測到14個獨(dú)特的BRAF變異（擴(kuò)增或突變），匯總見下表1。其中 1例69歲的L-LCNEC患者，對依托泊苷順鉑耐藥，檢測到BRAF 非-V600E突變（G469R），接受了BRAF抑制劑治療后，療效顯著，且患者外周血ctDNA突變監(jiān)測也進(jìn)一步驗(yàn)證了患者的療效（外周血克隆堿基突變頻率從基線時接近50%，治療后檢測不到），這一患者驗(yàn)證了驅(qū)動基因靶向治療的重要性。雖然L-LCNEC是一類罕見腫瘤，但其也可能存在活化突變，可以接受靶向治療。這一研究提示了對這類患者進(jìn)行CGP的重要性。

表1. BRAF突變類型和特征

摘要號8517  CGP檢測對比肺大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌（L-LCNEC）和SCLC的基因變異和TMB（CGP）

SCLC和L-LCNEC都是侵襲性很強(qiáng)的腫瘤，與吸煙史有關(guān)，兩者在臨床，組織學(xué)和基因特征上有重疊。我們在1187例患者中比較了兩者基因?qū)W上的相似性。采用CGP檢測了300例L-LCNEC和887例SCLC。兩者中都可見的常見變異基因包括TP53，RB1，MYC/MYCL1，MLL2，LRP1B和PTEN；突變頻率有一些差異（見表2）。在兩種腫瘤中，RB1突變與TP53突變顯著共存（p<0.001），但與STK11和CDKN2A互斥（p<0.001）。在L-LCNEC中，RB1與KRAS突變互斥，但SCLC中，兩者不互相排斥。SCLC和L-LCNEC中TMB的四分位間距分別位7.9和12.6，75%百分位分別位14.4和17.1。會議上還報道了兩種腫瘤中分別接受相應(yīng)靶向藥物和免疫治療（尤其是TMB高的患者）的療效變化?？紤]到L-LCNEC獨(dú)特的基因突變譜和臨床特征，可根據(jù)其基因特征進(jìn)一步分為SCLC樣（TP53／RB1突變）和NSCLC-樣（兩者或任意基因?yàn)橐吧停?。與NSCLC和黑色素瘤類似，僅TMB高的患者可能從免疫治療中獲益。

表2. L-LCNEC和SCLC的基因突變頻率

CGP檢測在臨床的應(yīng)用

摘要號9010  ALK陽性NSCLC患者中，EML4-ALK不同變體（V3 vs非V3）的耐藥突變比較 

ALK重排是NSCLC的重要驅(qū)動基因。目前的研究提示EML4-ALK的不同變體接受ALK抑制劑治療的PFS存在差異。研究采用FMI開發(fā)的CGP檢測了臨床實(shí)踐中收集的634例ALK NSCLC的組織標(biāo)本。共704個腫瘤標(biāo)本，其中676個為組織標(biāo)本，28個外周血標(biāo)本。634例ALK 患者的變體類型如下：EML4-ALK v1 (E13; A20) 200例 (32%)，EML4-ALK v2 (E20; A20) 50例 (8%), EML4-ALK v3 (E6; A20) 204例(32%)，其他EML4-ALK 變體78例(12%)，非EML4-ALK 重排102例 (16%)。盡管這一數(shù)據(jù)集中，EML4-ALK v1和v3的比例相當(dāng)，相比于v1，檢測到已知ALK耐藥突變的患者（n=40）與v3顯著相關(guān)(P < 0.0002)。相比于v1，G1202R突變與EML4-ALK v3顯著相關(guān)(P < 0.002)；與其他非v3相比，亦有統(tǒng)計學(xué)差異（P=0.02）。不同變體的耐藥突變總結(jié)如下表3?；颊呖傮w的TMB較低（中位數(shù)，v1: 1.8，v3: 2.5，非-v3: 1.8 mutations/Mb），盡管3組直接也有統(tǒng)計學(xué)意義（v1 vs v3，p=0.0008；v3 vs 非-v3，p=0.003），但這一差異可能沒有臨床意義。對有治療前后腫瘤組織的患者，不僅檢測了ALK融合變體，還檢測了非ALK機(jī)制的獲得性耐藥機(jī)制，如在1例ALK靶向治療進(jìn)展后的患者中檢測到MET激酶區(qū)的擴(kuò)增。這一研究提示，采用NGS檢測腫瘤組織或外周血標(biāo)本，不僅可以檢測ALK融合配體，增加我們對ALK NSCLC分子生物的了解，還能發(fā)現(xiàn)潛在的耐藥機(jī)制，從而指導(dǎo)后續(xù)ALK抑制劑的選擇。

