土地增值稅清算一般有兩種計算方法，下面分別稱為甲計算法和乙計算法。這兩種方法納稅人不能任意選用，但不同的計算方法和計算口徑，給納稅人帶來的稅負卻不同。

甲計算法，指在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，先按普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產(chǎn)品等，單獨采用房開產(chǎn)品銷售收入比例或房開產(chǎn)品定額成本比例或其他合理方法，分別計算各房開產(chǎn)品的增值額與扣除項目金額，據(jù)以計算各房開產(chǎn)品應(yīng)納的土地增值稅。持甲計算法觀點的納稅人，依據(jù)是《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行計算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位進行清算。開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計算增值額。

乙計算法，指在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目（包括普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產(chǎn)品等）為單位，先統(tǒng)一核算該房地產(chǎn)開發(fā)項目的增值額與扣除項目金額。然后再按房開產(chǎn)品銷售收入比例或房開產(chǎn)品定額成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、門面房和車庫等其他房開產(chǎn)品中分配增值額與扣除項目金額，據(jù)以計算各房開產(chǎn)品應(yīng)納的土地增值稅。持乙計算法觀點的納稅人，依據(jù)是增值稅暫行條例實施細則第八條“土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算”的規(guī)定。

現(xiàn)筆者就同一房地產(chǎn)開發(fā)項目應(yīng)納的土地增值稅，對比甲、乙兩種計算法帶來的不同稅負結(jié)果。

湖北省隨州市某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司，2006年1月1日～2012年6月30日，土地增值稅清算項目總建筑面積124326.5平方米，不可售面積6078.34平方米，可售面積118248.16平方米，已銷售面積99670.04平方米，其中普通住宅已售31363.73平方米，非普通住宅已售27432.49平方米，其他開發(fā)產(chǎn)品（包括門面房、車庫等）已售40873.82平方米，未出售面積18578.12平方米。

經(jīng)核實，該單位2006年1月1日～2012年6月30日期間，實現(xiàn)銷售收入26485.56萬元，其中：普通標(biāo)準(zhǔn)住宅4018.75萬元，非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅3829.78萬元，其他開發(fā)產(chǎn)品18637.03萬元。在該項目土地增值稅清算中，按發(fā)生合理總成本在已售、未售產(chǎn)品之間分配，已售產(chǎn)品應(yīng)分攤的扣除項目金額為24721.54萬元，其中：取得土地使用權(quán)所支付的金額3409.48萬元，房地產(chǎn)開發(fā)成本14455.96萬元，房地產(chǎn)開發(fā)費用1786.54萬元（按取得土地使用權(quán)所支付的金額和房地產(chǎn)開發(fā)成本之和的10%計算），與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金1496.47萬元，財政部規(guī)定的加計20%扣除數(shù)3573.09萬元，土地增值總額＝26485.56-24721.54＝1764.02（萬元）。

甲計算法：在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，先按房開產(chǎn)品明細單獨計算增值額與扣除項目金額，然后分別計算各房開產(chǎn)品應(yīng)納的土地增值稅。1.普通標(biāo)準(zhǔn)住宅：轉(zhuǎn)讓收入4018.75萬元，應(yīng)扣除項目金額為7065.01萬元，其中：取得土地使用權(quán)所支付的金額1072.88萬元，房地產(chǎn)開發(fā)成本4187.07萬元，房地產(chǎn)開發(fā)費用＝（1072.88+4187.07）×10%＝526（萬元），與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金227.07萬元，財政部規(guī)定的加計20%扣除數(shù)1051.99萬元，增值額＝4018.75-7065.01＝-3046.26（萬元），增值額為負數(shù)，不用繳納土地增值稅。

2.非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅：轉(zhuǎn)讓收入3829.78萬元，應(yīng)扣除項目金額為6348.61萬元，其中：取得土地使用權(quán)所支付的金額938.40萬元，房地產(chǎn)開發(fā)成本3778.70萬元，房地產(chǎn)開發(fā)費用471.70萬元，與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金216.39萬元，財政部規(guī)定的加計20%扣除數(shù)943.42萬元，增值額＝3829.78-6348.61＝-2518.83（萬元），增值額為負數(shù)，不用繳納土地增值稅。

