明清建都北京，糧餉供應(yīng)仍依靠漕運(yùn)。通惠河作為南北大運(yùn)河的北端，也是京城漕運(yùn)的最重要的河道。

明代通惠河由于城內(nèi)河段劃入皇城，船只不再入城。明正統(tǒng)三年（1438年）五月，在今東便門外修建大通橋，成為通惠河新的起點(diǎn)，所以明代的通惠河也稱大通河。明初大運(yùn)河的漕糧至張家灣停泊，由陸運(yùn)至京倉(cāng)，到成化十一年（1475年），明憲宗詔平江伯陳銳疏浚通惠河，雖有所成效，終因水源不足，且河道狹窄，2年后，河道淺澀如舊。明代對(duì)疏治通惠河真正取得成效的是嘉靖七年（1528年），由巡倉(cāng)御史吳仲主持修治的那一次。從嘉靖七年二月動(dòng)工，3個(gè)月竣工。這次成功浚治成為明代漕運(yùn)的重要轉(zhuǎn)折期。吳仲針對(duì)水資源短缺的情況，采取“舟車并進(jìn)”的措施。首先把碼頭從張家灣移到通州城北，改原舊土壩為石壩，省去從張家灣至通州的四閘兩水關(guān)。其二，在通惠河上只保留使用“五閘二壩”，其余閘壩盡行廢棄。其三，糧船不在過閘，漕糧由人工搬運(yùn)到上游停泊的船中，運(yùn)至上閘，依次辦理。另外對(duì)閘壩管理也做了改進(jìn)。這次浚治后，使通惠河“不四月而糧運(yùn)通行，上下快之”。又稱：“是年所費(fèi)才七千兩，運(yùn)糧二百萬(wàn)石，所省腳價(jià)十二萬(wàn)兩?！钡郊尉甘晁脑鹿げ可袝蚧实圩啾碚f(shuō)：“數(shù)年以來(lái)，漕運(yùn)通行，國(guó)計(jì)久賴。所據(jù)吳仲建白勤事之勞，似亦不可泯也?！保ㄒ妳侵佟锻ɑ莺又尽罚?/span>

其后幾十年通惠河漕運(yùn)比較通暢。每年漕運(yùn)糧食從5月至9月可達(dá)250萬(wàn)石。到隆慶四年（1570年）三月，御史楊家相主持修復(fù)朝陽(yáng)門外舊河，使糧船可達(dá)朝陽(yáng)門外東大橋。搬運(yùn)漕糧入倉(cāng)更加近便。明代末年，由于朝政腐敗，水政不修，漕運(yùn)時(shí)斷斷續(xù)續(xù)，運(yùn)糧日艱。

清順治中，修治通州石壩及通惠河上五閘，恢復(fù)了漕運(yùn)，基本上沿用明代舊制?？滴跞辏?span lang="EN-US" xml:lang="EN-US">1697年），挑浚東護(hù)城河，于朝陽(yáng)門、東直門兩門增設(shè)水關(guān)，從通州到大通橋下的糧船沿東護(hù)城河北上至朝陽(yáng)門和東直門減少陸運(yùn)入倉(cāng)的距離。另外在通惠河上修建滾水壩和月河改善蓄泄能力。清太平天國(guó)時(shí)漕運(yùn)中斷。漕運(yùn)作為北京歷史上水路運(yùn)輸動(dòng)脈終于完成了它的使命。