P99采用槍管短后坐原理，其設(shè)計(jì)是仿照數(shù)十年前SIG Sauer P220手槍上的改進(jìn)的勃朗寧式閉鎖機(jī)構(gòu)，通過底把內(nèi)一塊閉鎖卡鐵與槍管尾部下方的一個(gè)斜槽作用使槍管上下擺動(dòng)而實(shí)現(xiàn)開鎖和閉鎖。瓦爾特公司最早是在P88手槍上使用這種結(jié)構(gòu)，現(xiàn)在又移植到P99手槍上。由于聘請(qǐng)了奧地利格洛克公司的設(shè)計(jì)師，因此P99在設(shè)計(jì)特點(diǎn)多少有點(diǎn)GLOCK手槍的影子。
　　與GLOCK類似，瓦爾特P99也采用沒有擊錘的擊針平移式擊發(fā)系統(tǒng)，但與GLOCK不同的是，瓦爾特P99標(biāo)準(zhǔn)型的擊發(fā)機(jī)構(gòu)為單/雙動(dòng)式，第一發(fā)為雙動(dòng)，扳機(jī)扣力為4kg，后續(xù)的都為單動(dòng)，扳機(jī)扣力為2kg。而GLOCK的擊發(fā)機(jī)構(gòu)則是一種獨(dú)特的半雙動(dòng)式，但如果射擊前擊針不在待擊狀態(tài)時(shí)，并不能像普通雙動(dòng)手槍那樣直接扣扳機(jī)就能擊發(fā)，而必須拉動(dòng)套筒2厘米使擊針重新待擊才能再射擊。而P99的擊針不在待擊狀態(tài)時(shí)隨時(shí)扣下扳機(jī)都能射擊。
　　然而P99的這種擊發(fā)機(jī)構(gòu)由于雙動(dòng)時(shí)扳機(jī)行程過大，是P99遭受詬病的缺點(diǎn)之一。因此瓦爾特公司后來又為P99研制了被稱為“快速動(dòng)作式”（Quick-Action，簡稱為QA）的擊發(fā)機(jī)構(gòu)，即類似于GLOCK手槍那樣的半雙動(dòng)擊發(fā)，平常擊針處于半待擊狀態(tài)。
　　P99在待擊狀態(tài)時(shí)擊針尾部會(huì)在套筒后面的凹陷處凸出并顯示紅色標(biāo)記，提醒射手手槍已處于待擊狀態(tài)，在夜間射手可以通過觸摸套筒尾部而感覺到。
　　P99設(shè)計(jì)有手動(dòng)的待擊解脫按鈕，聚合物制成的待擊解脫按鈕位于套筒后部的左上方，右撇子射手用右手拇指按壓操作，而左撇子射手的左手食指也很容易夠得著。在待擊解脫后，如果需要重新待擊而又不想使用雙動(dòng)的方式擊發(fā)，則只要把套筒向后拉動(dòng)大約9.5mm的距離即可使擊針重新待擊。
　　與GLOCK手槍相似，P99手槍也沒有外露的手動(dòng)保險(xiǎn)，但內(nèi)有4個(gè)自動(dòng)保險(xiǎn)裝置：擊針保險(xiǎn)、扳機(jī)保險(xiǎn)、非待擊保險(xiǎn)和跌落保險(xiǎn)。擊針保險(xiǎn)會(huì)卡住擊針使其不能擊發(fā)底火，只有扳機(jī)扣到一定距離后才會(huì)向上頂起，讓路給擊針通過；板機(jī)保險(xiǎn)和GLOCK的扳機(jī)保險(xiǎn)一樣，都是避免擊發(fā)連桿意外活動(dòng)，但GLOCK的扳機(jī)保險(xiǎn)是內(nèi)藏式的小扳機(jī)，而在P99上則是鉸接式的扳機(jī)，即扳機(jī)本身就是保險(xiǎn)柄，扣下到一定距離才開始拉動(dòng)擊發(fā)連桿；而非待擊保險(xiǎn)則是在解脫待擊時(shí)阻擋擊針，不讓其打擊到膛內(nèi)槍彈的底火；至于跌落保險(xiǎn)則是防止武器意外跌落時(shí)產(chǎn)生走火。此外待擊解脫功能也能起到輔助的保險(xiǎn)作用，例如執(zhí)法人員在槍戰(zhàn)過后可以解脫擊針的待擊狀態(tài)，即使膛內(nèi)仍然有彈也能安全可靠地?cái)y行。萬一遇上突發(fā)危機(jī)，雙動(dòng)擊發(fā)功能也讓執(zhí)法人員可以隨時(shí)開槍。
　　另外，當(dāng)膛內(nèi)有彈時(shí)，當(dāng)膛內(nèi)有彈時(shí)，拉殼鉤的后部進(jìn)入套筒內(nèi)，在套筒后部露出一個(gè)紅色亮點(diǎn)而提醒射手，該膛內(nèi)有彈指示器在夜間可以通過手指觸摸而明顯感覺到。
　　P99的底把采用15%的玻璃纖維增強(qiáng)的12號(hào)聚合物模壓成型，與金屬底把相比，優(yōu)點(diǎn)是容量生產(chǎn)和成本低，而且重量輕，耐腐蝕。有4個(gè)導(dǎo)軌分別嵌入底把內(nèi)兩側(cè)作為套筒與底把之間的滑動(dòng)導(dǎo)向，每側(cè)2個(gè)，每個(gè)導(dǎo)軌長約12.5mm，高1.25mm。整個(gè)底把重僅83g。不同口徑型號(hào)的底把都是相同的，但底把內(nèi)的閉鎖卡則不能通用。
　　握把形狀由著名的意大利比賽手槍握把設(shè)計(jì)師Cesar Morini設(shè)計(jì)，其最大的特點(diǎn)就是有三個(gè)大小不同的握把背板，通過更換這個(gè)嵌件來調(diào)整握把尺寸以適合不同的手形。握把背板采用有彈性的聚氨酯制成，中空，能吸收后坐力，更換時(shí)只需要把靠近握把根部的插銷往外撥出約3.2mm就行了，所有P99出售時(shí)都附帶有大、中、小3種尺寸的握把背板。這種個(gè)性化的設(shè)計(jì)使不同體形的射手都能握持舒服，而且適合大多數(shù)射手舉槍后的自然指向性。