1928年,東省特別行政區(qū)將學(xué)校接收,辦學(xué)層次提高,名稱也改為“哈爾濱醫(yī)學(xué)專門學(xué)?!?。鑒于校舍狹小,學(xué)校遷至南崗原道勝銀行舊址。
(偽滿時(shí)期的哈爾濱醫(yī)科大學(xué)校址)
偽滿洲國(guó)期間,學(xué)校由日本人接管。伍連德誓不與日本人合作,辭去校長(zhǎng)職務(wù),返回北京。1938年,根據(jù)偽滿《大學(xué)令》,學(xué)校正式定名為“哈爾濱醫(yī)科大學(xué)”。1939年,哈醫(yī)大接管了俄僑辦的私立哈爾濱第一、第二齒科醫(yī)學(xué)校合并成立的哈爾濱齒科醫(yī)學(xué)院,這是哈醫(yī)大第一次擴(kuò)大,學(xué)校也因此分為兩部:四年制的醫(yī)學(xué)部和三年制的齒科醫(yī)學(xué)部。哈醫(yī)大成為當(dāng)時(shí)哈爾濱三所高等學(xué)校之一。
抗戰(zhàn)勝利后,哈醫(yī)大與來自解放區(qū)的中國(guó)醫(yī)科大學(xué)第一第二分校匯流,合并為哈爾濱醫(yī)科大學(xué),同時(shí)接收了原哈醫(yī)大和軍醫(yī)學(xué)校兩校的部分校舍、設(shè)備。而位于今道外的舊址,解放后曾先后被當(dāng)做民居、學(xué)校、幼兒園、倉庫和民居。1998年12月,被公布為市級(jí)文物保護(hù)建筑,1999年被評(píng)為省級(jí)文物保護(hù)單位?,F(xiàn)為伍連德紀(jì)念館和哈醫(yī)大一院附屬伍連德紀(jì)念醫(yī)院。