表3. 不同變體中耐藥突變的發(fā)生率

#8例患者有≥2個耐藥突變；v：變體。

摘要號9025 采用多基因檢測試劑盒探尋晚期NSCLC ctDNA的突變譜

目前，組織活檢仍是晚期NSCLC基因檢測的金標(biāo)準(zhǔn)，ctDNA檢測可以作為補(bǔ)充。研究采用FMI開發(fā)的液體活檢多基因檢測套餐（可檢測62個基因）連續(xù)檢測了1019例NSCLC患者的ctDNA。每個檢測樣本均采用最大體細(xì)胞等位基因突變豐度（MSAF）估計外周血是否有ctDNA的片段。入組患者的中位年齡69歲（范圍8-94）；54%為女性。組織學(xué)類型包括：腺癌（n=720），NSCLC-未定型（NSCLC NOS；n=179），鱗癌（n=57），LC NOS（n=51），大細(xì)胞癌（n=6），肉瘤樣癌（n=6）?？?cè)巳褐?，檢測到≥1個基因變異（GA）的患者占71%；MSAF>0的患者中，83%的患者有≥1個GA。共22例患者有配對組織和血漿樣本，要求兩種標(biāo)本的采集時間相差不到1個月，且血漿標(biāo)本中ctDNA的MSAF>0：在組織標(biāo)本中共檢測到64個GA，其中33個（52%）在ctDNA中也同時檢測到。在55例組織標(biāo)本無法進(jìn)行基因檢測的患者中，采用ctDNA檢測，有43例（78%）患者檢測到≥1個GA。在856例MSAF>0的患者中，平均每個樣本有1.8個GA。最常見的GA包括：TP53（57%），EGFR（23%）和KRAS（17%）。與基于組織檢測的FMI基因數(shù)據(jù)庫（n=19264）比較，多數(shù)基因的變異豐度相似，KRAS（組織突變豐度更高 27% vs 17%，P<0.0001）和T790M（ctDNA突變率更高7% vs 2%，P<0.0001）例外。這提示靶向耐藥后液體活檢可能更優(yōu)。5%（39/856）的患者中檢測到激酶融合（ALK，ROS1，RET，F(xiàn)GFR3，PDGFRA）。在ctDNA中還檢測到多種獲得性耐藥突變，且發(fā)現(xiàn)了一些新的耐藥機(jī)制：如克唑替尼耐藥后的ctDNA中發(fā)現(xiàn)MET Y1230C和EGFR擴(kuò)增，EGFR抑制劑耐藥患者中，檢測到FGFR3-TACC3融合，奧希替尼耐藥后檢測到多個EGFR 獲得性耐藥突變。這一研究顯示，采用經(jīng)過確認(rèn)的捕獲方法發(fā)現(xiàn)84%的外周血標(biāo)本中存在ctDNA。提示在部分NSCLC中，可以采用液體活檢補(bǔ)充組織活檢，指導(dǎo)臨床治療。

總結(jié)

上述匯總了2017年ASCO會議上，肺癌基因測序研究的進(jìn)展。二代測序已經(jīng)逐步從科研走上臨床。采用FMI開發(fā)的CGP進(jìn)行大規(guī)模的肺癌樣本測序，不僅可以構(gòu)建真實(shí)世界的臨床基因數(shù)據(jù)庫，為后續(xù)研究特供重要依據(jù)；而且CGP在臨床的應(yīng)用還可以挖掘新的治療靶點(diǎn)，讓更多患者有機(jī)會接受靶向治療，最終延長患者的總生存。此外，對于少見類型的肺癌，目前有效的治療方案較少，患者預(yù)后差。對這類患者進(jìn)行CGP檢測，可以發(fā)現(xiàn)有意義的基因變異，還能檢測TMB，探索免疫治療的可能。另外，CGP在組織中和ctDNA中都可以探索新的耐藥機(jī)制，液體活檢補(bǔ)充組織檢測，為臨床提供有價值的信息。

專家點(diǎn)評

非小細(xì)胞肺癌的治療是腫瘤精準(zhǔn)治療的典范，這得益于我們對NSCLC基因特征的認(rèn)識。除EGFR，ALK，ROS1等常見治療靶點(diǎn)外，NSCLC新的驅(qū)動基因發(fā)生頻率均較低（<2%），如RET融合，BRAF突變等。靶向治療時代，使得驅(qū)動基因陽性晚期NSCLC的中位總生存從過去的10個月延長到39個月。當(dāng)下，我們該如何進(jìn)一步優(yōu)化肺癌的治療呢？第一，靶向治療的優(yōu)化：明確靶向耐藥機(jī)制，開發(fā)新一代的抑制劑克服耐藥；第二，治療靶點(diǎn)的拓展：探尋新的更多的治療靶點(diǎn)，讓更多的患者有機(jī)會接受靶向治療；第三，免疫治療的合理應(yīng)用：發(fā)掘免疫治療的真正優(yōu)勢人群，如TMB高的患者。以上種種均離不開基因檢測。全面基因組測序（CGP）是可能在未來發(fā)揮一定作用。同時，優(yōu)化現(xiàn)有的測序技術(shù)，探尋更多可以替代組織的生物材料，如血漿，尿液等，讓更多患者有機(jī)會進(jìn)行測序。上述的研究探索，為未來指明了研究方向：如真實(shí)世界臨床基因數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，可以實(shí)現(xiàn)臨床特征和基因特征有效的聯(lián)結(jié)，提高測序和基因分析的效率；對少見類型肺癌的基因組學(xué)研究，探尋新的治療靶點(diǎn)，顛覆傳統(tǒng)治療；耐藥后的再檢測指導(dǎo)后續(xù)用藥；ctDNA的檢測補(bǔ)充組織檢測等。