你要有意識地形成一個(gè)比較高效的工作流程（workflow）
也就是說，從在網(wǎng)上看到一篇paper，到你日后某天要找到一篇paper的PDF，整個(gè)的流程要固定，不能一會兒這樣一會兒那樣；也要高效，不能把太多時(shí)間就花在整這個(gè)上面。也許這是理工科思維，先花專門的時(shí)間去定義，之后就不再考慮按定義來做。即興的做法是難以長期保證高效。你的workflow越是連個(gè)機(jī)器人都能完成，就越高效。越是要你用模糊智慧去想去回味去條件判斷分支，就越低效。

每個(gè)人會有每個(gè)人的workflow，沒有一個(gè)軟件或者做法是能適應(yīng)所有有的workflow的，這也是為什么有的人喜歡Zotera，有的人喜歡Papers，有的人喜歡EndNote。這是我以下擺任何理由的前提，即：擺得出很多理由，但不代表這就是普遍正確的做法。

現(xiàn)在我介紹一下我的做法。我的文件夾里最多有兩千多篇paper的PDF。我是使用Windows系統(tǒng)和EndNote。

我先簡單評價(jià)一下我用過的其他文獻(xiàn)管理軟件：
我使用過Zotera、Mendeley、NoteExpress等文獻(xiàn)管理軟件。我不習(xí)慣用Firefox所以是終沒有長期使用Zotera，Mendeley的數(shù)據(jù)庫引擎太弱，2000多條記錄會死機(jī)。NoteExpress界面風(fēng)格太國產(chǎn)太鄉(xiāng)土太騰訊酷狗芊芊靜聽。

此外，Zotera和Mendeley的citation style要用一個(gè)通用語言來手動編寫，又不提供編寫器。

不過，Zotera和Mendeley是免費(fèi)的軟件，因此在國外很多人只在這兩者之中選，并且不乏溢美之辭。

關(guān)于PDF識別和自動導(dǎo)入：
我覺得這一功能本身就完善不了，因?yàn)樗膶ο笕狈?yán)格定義。假如我的PDF文件是一本書，它能識別導(dǎo)入一條Book或Book Chapter類型的記錄嗎？用戶如果誤把一個(gè)完全另因的PDF文件交給它去識別，難道它還能彈出提示框說“這不是一篇journal article”并停止導(dǎo)入嗎？也就是說，這一功能是要靠用戶小心使用去配合的。而且世上也沒有嚴(yán)格定義說journal article的PDF文件就該長什么樣。在這個(gè)沒有形成標(biāo)準(zhǔn)之前，PDF識別導(dǎo)入的功能就注完無法擺脫上述的尷尬。因此我到現(xiàn)在從未依賴過這一功能，也不評價(jià)。

在網(wǎng)上新看到的paper，我會先決定這是要收藏還是看過就算。凡是要收藏的，我都不光下載PDF，而是連同導(dǎo)出citation一起做。這是固定組合動作。所以我有一個(gè)pdf文件，EndNote里必然對應(yīng)著一個(gè)文獻(xiàn)記錄。當(dāng)然，假如有不對的，也可以事后發(fā)現(xiàn)和補(bǔ)上的，但這種情況不能太多導(dǎo)致你自己都不相信自己。

為什么我不在文獻(xiàn)管理軟件自帶的PDF閱讀框（器）中閱讀論文？
我認(rèn)為世界上功能最完善的PDF閱讀器就是臺式機(jī)系統(tǒng)上安裝的Adobe Acrobat Professional。有一個(gè)功能是我找過的任何其他PDF reader所不具備的（Adobe Reader除外）：把同一文件的一個(gè)窗口split成上下兩半。這樣，我上面一半是看正文，下面一半移到文末參考文獻(xiàn)的列表，就不會因?yàn)榕R時(shí)要翻bibliography而打自正文的閱讀思路。

Mendeley和EndNote都有內(nèi)嵌PDF原文的功能，Mendeley甚至提倡用戶直接就在Mendeley里面看PDF文件了，而且網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)國外有很多使用者覺得這樣很好。但是，它不能：畫各種顏色各種線型的框、圈、箭頭；不能畫各種線型的下劃線刪除線；不能把影印版的PDF文件OCR成一行行的文字以供我使用下劃線；不能添加comment。不能進(jìn)行給PDF添加頁面（為什么要添加頁？因?yàn)橛械膒aper另外有supporting information，我的習(xí)慣是把supporting information加到原paper的PDF末尾，以后就不用麻煩了）。

文獻(xiàn)閱讀器假如沒有Adobe或Microsoft這種做巨無霸的suites的決心和能力的話，我覺得不應(yīng)該往PDF閱讀器方向發(fā)展，否則只能做出一個(gè)雞肋。

總之，“文獻(xiàn)管理系統(tǒng)”應(yīng)該是“文獻(xiàn)信息管理系統(tǒng)”，而不是“PDF文件管理系統(tǒng)”。認(rèn)為裝個(gè)EndNote什么的就把你的PDF文件也解決了，我認(rèn)為這是一個(gè)誤區(qū)。我反正是不抱期望，所以我老老實(shí)實(shí)地從EndNote里對信息，然后到文件夾里找。面對成千上萬條記錄，你需要的是完美的規(guī)則。

PDF文件的命名：
雖說這個(gè)完全看個(gè)人習(xí)慣，但我可以為我的習(xí)慣硬找出一些理由來。
不管怎么命名，文件名過長是不好的。因?yàn)?，在Windows Explorer里面，我習(xí)慣使用Details視圖。我常用的column除了Name之外還有Date Modified、Type和Size。我經(jīng)常變換以Name排序和以Date Modified排序，偶爾會以Type排序因?yàn)橛袝r(shí)我的文件夾里會有少量MS Word文件和壓縮文件。因此，如果文件名太長，要么Name的寬度就會很長把其他column推到屏幕外邊去你得把scroll bar移過去才看到，要么就是Name的寬定不足以顯示整個(gè)文件名你搞那么長也搞不全。

選擇能夠唯一標(biāo)識一篇paper的最少信息組合來做文件名。我的做法是期刊名縮寫+卷號+首頁。其他信息都是多余的。例如：
J. Appl. Phys. 104 091901.pdf

我不需要看到文件名就大概知道這篇文章講什么。因?yàn)槲椅募A里每一個(gè)PDF在EndNote里都有記錄。我在EndNote里瀏覽標(biāo)題，遇到想看全文的，根據(jù)記錄的期刊名、卷號和首頁，就自然能在文件夾里找到相應(yīng)的pdf文件。就算有兩千多個(gè)文件，按Name排序，也能很快找到。
有時(shí)你上網(wǎng)看到一篇相關(guān)的，你都不知道自己是否已經(jīng)有了。這時(shí)通過EndNote就能很快查出來，在EndNote里我有兩種排序方式。第一種是按Journal Name、Year、Volume、Page的次序，第二種就是把Journal Name和Year調(diào)一下，其他不變。按期刊排有利于檢查一篇paper你是否已經(jīng)有了，因?yàn)槲ㄒ粯?biāo)識這篇paper的最少信息組合首先就是Journal Name。按年份排則有利于寫綜述之前的文獻(xiàn)閱讀，方便你撰寫研究歷史。

由于我這么做，我一般不會記得一篇文章的年份、標(biāo)題和作者，因?yàn)樵谝陨险追椒ㄖ羞@些信息并不出現(xiàn)?？墒俏疑磉吅芏嗳肆?xí)慣通過年份和作者去記憶或跟別人提起一篇文章，不知道是什么原因。