3.其他開發(fā)產(chǎn)品：轉(zhuǎn)讓收入18637.03萬元，應(yīng)扣除項目金額為11307.92萬元，其中：取得土地使用權(quán)所支付的金額1398.20萬元，房地產(chǎn)開發(fā)成本6490.19萬元，房地產(chǎn)開發(fā)費用788.84萬元，與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金1053.01萬元，財政部規(guī)定的加計20%扣除數(shù)1577.68萬元，增值額＝18637.03-11307.92＝7329.11（萬元），增值率＝7329.11÷11307.92＝64.81%，應(yīng)繳土地增值稅＝7329.11×40%-11307.92×5%＝2366.24（萬元）。

因此，采用甲計算法合計應(yīng)繳土地增值稅2366.24萬元，已繳528.3萬元，應(yīng)補1837.94萬元，負擔(dān)率＝2366.24÷26485.56＝8.93%。

乙計算法：在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，先統(tǒng)一核算該房地產(chǎn)開發(fā)項目的增值額與扣除項目金額，然后分別計算各房開產(chǎn)品應(yīng)納的土地增值稅。

1.普通標(biāo)準(zhǔn)住宅：普通標(biāo)準(zhǔn)住宅轉(zhuǎn)讓收入4018.75萬元，占銷售收入總額的比率＝4018.75÷26485.56＝15.17%，應(yīng)計算的增值額＝該項目土地增值總額×該類收入比率＝1764.02×15.17%＝267.60（萬元），應(yīng)扣除的項目總額＝4018.75-267.60＝3751.15（萬元），增值率＝267.60÷3751.15＝7.12%，未超過20%，按照土地增值稅暫行條例第十一條“納稅人建造普通標(biāo)準(zhǔn)住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅”的規(guī)定，依法免繳土地增值稅。

2.非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅：轉(zhuǎn)讓收入3829.78萬元，占銷售收入總額的比率＝3829.78÷26485.56＝14.46%，應(yīng)計算的增值額＝1764.02×14.46%＝255.08（萬元），應(yīng)扣除的項目總額＝3829.78-255.08＝3574.70（萬元），增值率＝255.08÷3574.70＝7.14%，應(yīng)繳土地增值稅＝76.52（萬元）。

3.其他開發(fā)產(chǎn)品：轉(zhuǎn)讓收入18637.03萬元，占銷售收入總額的比率＝18637.03÷26485.56＝70.37%，應(yīng)計算的增值額＝1764.02×70.37%＝1241.35（萬元），應(yīng)扣除的項目總額＝18637.03-1241.35＝17395.68（萬元），增值率＝1241.35÷17395.68＝7.14%，應(yīng)繳土地增值稅＝372.38（萬元）。

因此，采用乙計算法合計應(yīng)繳土地增值稅＝76.52+372.38＝448.90（萬元），已繳528.3萬元，應(yīng)退79.4萬元，負擔(dān)率＝448.90÷26485.56＝1.69%。與第一種情況相比，普通標(biāo)準(zhǔn)住宅、非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅、其他開發(fā)產(chǎn)品的增值率都相等，該房地產(chǎn)開發(fā)項目的應(yīng)納土地增值稅減少金額＝2366.24-448.90＝1917.34（萬元）。

甲、乙兩種計算法雖然都有各自的理由，但土地增值稅清算不能在甲計算法和乙計算法中任意選用。 

說明：以上文字資料來源于2013年5月20日稅務(wù)報，作者：李先成、陳進軍。甲乙兩種計算方法均有法規(guī)依據(jù)，但是據(jù)汪本良注冊會計師的了解：很多省市已經(jīng)取消第二種計算方法，第二種計算方法在現(xiàn)實中比較難被稅務(wù)機關(guān)接受。