根據(jù)《北洋水師章程》，北洋水師設(shè)提督一員（為丁汝昌，時(shí)年52歲），統(tǒng)領(lǐng)全軍操防，歸北洋大臣節(jié)制，駐威海衛(wèi)并設(shè)督署于劉公島上。下轄：

總兵二員，分左右翼，各統(tǒng)鐵艦，為領(lǐng)隊(duì)翼長(zhǎng)。副將以下各官，以所帶船艦之大小，職事之輕重，別其品秩?？偙韵赂鞴俅?，不建衙署。副將五員，參將四員，游擊九員，都司二十七員，守備六十員，千總六十五員，把總九十九員，經(jīng)制外委四十三員。官兵共計(jì)4000余人。

統(tǒng)轄?wèi)?zhàn)船九艘'鎮(zhèn)遠(yuǎn)'、'定遠(yuǎn)'、'致遠(yuǎn)''、'濟(jì)遠(yuǎn)''、'靖遠(yuǎn)'、'經(jīng)遠(yuǎn)'、'來(lái)遠(yuǎn)'、'超勇'、'揚(yáng)威'，炮船六艘'鎮(zhèn)中'、'鎮(zhèn)邊'、'鎮(zhèn)東'、'鎮(zhèn)西'、'鎮(zhèn)南'、'鎮(zhèn)北'，魚雷艇六艘，練船三艘'威遠(yuǎn)'、'康濟(jì)'、'敏捷'，運(yùn)船一艘'利運(yùn)'等大小艦艇40多艘，北洋兵船概聽(tīng)提督一人之令，總兵不得與提督平行。

北洋水師提督下屬各官違反軍令，由提督秉公酌擬，呈報(bào)北洋大臣核辦，輕者記過(guò)，重者降級(jí)、革職、撤任。其馀不法等事，由提督援引會(huì)典雍正元年軍規(guī)四十條，參酌行之。

北洋水師提督旗初為五色立錨旗，后改為五色團(tuán)龍旗，分一至五號(hào)，用于提督座船懸掛。