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R:Q-VALUE

 勤悅軒 2016-05-05

source("<a href="http:///biocLite.R")" target="_blank">http:///biocLite.R")

biocLite("qvalue")

library(qvalue)

data(hedenfalk)

qobj <- qvalue(hedenfalk)

summary(qobj,cut=c(0.01,0.05))

qplot(qobj)

qwrite(qobj, filename="myresults.txt")

PNAS-2003-Storey-9440-5.pdf

Bioconductor's qvalue package.pdf

qvalue.pdf

本文引用地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-452120-786447.html

FDR校正后的p-value,即q-value

用FDR錯誤控制法對p-value作多重假設(shè)檢驗(yàn)校正

FDR錯誤控制法是Benjamini于1995年提出一種方法,通過控制FDR(False Discovery Rate)來決定P值的域值. 假設(shè)你挑選了R個差異表達(dá)的基因,其中有S個是真正有差異表達(dá)的,另外有V個其實(shí)是沒有差異表達(dá)的,是假陽性的。實(shí)踐中希望錯誤比例Q=V/R平均而言不 能超過某個預(yù)先設(shè)定的值(比如0.05),在統(tǒng)計(jì)學(xué)上,這也就等價(jià)于控制FDR不能超過5%.
對所有候選基因的p值進(jìn)行從小到大排序,則若想控制fdr不能超過q,則只需找到最大的正整數(shù)i,使得 p(i)<= (i*q)/m.然后,挑選對應(yīng)p(1),p(2),...,p(i)的基因做為差異表達(dá)基因,這樣就能從統(tǒng)計(jì)學(xué)上保證fdr不超過q。 因此,F(xiàn)DR的計(jì)算公式如下:

q-value(i)=p(i)*length(p)/rank(p)

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