1937年12月1日，日軍下達(dá)攻占南京的命令， 10余萬中國守軍殊死抵抗，傷亡慘重，陣地上死尸堆了好幾層。13日南京淪陷，震驚中外的大屠殺開始，30多萬中國軍民慘遭殺戮。

為掩蓋其罪行、制造假象，日軍對遍布城內(nèi)外的尸體進(jìn)行了處理，其中很多被焚燒后沉入江中。 除此之外，日軍還專門動用部隊焚尸滅跡，因為將槍殺、刺殺的尸體原封不動地扔進(jìn)江里，總會留下痕跡。碼頭上到處都是焦黑的尸體。當(dāng)時一些人還沒死，被焚燒的尸堆中經(jīng)常傳出絕望、恐怖的慘叫聲。 

日軍少佐太田壽男供述，大部分尸體是由下關(guān)碼頭投入長江的，少部分在浦口一帶的洼地和土窟埋掉。 

當(dāng)時，南京的一些慈善機(jī)構(gòu)也參與處理遇難者尸體，參與這項工作的慈善機(jī)構(gòu)主要有世界紅卍字會南京分會、崇善堂、紅十字會等。 

世界紅卍字會南京分會自12月22日開始掩埋遇難者的尸體，當(dāng)年曾參加這項工作的南京市民施惠云介紹：“每天管門東、門西、三牌樓地段，最多一天收過800多具尸體。特別是收尸的后期，由于有人被殺的時間較長，天氣又暖，尸體已經(jīng)腐爛了，我們就用鐵鉤子來抬。每天收到的尸體，用汽車送到望風(fēng)磯、漢西門和下關(guān)一帶掩埋起來。我們拖的尸體中，絕大多數(shù)都是年輕人和年輕的婦女。” 

崇善堂是南京的一家民間慈善團(tuán)體，南京淪陷后組織“崇字掩埋隊”，負(fù)責(zé)掩埋遇難者尸體。崇善堂承擔(dān)收埋尸體的范圍相當(dāng)廣泛，收埋尸體的數(shù)量也相當(dāng)龐大。據(jù)崇善堂負(fù)責(zé)人周一漁說：“城區(qū)尸體受刀傷的比中彈的多，郊區(qū)則差不多。凡有女尸的地方，男尸都在較遠(yuǎn)的地方。城區(qū)的尸體多在地下室、道路轉(zhuǎn)角處發(fā)現(xiàn)；鄉(xiāng)區(qū)的尸體，則是數(shù)百數(shù)十地躺在溝渠、池塘、田埂下以及草堆中間。那情景之慘，是沒法說的?！?nbsp;

紅十字會從1937年12月24日開始收埋尸體，期間共掩埋軍民尸體22683具，牲畜若干。同善堂原來是南京城里專門殮葬嬰孩的機(jī)構(gòu)，南京大屠殺后特地成立了掩埋組，埋葬被日軍殺害之同胞遺體。 

1937年12月16日至1938年1月，偽南京市自治委員會下關(guān)區(qū)公所區(qū)長劉連祥組織人員在下關(guān)一帶掩埋尸體3240具。1938年1月30日，劉連祥在致偽南京市自治委員會的一份報告中這樣說：“到碇泊場司令部，會見南出先生，蒙司令部發(fā)給良民符號84張，即開始分班工作，計由中山碼頭沿江邊清掃及將尸體掩埋，是日約埋三四十具……如此每天均到下關(guān)，認(rèn)真努力清掃工作，經(jīng)手掩埋尸體約3240具?！?nbsp;

偽南京市政府成立后，有老百姓在中山門外靈谷寺與馬群陵園一帶發(fā)現(xiàn)遇難遺骨3000余具，偽市政府衛(wèi)生局派人整理收集，將其葬于靈谷寺以東空地，并用青磚壘砌圓形墳?zāi)挂蛔?，外面粉刷水泥，堅固異常。偽南京市政公署督辦高冠武為之立“無主孤魂碑”，碑文云： 

越二月，村民來告茆山、馬群、馬鞍、靈谷寺諸地遺尸尤多，乞盡瘞之，乃下其事于衛(wèi)生局，選夫治具悉收殘骨得3000余具，葬于靈谷寺之東，深埋以遠(yuǎn)狐兔，厚封以識其處。立無主孤魂之碑，且使執(zhí)事夏元芝以豚蹄只雞酒飯奠之。