source("<a href="http:///biocLite.R")" target="_blank">http:///biocLite.R") biocLite("qvalue") library(qvalue) data(hedenfalk) qobj <- qvalue(hedenfalk) summary(qobj,cut=c(0.01,0.05)) qplot(qobj) qwrite(qobj, filename="myresults.txt") Bioconductor's qvalue package.pdf 本文引用地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-452120-786447.html FDR校正后的p-value,即q-value用FDR錯誤控制法對p-value作多重假設(shè)檢驗(yàn)校正FDR錯誤控制法是Benjamini于1995年提出一種方法,通過控制FDR(False Discovery Rate)來決定P值的域值. 假設(shè)你挑選了R個差異表達(dá)的基因,其中有S個是真正有差異表達(dá)的,另外有V個其實(shí)是沒有差異表達(dá)的,是假陽性的。實(shí)踐中希望錯誤比例Q=V/R平均而言不 能超過某個預(yù)先設(shè)定的值(比如0.05),在統(tǒng)計(jì)學(xué)上,這也就等價(jià)于控制FDR不能超過5%. |
|