云南省境內(nèi)有大小河流600多條，主要的180多條，多為入海河流的上游。他們分屬于伊洛瓦底江、怒江、瀾滄江、金沙江、紅河和珠江六大水系，其集水面積遍于全省。

伊洛瓦底江上游在云南境內(nèi)，該水系流經(jīng)怒江、保山、德宏3個地州，大的支流有獨龍江(在省內(nèi)長80公里)、大盈江(省內(nèi)河長186.1公里)、龍江(隴川江和瑞麗江，省內(nèi)干流長332公里)，這3條支流都在滇西地區(qū)。

怒江又名潞江，經(jīng)怒江、保山、臨滄、德宏4個地州，從潞西縣入緬甸名為薩爾溫江，在云南境內(nèi)干流長547公里。

瀾滄江流經(jīng)迪慶、怒江、大理、保山、臨滄、思茅、西雙版納等地州，由勐臘縣出境入老撾后稱湄公河。瀾滄江在云南境內(nèi)干流長1170公里，主要支流有黑惠江(中游段叫漾濞江)、威遠(yuǎn)江、補遠(yuǎn)江(羅梭江)、流沙河等。

金沙江古稱麗水，以盛產(chǎn)金沙而得名。上游叫通天河;從青海玉樹縣巴塘河口至四川岷江口一段叫金沙江，全長2308公里;宜賓以下稱長江。在云南境內(nèi)長1560公里，支流有龍川江、普渡河、牛欄江和橫江等10余條。

紅河流域多紅色的沙頁巖地層，水呈紅色，故稱紅河。經(jīng)大理、楚雄、玉溪、紅河、文山、思茅地州

珠江上游是北盤江和南盤江。北盤江源于貴州。南盤江源于曲靖馬雄山，是珠江正源。流經(jīng)曲靖、玉溪、昆明、紅河、文山。

由于云南具有獨特的地形地貌，形成從多的天然湖泊，其中面積在30平方公里以上的有：滇池、洱海、撫仙湖、瀘沽湖、星云湖、榿鹿湖、呈海、異龍湖、陽宗海等9個高原湖，簡稱為云南九大高原湖泊。